El equipo de personas desaparecidas tiene que resolver el caso de una ejecutiva de marketing de 28 años que aparentemente dejó todo para atrás. Fue vista por la última vez por el portero de su edificio la noche en que desapareció, y su apartamento aparenta estar intacto, ya que su bolso y su móvil fueron dejados allí. Sus padres y compañeros de trabajo revelan que ella trabajaba mucho, que era solitaria y había acaba de ser abandonada por su amante, un hombre casado que trabajaba con ella. La cámara de seguridad de su edificio la muestra saliendo de su apartamento aquella noche. Jack teme haberla perdido para siempre, hasta que un petición de rescate aparece entre los e-mails de su madre, exigiendo un millón de dólares para ella regrese sana y salva.

Jack y su equipo buscan a un chico de once años que desapareció en el metro mientras se dirigía al estadio de los Yankees para celebrar su cumpleaños. Su padre asegura que lo vio subir a un tren y pensó que se bajaría en la siguiente parada, pero no fue así. Después de buscarle durante un rato decidió llamar a la policía. De eso hace ya 16 horas. Tras estudiar el lugar de la desaparición y hablar con algunas personas, comienzan a sospechar que el niño trataba conscientemente de alejarse de su padre.

Después de una tarde de compras Duncan y Emily Muller van hacia el coche. Duncan se da cuenta que se ha dejado la tarjeta de crédito en la tienda y vuelve, mientras tanto Emily es forzada a meterse en su coche y huir.

El equipo investiga la desaparición de una joven de 19 años que soñaba con ser modelo, y que dejó una maleta que estaba siendo arreglada en la cama de su apartamento.

Jack y su equipo buscan a Andy Deaver, un joven de diecisiete años visto por última vez por Graham Spalding, el carismático líder de la Academia Spalding, una escuela privada a la que el chico asistía. Cuando denuncian la desaparición, Jack sospecha inmediatamente del director: un ex veterinario sin más cualificaciones para ese puesto que el que su padre fuera el fundador del centro. Además, parece que su relación con Andy, como ya ocurrió con otros alumnos en el pasado, no era demasiado buena.

Jack y su equipo buscan a un hombre negocios de Nueva York, Patrick Kent, que desapareció en el aeropuerto después de facturar para hacer un viaje rutinario. Durante la investigación, los agentes se encuentran con una sorpresa cuando descubren que Kent llevaba una doble vida secreta.

Abby desaparece mientras jugaba en el parque con un amigo. Es el hijo de una imporante abogada de Nueva York y de un profesor, y a medida que avanzan las investigaciones los miembros del equipo encuentran a muchos sospechosos relacionados con los dos, pero ninguno de ellos parece ser el culpable. Será poco después cuando se den cuenta de que están siguiendo un método equivocado.

William Hope ha desaparecido en un barrio poco recomendable y después de tener una pelea con un matón de la zona. Considerado un buen chico, había llegado recientemente a un hogar de acogida después de pasar dieciocho meses en la calle, y parecía que su vida comenzaba a mejorar. Durante la investigación, el equipo de Jack descubre que Aaron, el hermano de William, acaba de salir del reformatorio y que, a pesar de las prohibiciones de los padres adoptivos del joven, fue a visitarlo a su nuevo hogar. También aparecen testigos que aseguran haber visto a los dos hermanos fugarse en un coche.

El equipo investiga la desaparición de Anwar Samir, un médico de Arabia Saudí que desparece cuando su jefe rechaza escribirle una carta de recomendación y, su novia no acepta la proposición de casarse con él. Anwar es muy trabajador y un doctor muy respetado. Después de su desaparición todos sus movimientos están bajo sospecha.

