El cursor de un viejo ordenador está a la espera de un comando mientras emite una señal sonora. Un hombre misterioso sale de la cama y escribe en el teclado antes de pulsar el botón ejecutar. Posteriormente toma un sano desayuno, pone su música favorita y hace un poco de ejercicio antes de inyectarse una sustancia. Pero alguien perturba su paz y el desconocido corre hacia otro cuarto, abre la combinación de su cerradura y allí hace acopio de algunas de las muchas armas que hay mientras vigila el acceso a su vivienda gracias a un periscopio y al uso de distintos espejos distribuidos por un largo túnel. Mientras el vigila la entrada Jack y Locke miran desde la entrada de la escotilla, porque el hombre misterioso está dentro de ella. La segunda temporada comienza allí donde terminó la primera, los supervivientes han dejado a Jack, Locke y algunos otros dirigiéndose a la trampilla para descubrir qué hay allí. Después de abrir la escotilla, que tiene grabada en ella los números que Hurley considera malditos, Jack se da cuenta que no podrán bajarlos a tiempo a todos por lo que decide abandonar la idea, pero Locke está impaciente por investigarla construyendo un arnés con el cable del fuselaje y él y Kate lo intentan a pesar de todo. Pero, tal y como han podido comprobar en los más de cuarenta días que llevan en la isla, el peligro y los misterios acechan tras todas las esquinas, y aquellos en quienes se podía confiar, se vuelven contra ellos. Incluso los héroes más admirados esconden secretos. Finalmente, Jin, Michael y Sawyer sobreviven al ataque a su embarcación por parte de “los otros” mientras que Walt continúa perdido en la mar. Flashback de Jack Sarah (Julie Bowen) llega a urgencias del hospital St. Sebastian tras pinchar un neumático de su coche mientras un hombre llamado Adam Rutherford que ha sido embestido por ella llega también en estado grave. Jack ha de decidir cual de los dos trata ya que ambos se encuentran en estado crí

Sawyer logra sacar a Michael inconsciente del agua y lo reanima gracias al boca a boca pero cuando se recupera sigue gritando por su hijo Walt que ha sido raptado por los hombres que los atacaron mientras Jin sigue desaparecido en el mar. Sawyer tiene una herida de bala pero aún a pesar de ello y de haberle salvado la vida a Michael este no deja de culparlo de la desaparición de su hijo. En el océano ellos se dan cuenta de que bajo las aguas de su balsa de bambú hay un depredador que no conocían que puede acabar con su aventura. Kate ayudada por Locke desciende por la trampilla pero algo ocurre que ella desaparece por lo que él acude en su rescate y también cae en una trampa. El tercero será Jack que tras pensárselo mucho va detrás de ellos y también es atrapado por un desconocido, que además de creer que existe algún tipo de infección en la isla vive obsesionado por el parpadeo del curso del ordenador y los números que ha de introducir cada cierto tiempo. Flashback de Michael No es la primera vez que Michael piede a su hijo, porque en el flashback conocemos como Michael ha de luchar por la custodia de su hijo Walt al que apenas conoce ya que su ex novia y madre del niño, Susan Lloyd (Tamara Taylor) quiere cambiarse de residencia y así obtener un mejor trabajo. Aunque el no se encuentra bien de salud tras un atropello y su situación legal y económica es mala decide hacerle frente a Susan pero ella llega a convencerlo que para su pequeño es mejor que lo deje ir y arregle su vida antes de verse de nuevo. Un día en el parque, Michael dice adiós a un hijo que apenas conoce, teniendo que salir de su vida hasta no sabe cuando y el corazón se le hace pedazos a pesar de que sabe que es la única solución. Música en este capítulo: "Make Your Own Kind of Music" - Mama Cass Elliot

