Martínez es disparado en la espalda durante una pelea y el informe del médico indica que es posible que quede paralizado de por vida. Pero el agresor de Martínez, un testigo protegido en un programa de reubicación del gobierno, probablemente quede en libertad y Simone contacta a la reportera Benita Alden, su ex novia, para ayudar a ejercer presión sobre el fiscal para que procese al testigo protegido. Mientras tanto, Russell, en proceso de recuperación de su alcoholismo, quiere que Sipowicz le haga saber a Simone que está bien, pero está al borde de recaer. Donna le expresa a Simone que tiene sentimientos por él, y Sylvia le dice a Sipowicz que puede estar embarazada.

Medavoy y Sipowicz se infiltran como judíos jasídicos para recuperar un Torá robado. Mientras tanto, Simone recibe un caso en el que un padre sospecha que su hijo con discapacidad intelectual mató a su hija. Las tácticas del detective Stuart Morrissey con el sospechoso no son bien vistas por el teniente Fancy, a pesar de que el caso coincide con el que Simone está investigando. Además, Sylvia visita a un médico que confirma que está embarazada, y Lesniak sigue visitando a Martínez, quien sigue en el hospital.

Meadavoy y Lesniak se unen para identificar quién ha lanzado una serie de ataques brutales contra un hombre. Mientras tanto, Simone intenta localizar a un posible sospechoso en una serie de violaciones. Russell intenta mantener su sobriedad y se pone a prueba cuando los problemas domésticos de sus padres se salen de control. Además, Martinez finalmente sale del hospital y regresa al servicio. Pero en un giro final sorprendente, Lesniak le dice a Martinez que solo le gusta como amigo... porque resulta ser gay.

La preferencia de Lesniak por su lesbianismo se difunde rápidamente por la comisaría, lo cual genera reacciones mixtas. Mientras tanto, Sipowicz choca con Simone durante su investigación del asesinato sin sentido de dos niños, que es solo el comienzo de un día realmente malo que también incluye a Sipowicz lidiando con las náuseas matutinas de Sylvia, y Simone lidiando con Russell, quien vuelve a caer en la bebida.

Fancy no está entusiasmado cuando Ronnie Drucker, un detective bajo vigilancia de Asuntos Internos, es asignado al equipo y se le pide a Simone que lo vigile. Tanto Drucker como Simone trabajan en un caso en el que se acusa a un anciano de exhibirse ante un niño. Sipowicz, Martinez y Russell investigan el asesinato de un proxeneta en una lavandería que es presenciado por una joven sin hogar que resulta ser Holly, la adolescente fugitiva que ayudó a los detectives en un caso anterior (del episodio 'The Bank Dick'). Mientras tanto, John Irvin le pregunta a Sipowicz si debería acercarse a Lesniak para felicitarla por "salir del clóset". Pero ella no quiere escuchar su discurso sobre el orgullo gay, al igual que todos los demás.

Se encuentra muerta en un coche una mujer india y Sipowicz está lleno de teorías sobre quién la mató y por qué. Mientras Donna está en un campamento de informática tomando cursos durante la semana, su sustituta es una mujer de mediana edad y temperamental llamada Evelyn, que tiene mala actitud y choca con Sipowicz y otros en el equipo también. Mientras tanto, Martinez y Medavoy están cerca cuando un hombre drogado llamado Marv intenta robar en un par de tiendas con recibos de tarjetas de crédito. Russell y Lesniak trabajan en otro caso que involucra a un hombre que fue dejado morir por una sobredosis de drogas, lo que lleva a una oportunidad de reparar la enemistad entre ellas.

Sipowicz se molesta cuando agentes federales se hacen cargo de la investigación de la desaparición de un millonario. Luego, un criminal insignificante del pasado aparece con información sobre el secuestro y Sipowicz decide actuar en base a ella. Mientras tanto, Simone ayuda a un viejo amigo boxeador suyo, que casualmente lo introdujo en la cría de aves.

Simone y los hombres de Asuntos Internos comparten al sospechoso después de que Simone obtiene información de su amigo encarcelado, Ray, sobre un caso en el que Mike Roberts trabajó una vez. Mientras tanto, Fancy y Sipowicz trabajan juntos en el caso de un tirador confeso en un tiroteo en el vecindario, y una vez que conocen la historia, ayudan al tirador. Medavoy investiga el caso de agresión de un actor que resultó herido en una pelea escenificada que salió mal.