Jack y su equipo investigan la historia de un padre, Greg Prichard, y su hija Kyla, desaparecidos una mañana mientras Greg se dirigía a su trabajo y Kyla al colegio, pero ninguno de los dos llegaron nunca a sus respectivos destinos. Mientras que el equipo trata de descubrir pistas para el caso, la mujer de Greg, Sarah, se ve obligada a afrontar el hecho de que desconoce gran parte del pasado de su marido: No existen datos sobre su existencia antes de 1990 y abundan las irregularidades financieras. Sus empleados identifican a una misteriosa mujer con quien Greg parece haber tenido una aventura, y su mejor amigo revela que la noche antes de la desaparición, Greg le ofreció venderle sus negocios. Mientras Sarah trata de afrontar estas sorprendentes revelaciones, empieza a temer que no volverá a ver a su hija y a su marido nunca más.

Los habitantes de una pequeña ciudad de Long Island están preocupados desde que Annie Miller, una chica de 13 años, desapareció cuando iba camino del colegio. La intriga continúa cuando 24 horas después de este suceso, la mejor amiga de Annie, Siobhan, desaparece también en extrañas circunstancias. Jack y su equipo esperan que una serie de vídeos grabados por la pareja antes de desaparecer puedan ayudarles a resolver el caso. Poco después, cuando Annie es encontrada muerta, Jack se muestra convencido de que la chica conocía a la persona que le secuestró y comienza la búsqueda de Siobhan con el presentimiento de que pueda ocurrirle lo mismo que a su amiga Annie.

Jack y su equipo investigan a una mujer embarazada, Kathy Dobson, desaparecida de un hospital tras ser informada de que su embarazo presentaba serias complicaciones. Mientras los detectives comienzan una desenfrenada carrera contra el tiempo, la investigación va revelando gradualmente que la aparente vida feliz de Kathy en realidad no va tan bien: Está embarazada de ocho meses y medio, y debido al férreo control de su marido, Paul, ha sido abandonada por su familia y amigos. El hermano de Paul, Ritchie, que ha estado siguiendo a Kathy por orden de su hermano, le da al equipo el nombre de una mujer que parece estar afiliada a una organización que ayuda a mujeres maltratadas y a la que Kathy visitaba frecuentemente. Cuando los miembros del equipo encuentran a esa mujer, ella les cuenta que fue atacada por Paul, pero se niega a llevarles hasta Kathy.

Jack se muestra preocupado y algo molesto cuando descubre que Chet Collins, cuyo hijo lleva desaparecido 6 años, decide buscarle por su cuenta porque está convencido de que Jack ha perdido la esperanza de encontrarle. Jack se siente culpable por archivar el caso del hijo de Collins, que tan sólo tenía dos años cuando desapareció, por lo que decide reabrir el caso. Sin embargo, cuando Collins descubre una nueva pista, Malone se enfada por no haberle consultado y le dice que el caso nunca será resuelto. El equipo de Jack se involucra en el caso, pero todos temen que Collins pueda actuar desesperadamente para conseguir el regreso de su hijo a casa.

Jack y su equipo buscan a la azafata de vuelo Linda Schimdt, que desapareció cuando se dirigía al aeropuerto. La compañera de piso de Linda reconoce que la azafata ha tenido serios problemas con el alcohol, y a medida que el equipo va investigando descubren el nombre de Linda en la lista de víctimas de un asesino en serie, Richard Morgan, con quien ella había entrado en contacto a través de un servicio de datos de Internet. La investigación apunta hacia dos terapeutas, el doctor Aarón Morrison, que trató a Linda de sus problemas con el alcohol, y el doctor Henry Franklin, quien tuvo de paciente a Morgan. Ambos profesionales aportarán información privilegiada al equipo para encontrar a Linda.

Jack y su equipo investigan el caso de Audrey Rose, que ha desaparecido el día de su boda. El novio, Charlie Beckworth, no tiene ninguna explicación, aunque todo parece indicar que la novia se ha ido con alguien que conocía. El equipo se entera de que Audrey tiene un problemático pasado y que estaba siendo chantajeada por un hombre que había grabado cómo la chica había timado a su confiado prometido. Cuando los investigadores encuentran al chantajista muerto en un edificio abandonado y sin rastro de Audrey, empiezan a sospechar que un miembro de la familia de Charlie puede estar involucrado en la desaparición.