ack ya había conocido a Desmond (Henry Ian Cusick) en “otra vida” cuando el trataba a Sarah y creía que nunca volvería a caminar había ido a correr al estadio y se había hecho daño en un tobillo, Desmond le había ayudado. Gracias a Kate que tras escaparse logra salir del conducto de la ventilación logran reducir a Desmond pero en la refriega el ordenador queda dañado y este se asusta mucho ya que queda poco tiempo para introducir los números de nuevo. Desmond por la insistencia de Jack les cuenta que estando dando la vuelta al mundo en solitario su barco encalló en el arrecife y apareció Kelvin corriendo y pidiéndole que le siguiera. Fue él quien ya metía los números en el ordenador y sus palabras fueron que lo hacia para salvar el mundo. Ambos hasta que Kelvin murió hicieron eso durante años y él lo hace sólo desde entonces. Como prueba de lo que dice les muestra una película, The Dharma initiative, la película orientativa de la estación 3 de la iniciativa Dharma. Mientras Sawyer y Michael encuentran a un asustado Jin en la playa son atrapados por otros supervivientes a los que se les apoda “los otros”. Uno de ellos, Mr. Eko (Adewale Akinnuoye-Agbaje) un hombre alto, fuerte y negro, les da unos golpes con un palo y el grupo carga con sus cuerpos hasta una especie de cárcel construida en el suelo. Flashback de John Locke Locke asiste a terapia pero tras un mes explota y cuenta que él no había conocido a sus padres hasta hacía muy poco, siendo engañado por su padre biológico al que donó un riñón porque necesitaba un transplante pero quien abandonó de nuevo a su hijo tras conseguirlo. Aunque tras esta explosión de sentimientos piensa no regresar a la terapia si hace amistad con Helen (Katey Sagal), su psicóloga, con la que acaba por tener una relación. Pero Locke sigue vigilando la casa donde su supuesto padre vive aunque a este le molesta que lo aceche por lo que le pide que asuma de una vez que él necesitaba un riñó

Hurley se encuentra en medio de la despensa de la escotilla, viéndose rodeado por una de sus visiones preferidas: la comida. Lamentablemente para él, es sólo un sueño que tras ser despertado por Kate finaliza y ha de ponerse a trabajar en la tarea que le han asignado, hacer un inventario de todo lo que la despensa contiene y calcular como repartirlo mejor para que les dure más. Hasta que eso esté listo nadie, sin excepciones, puede tocar a los alimentos aunque él no se siente bien al tener que callar lo que hay en el interior del bunker incluso con Charlie que es su mejor amigo allí. Pero finalmente te lleva a Rose (L. Scott Caldwell) con él ya que es la única que no intenta sonsacarle información y Hurley decide que es la candidata ideal para ayudarle. Además esta muy preocupado porque cree que todo el mundo va a odiarlo porque él es el responsable de cuidar de todo aquello. Sawyer, Michael y Jin siguen atrapados en la trampa y tras conocer el engaño al que los ha sometido Ana-Lucia Cortez (Michelle Rodriguez) aún se encuentran más desesperados. Cuando Mr. Eko y ella regresan haciendo salir a Jin y a Michael pero dejando allí a Sawyer que continúa con el brazo en muy mal estado a pesar de haberse extraído el mismo la bala. Más tarde tras sacar a Sawyer los llevan al campamento donde está el resto del grupo de la cola del avión que sobrevivió del accidente. Paseando por la playa Claire ve un objeto en las olas que se acerca. Cuando llega a la orilla, descubre que es la botella de mensajes que iba en la balsa. Flashback de Hugo "Hurley" Reyes Hurley recuerda el momento en que se enteró de que era el ganador de la lotería tras el cual había caído desmayado y tuvo que recuperarse con la ayuda de su madre. Tras despedirlo de trabajo y sin contar a nadie nada, su vida cambió mucho cuando se enteró la gente de que tenía dinero. Música en este capítulo: "Easy Money" - Billy Joel "Up On the Roof" - The Drifters

Sun pierde su anillo de boda y se pone a buscarlo frenéticamente, en el otro lado de la isla, el grupo que tiene retenidos a Sawyer, Michael y Jin les obliga a llevarles hasta su campamento, pero de camino Michael se escapa en busca de su hijo Wallt y Jin y Ecko deciden salir a buscarle antes de que sea capturado por los temidos "otros". Flash back de Jin y Sun : En los flash backs vemos como el padre de Sun ya ha comprometido a su hija con un rico, aunque ella al principio se niega, cuando le conoce descubre que le gusta. Mientras Jin consigue su primer trabajo digno de botones de un hotel, pero al venir de familia pescadera campesina, se burlan de él.