Medavoy y su esposa, Marie, se separaron una vez más y ella va a la estación para tener unas duras palabras con Donna, mientras que él decide quedarse allí ya que no puede permitirse un lugar para vivir. Mientras tanto, Simone y Sipowicz se unen al detective Harold Ng para investigar la muerte de una chica china cuya pierna tiene una extraña marca que podría haber sido autoinfligida. Martinez y Lesniak investigan el caso de robo donde una mujer en silla de ruedas deja entrar a un hombre que afirma ser policía a su apartamento, mientras que el esposo revela una pista a Martinez de que ha estado viendo a una prostituta regularmente y cuyo chulo podría haber planeado el robo. En otro lugar, Sipowicz no quiere acompañar a Sylvia a su última visita al médico, y Martinez tiene la oportunidad de averiguar dónde se encuentra realmente Lesniak en cuanto a su sexualidad, si realmente es gay.

Sipowicz tiene problemas de relaciones raciales con el organizador de un partido de baloncesto local, realizado en memoria de un joven, que estalló en violencia por parte de los miembros de pandillas de ambos lados, dejando dos muertos y siete heridos, y fue presenciado por un reportero. Fancy tiene problemas cuando los colores racistas de Sipowicz salen a la luz y lo retira del caso, lo cual lo enfurece.

Simone and Sipowicz look into the death of a young woman whose body is found burned beyond recognition, except for a tattoo on her back. Detective Vince Gotelli arrives from another precinct to assist Simone and Sipowicz with their case and puts his two cents in, much to Sipowicz's delight and one of the victim's roommates becomes the prime suspect. Meanwhile, Medavoy pulls double shifts for himself (to get away from problems at home) and is assigned to watch an informant who has a penchant for playing poker with his friends.

Una mujer extraña entra en la comisaría y le da a Sipowicz y Medavoy información sobre una desaparición que ocurrió hace ocho años y dónde puede estar el cuerpo. Mientras tanto, la violencia doméstica en el apartamento de los padres de Russell lleva a una tragedia cuando su padre borracho es encontrado asesinado en su apartamento y su hermano, Doug, afirma haberlo disparado en defensa propia. Pero Simone piensa lo contrario y presiona para obtener la verdad sobre lo que realmente le sucedió al padre de Russell y pronto descubre que la madre simple de Russell de hecho cometió el acto y Doug está tratando de asumir la culpa por lealtad ciega a la familia.

Russell se preocupa por el próximo juicio de un gran jurado contra su madre por el asesinato intencional de su padre. Mientras tanto, Sipowicz y Simone buscan al asesino del hijo de un mafioso, lo cual revela un asunto familiar. El abogado pomposo de un sospechoso en otro caso de asesinato obstaculiza la investigación de Medavoy y Russell, y el comportamiento errático del hijo de la víctima tampoco ayuda mucho. Además, Martinez y Lesniak investigan otro caso de asesinato que podría estar relacionado con el sospechoso de asesinato de Sipowicz y Simone, quien ahora podría estar en una ola de asesinatos.

Donna y Simone dan consejos a Lesniak y Martinez, respectivamente, sobre sus planes para su primera cita y noche juntos. Después, Simone y Sipowicz investigan la muerte de una joven que fue brutalmente asesinada en su apartamento y Simone y Martinez viajan a Atlantic City para detener a su sospechoso. Mientras tanto, Medavoy y Russell intentan encontrar a los criminales que dispararon a un cirujano adinerado y superficial durante un robo, y también lidian con la esposa petulante del cirujano que quiere presentar cargos contra la amante de su esposo cuando se entera de que estuvo con él durante el robo.

Simone y Sipowicz tienen otro caso de asesinato en el que encuentran a un profesor de carácter tranquilo decapitado en su apartamento. Mientras tanto, Martinez está ayudando a una ex actriz porno que está recibiendo llamadas telefónicas acosadoras, pero Lesniak no se siente cómoda con la situación. Andy Jr. llega a la ciudad con algunas noticias para Sipowicz, pero no encuentra el momento para decírselo a su padre y finalmente, durante la cena, explica que acaba de ser dado de baja de la Fuerza Aérea y se está uniendo al departamento de policía en Hackensack, Nueva Jersey.

Un detective de otro distrito, Martina Escobar, se une a Simone y Sipowicz en su investigación de un violador/asesino que está arrojando niños pequeños desde lo alto de los edificios. Mientras tanto, Martinez y Russell investigan un presunto caso de violación durante una cita, pero las mujeres del equipo y Sylvia tienen una gran desacuerdo con las decisiones de Martinez respecto al sospechoso. En otro lugar, Sipowicz muestra a su hijo cómo ser un policía.

Simone entra en contacto con Ferdinand Hollie, un antiguo informante, quien quiere ayudarlo a capturar a un par de traficantes de drogas colombianos que mataron a una joven en su fuego cruzado. Pero Hollie, un adicto a las drogas que es VIH positivo, tiene su propia agenda para robar a los colombianos. Mientras tanto, Russell es emparejado con el sargento Ray Kahlins, un "fanfarrón" de la unidad federal antidrogas que está más interesado en cobrar horas extras que en atrapar a otro par de traficantes de drogas durante una vigilancia. Pero las tácticas arrogantes de Kahlins y su falta de respeto hacia Simone y su informante Hollie ponen en riesgo ambos casos. Además, Medavoy y Martinez investigan el asesinato de un sacerdote de Santería encontrado en un alcantarillado local e intentan vincular a un oficial de libertad condicional y a un reciente liberado con el crimen.