Jack y su equipo investigan a una adolescente, Clare Metcalf, desaparecida de un hospital psiquiátrico después de sufrir un agudo cuadro psicótico. Mientras los miembros del equipo investigan su desaparición, empiezan a encontrar contradictorios indicios sobre su salud: Un trabajador del hospital y su novio creen que Clare está perfectamente sana, pero otros creen que está gravemente enferma. Los investigadores también descubren que el aparente suicidio de la madre de Claire ha jugado un papel fundamental en el estado mental de Claire, y empiezan a sospechar que la muerte de la madre pudo deberse a un asesinato.

Jack y su equipo investigan a un oficial de la armada recién retirado, desaparecido después de asistir a una cena en su honor ofrecida por miembros de su pelotón de Vietnam. Mientras entrevistan a todos los que asistieron a la cena en honor de John "Toro" Carver, el equipo escucha indicios sobre un controvertido incidente en el que está involucrado uno de los hombres de Vietnam de "Toro". Los miembros del equipo de Jack se preguntan si ese suceso tiene algo que ver con la desaparición de "Toro". La investigación les lleva hasta la oficina del diputado Troy Whitehurst, quien estuvo en el ejército con "toro" y quien parece ser parte de la conspiración.

Jack y su equipo buscan a una tenaz reportera de televisión, Delia Rivers, tras su desaparición en medio de una importante y peligrosa investigación periodística: Estaba vigilando al dueño de un club nocturno, Freddy Cattan, sospechoso además de traficar de drogas, cuando desapareció. Pronto, el equipo descubre que Delia también estaba trabajando en el caso de un asesino que esperaba para ser ejecutado, pero que la periodista considera inocente.

El equipo de Jack busca a Josh Abrams, un joven idealista y abnegado profesor que ha desaparecido después de dar una clase nocturna en el Bronx. Pronto el equipo empieza a observar aparentes contradicciones sobre la vida de Josh: posee grandes cantidades de dinero por la venta de un negocio en Internet, pero una bolsa de heroína encontrada en su apartamento indica que podría haber estado traficando con droga. Cuando los investigadores descubran que Josh ha sacado una gran cantidad de dinero de su cuenta corriente, deberán averiguar si éste ha desaparecido por voluntad propia o si ha sido víctima de un secuestro.

Jack y su equipo investigan a un boxeador, Dante Jones, que ha desaparecido antes de una pelea en el Madison Square Garden de Nueva York.La carrera como boxeador de Jones estaba en su mejor momento justo cuando desapareció antes del gran torneo. El equipo averigua que el hermano de Dante, Andre, ha amañado el resultado de la pelea para recuperar sus deudas en el juego. Cuando Andre es encontrado muerto, Jack y sus investigadores buscan información sobre quiénes se podrían beneficiar si la pelea tuviera lugar. Pero la autopsia de Andre revela sorprendente información que podría implicar al boxeador desaparecido.

Jack se encuentra en medio de una investigación que trata de analizar los casos de personas desaparecidas en los que ha participado, incluidos aquellos más controvertidos como el de Graham Spaulding, acusado de pedofilia en tres ocasiones y cuya confesión Jack debía conseguir. Cada miembro del equipo es interrogado por un representante de la Oficina de Responsabilidad Profesional, por lo que un nivel de frustración y miedo se instala entre los integrantes del grupo de investigación de "Sin rastro". Estos interrogatorios dejarán en el aire el futuro de estos profesionales.

Jack y su equipo buscan a una oficinista, Sydney Harrison, que ha desparecido del edificio donde trabaja. Sus empleados reciben un e-mail pidiendo un rescate de 50.000 dólares. Pronto identifican al secuestrador. Se trata de Barry Mashburn, el marido de una antigua asistente de Sydney. Una vez localizado Mashburn, Samantha acudirá a su escondite para tratar de capturarle.

Samantha recibe un disparo de Mashburn y es herida de gravedad. Jack negocia con el secuestrador y le ofrece dejar libre a Samantha, que está muy grave, y en su lugar, convertirse él en rehén.