Durante una noche romántica junto a Sayid, Shannon tiene una visión en la que ve donde se encuentra Walt, el hijo de Michael. La joven quiere salir en su busca esa misma noche, pero Sayid no le deja y se desata una fuerte discusión entre la pareja. Esto hace que Shannon recuerde los duros momentos que tuvo que vivir cuando se enteró de la muerte de su padre, la relación con su madrastra y con Boone. A la mañana siguiente, con la ayuda de su perro Vicent, la joven sale a buscar a Walt, ya que teme por su vida. Sayid descubre que su novia se ha adentrado en la selva y la sigue. Charlie empieza a sentir celos por el gran interés que está teniendo Locke por Claire. Al otro lado de la isla, el otro grupo de supervivientes tratan de atajar por el interior de la selva, con el temor de encontrarse con “los otros”. El camino es muy difícil, y Sawyer, deshidratado y con fiebre, pierde el conocimiento. Flash back de Shannon En los flash backs de Shannon vemos como afrontó la muerte de su padre, y el tener que vivir con su madrastra quien la odia, cuando Boone vuelve a casa a ayudar a Shannon, pero su madre les pone en contra; y vamos comprobando por que Shannon acabó convirtiéndose en la persona que es.

En este capítulo se nos muestra a un grupo de supervivientes en otro punto de la isla, los que quedaron en la cola del avión accidentado. Al igual que el primer grupo, este segundo lleva también sus angustiosos 48 días tratando de organizarse, buscar comida y enfrentarse a "los otros". Los primeros días son muy desconcertantes al descubrir que alguien está haciendo desaparecer a varios supervivientes, entre estos a los niños. Ana Lucia una joven valiente y decidida, trata de organizarles y averiguar lo que está pasando. Su objetivo es desenmascarar al infiltrado que está mermando al grupo. Capitulo sin Flash back

Ana Lucía ve moverse algo en la selva y dispara de forma accidental a Shannon. Sayid se lanza contra la mujer, pero ésta le inmoviliza. Ana Lucía obliga a Michael a que vaya al campamento de Jack para traer comida y munición a cambio de liberar a Sayid. Mientras, en el otro lado de la isla, Eko consigue llevar a Sawyer hasta el campamento con la ayuda de Jack, para que sea atendido ante la gravedad de su estado. Ana Lucía recuerda su pasado como agente de la policía, cuando un accidente con un delincuente le cambió su vida. Su reacción violenta le vuelve a jugar una mala pasada y el resto de los componentes del grupo deciden dejarla para ir en busca del otro grupo, al otro lado de la isla. Flash back de Ana Lucía En el vamos descubriendo como es que Ana Lucía dejó de ser policía, los problemas que ha tenido con su trabajo y con su madre, y como la venganza a marcado toda su vida. Música en este capítulo: "Outside" - Staind

Sawyer sigue convaleciente, y su estado está haciendo que Kate empiece a recordar los motivos por los cuales fue arrestada. Pero además, empieza a sospechar que Sawyer está poseído por el espíritu del agente que la arrestó. Michael está inspeccionando el interior del bunker, cuando descubre que hay unas puertas que estaban ocultas. Locke anima a Michael y a Eko para que vean la grabación que hay dentro del laboratorio. Atónito ante lo que está viendo, Eko les informa que él había descubierto, en el otro lado de la isla, un lugar como el que se encuentran y una filmación muy parecida. Flash back de Kate En el descubriremos que hizo Kate para ser perseguida por la policia y como empezó una fuga, además de saber el motivo por el cual su madre la teme.