Simone y Sipowicz ayudan a un agente local del FBI llamado Mike Frances a investigar el asesinato de un mafioso italiano local. Sin embargo, se ven obligados a cometer un robo mientras trabajan de incógnito para el agente Frances, y tienen que colocar un micrófono en el lugar de reunión de la mafia. Cuando dos tipos listos llegan a la comisaría para presentar una denuncia por robo, Russell y Medavoy los atrapan en el acto de presentar un informe falso. Mientras tanto, la peluquera de Donna, Marina, le cuenta que tiene un problema con su exnovio. Él quiere secuestrar el camión del actual novio de Marina, y Martinez se infiltra como el novio de Marina. Pero Lesniak no puede ocultar su celos y posesividad. En otro lugar, Andy Jr. aprende más sobre ser un policía de patrulla con más consejos de su padre, Sipowicz Sr.

Sylvia está ahora embarazada de nueve meses y lista para dar a luz en cualquier momento, por lo que Sipowicz está al borde. Mientras tanto, Simone y Sipowicz, con Andy Jr. a cuestas, investigan un caso en el que el sobrino adicto a las drogas de la víctima de un robo-homicidio es encontrado con los objetos robados. Mientras tanto, Medavoy, Martinez, Lesniak y Russell unen fuerzas para trabajar en el robo y asesinato de un portero, donde las pistas los llevan primero a un motociclista, luego a un falsificador de cheques y a su compañero de trabajo. En medio de la investigación, Martinez y Lesniak finalmente llegan a un acuerdo de que no son adecuados el uno para el otro y rompen en silencio acordando intentar tener una relación platónica. Además, Donna contempla una oferta de trabajo administrativo en California.

Solo días después de que Sylvia da a luz a un niño (Theo), Sipowicz sufre un contratiempo emocional cuando Andy Jr. es encontrado asesinado en el cumplimiento del deber. Sipowicz quiere que Simone lidere el caso del asesino de su hijo y también quiere la oportunidad de obtener restitución. Con Russell a su lado, Simone intenta equilibrar su deseo de venganza, así como su búsqueda de justicia para atrapar a los asesinos. Mientras Sipowicz le da la noticia de la muerte de su hijo a su primera esposa, Katie, comienza a mostrar signos de un colapso emocional. En medio de todo este tumulto, Donna toma su decisión cuando renuncia a su trabajo como asistente administrativa en la comisaría y se muda a California, dejando Nueva York para siempre.

Sylvia confronta a Sipowicz sobre sus sospechas de que él está yendo a bares nocturnos y bebiendo de nuevo, y el efecto se nota en todas partes. El teniente Fancy se ve obligado a enviarlo a casa después de que Sipowicz llega una mañana borracho. Sipowicz incluso pelea con algunos pandilleros callejeros, es golpeado y Simone se ofrece a buscar a los hombres que golpearon a Sipowicz. Mientras tanto, llega una nueva asistente administrativa llamada Lucy, en reemplazo de Donna. Además, Russell investiga a una joven llamada Angela, quien afirma haber sido apuñalada por su novio celoso. Simone, siguiendo una pista de una prostituta llamada Deena, finalmente localiza y confronta a los dos matones que asesinaron a Andy Jr. y los mata a ambos a tiros en un torbellino de balas.

Sipowicz se reúne con un sacerdote para hablar sobre sus problemas y finalmente ve la luz. Después, él, Simone y Russell trabajan juntos para investigar un robo en el que un mecánico de automóviles fue asesinado a tiros. Tras la captura de un sospechoso herido, los detectives también arrestan al hermano menor del sospechoso que se niega a hacer una declaración en contra de su hermano por lealtad ciega. Mientras tanto, Medavoy busca un nuevo lugar para vivir mientras él, Martinez y Lesniak trabajan en encontrar al sospechoso de un doble asesinato relacionado con drogas. John Irvin reparte avisos de despedida a los empleados cuando anuncia que se está mudando de nuevo a la 1ª Comisaría del centro. Simone y Russell planean un viaje a la playa. Medavoy conoce a Anne McGuire, una nueva detective, mientras trabaja en su caso. En otro lugar, Lucy causa disturbios en el trabajo y Fancy intenta encontrar una forma de trasladarla fuera del edificio. El bebé Theo es bautizado, lo que parece reunir a Sipowicz y Sylvia.