Michael piensa en el mejor modo de marcharse al interior de la isla y hacerlo sin que nadie lo sepa, mientras Claire mantiene una conversación con Eko. La joven le informa que Charlie tiene una estatua de la Virgen María, que guarda con gran devoción. Ante la noticia ,el hombre decide ir a buscar a Charlie para obligarle a llevarle hasta el lugar donde encontró la estatuilla, ya que esa imagen tiene mucho que ver con su vida antes del accidente. Flash back de Ecko En el se descubre la profesión de Ecko y como su hermano Yamil le intentó sacar de ese mundo oscuro en el que se metió desde niño. Y la relación de Ecko y la isla

Jake, Locke y Sawyer que se han quedado encerrados en la armería, consiguen, a duras penas, salir del encierro. Su principal objetivo es busca a Michael, que se ha fugado para intentar encontrar a su hijo. La desesperación del hombre es tal que no ha medido las graves consecuencias que esto puede causar en el resto de los supervivientes. Los tres hombres se adentran en la selva, pero en ningún momento dejan de discutir entre ellos. Después de varias horas de camino, se encuentran con una desagradable sorpresa: “Los otros”. Armados hasta los dientes les obligan a deponer las armas y a regresar al campamento Flash back de Jack Jack recuerda el por que se rompió su matrimonio cuando una mujer atractiva llego a su consulta en busca de una curación milagrosa para su padre.

Charlie se despierta aterrorizado de una pesadilla en la que veía cómo Aaron –el hijo de Claire- corría peligro y no podía acercarse a él para salvarle. Locke, consciente de que Charlie ha tenido pesadillas durante varias noches, se empieza a preocupar por joven. Piensa que ese afán por salvar a Aaron es porque Charlie ha perdido toda credibilidad ante los demás, y ayudar al niño es ayudarse a si mismo. Además, sospecha de que ha vuelto a caer en las drogas. Claire habla con el señor Eko -ya que continúa creyendo que es un sacerdote-, para bautizar a su hijo, y después de la insistencia de Charlie con respecto al peligro que corre el niño, quiere bautizarlo. Sawyer sigue recuperándose poco a poco, y esto le permite ir descubriendo cómo se están produciendo pequeños acercamientos entre los dos grupos. Por eso insta a Hurley a que intente conquistar a Lily, de la que se siente atraído. Flash back de Charlie Charlie empieza a recordar como las drogas acabaron con su vida y la de su hermano y perdieron todo lo que querían a su paso. Música en este capítulo: "He's Evil" - The Kinks

Algunos supervivientes temen que hayan vuelto "los otros", cuando es encontrada en el huerto inconsciente y maniatadas, signos inequívocos del modus operandis de los otros. La desconfianza y la falta de colaboración entre unos y otros parece instalarse y tras el suceso de Sun, Ana Lucia cree que deberían de organizar "un ejército". Sawyer, desde su tienda, se divierte observando la tensión que va creciendo entre Jack y Locke, así como entre Kate y Ana Lucia. Al mismo tiempo, flashbacks revelan el pasado de Sawyer como un gran artista de la estafa. Flash back Sawyer Sawyer recuerda cuando fue a timar a una mujer y está decidió convertirse en su aprendiz avanzada de estafadora.

Rousseau se encuentra con un extraño hombre en la selva, y consigue capturarlo. El extraño que Rousseau ha capturado le dice a los supervivientes que llegó a la isla, junto a su mujer, en un globo aerostático y que tuvieron que aterrizar en ella. Como no están convencidos de que diga la verdad, los supervivientes instan a Sayid, -como experto interrogador-, que sea él el que hable con el hombre para averiguar lo que sabe. Pero Sayid, que no ha superado la muerte de Shannom, no se siente con fuerzas ni está por la labor de interrogar al prisionero que ha traido Rousseau . El resto de los supervivientes le convencen, ya que todos corren peligro si el prisionero pertence al grupo de “Los otros”. Flash back de Sayid Sayid recuerda como los americanos le capturaron en medio de la guerra del golfo y le obligaron a servir para sus intereses.

El hijo de Claire, Aaron, está enfermo. A pesar de los cuidados, Jack no sabe muy bien lo que tiene el niño.Para Rousseau, el origen de la enfermedad de niño está en lo que le sucedió a Claire cuanto fue capturada por "Los otros". Pero como la joven no recuerda nada, no pueden averiguar lo que le ocurrió durante ese tiempo. Claire no renuncia a saber lo que le ocurre a su hijo, por lo que le pide a Lily, que es psicóloga clínica, que le ayude a averiguar que es lo que pasó mientras estaba retenida por “Los otros”. La mujer sólo recuerda que estuvo en un laboratorio. Y esta información hace que Claire y Kate presionen a Rousseau -que parece conocer el lugar donde se encuentra el laboratorio-, para que vaya hasta allí y consiga algún remedio para la extraña enfermedad de Aarón. Flash backs de Claire Claire empieza a recordar el tiempo que se pasó en cautiverio, lo que la hicieran a ella y al bebe y como consiguió escapar

Jin ha destrozado el huerto para que Sun vuelva con él y no sea objeto de otro ataque por parte de "los otros". Sun presiente que está embarazada y el temor a comunicárselo a Jin la mantiene ajena a lo que ocurre a su alrededor. Sun recuerda cuando tras varias visitas ginecológicas, el médico la diagnostica una endometriosis que la impediría tener hijos. Mientras, Locke, con el beneplácito de Jack, pide a Ana Lucia que interrogue al prisionero Henry Gale. Ana Lucia consigue que Gale le describa en un mapa la ubicación exacta del globo con el que se estrelló él y su esposa. Ana Lucia, Sayid y Charlie se internaran en el bosque para saber si dice la verdad o no. Flash backs de Sun Sun recuerda como Jin y ella no podían tener hijos, y como ella empezó a dar clases de Inglés con su antiguo prometido a escondidas de Jin

Mientras Sayid, Ana Alicia y Charlie encuentran el globo y la tumba que Gale les había dicho. Locke custodia al prisionero. De repente, en el bunker unos sonidos extraños dan paso a una cuenta atrás. Locke queda atrapado al cerrarse unas compuertas. Locke tendrá que improvisar un aliado en Gale, que a cambió de ayuda y de protección frente a los otros supervivientes le prestara ayuda. Durante el encierro en el bunker, Locke ha visto un esquema del posible laboratorio. Flash back de Locke Locke recuerda cuando le iba a pedir matrimonio a su novia Helen y como la muerte de su padre les afectó.

Hurley confiesa a Libby su adicción a la comida y por ello, se opone a custodiar los víveres que ha enviado el laboratorio Dharma. Además empieza a pensar que la isla está teniendo un extraño efecto en él ya que, de repente, se le ha aparecido su amigo Dave, con el que estuvo en la institución mental. Tras el accidente sufrido en el bunker, Locke interroga a Henry sobre lo que pasó en el tiempo que transcurrió hasta introducir la serie de números, pero Henry cree que el laboratorio es una farsa, ya que él nunca introdujo los números ni pulsó la tecla que volvía el contador a su inicio y, que durante ese periodo de tiempo vio una especie de jeroglífico. Flash back de Hugo Reyes “Hurley” Hurley recuerda el tiempo que paso en el psiquiátrico desvelando el por que esta ahí y quien es Dave

Locke sigue inquieto después del accidente que ha sufrido en el bunker, ya que intenta por todos los medios recordar el jeroglífico que vio en el interior. Henry ha dejado de comer y no habla con nadie ahora que ya han descubierto su verdadera identidad. Kate y Jack caen en una trampa que había preparado Rousseau. Mientras esperan salir, la mujer le informa que estuvo con Claire en el otro búnker, y que descubrieron ropas como las que usan “Los otros”. Bernard sigue teniendo esperanzas de que sean rescatados, por esto reprocha a todos, incluso a su mujer Rose, de que se den por vencidos. Flash back de Rose y Bernard En este flash back se nos muestra como se conoció la pareja, se casaron y el por que de su viaje a Australia.

Kate y Jack consiguen liberarse de la trampa, y siguen adentrándose en la selva, donde se topan con Michael. El hombre se encuentra en un estado lamentable. Los dos consiguen trasladarle al campamento, y cuando despierta Michael les cuenta cómo son “Los otros”. Está decidido a volver para rescatar a Walt. Henry reacciona ante una provocación de Ana Lucía, por lo que intenta matarla. La mujer consigue zafarse, pero espera el momento oportuno para vengarse. Henry intenta convencer a Locke de que no sufrió ningún maltrato por parte de “Los otros” porque el es un objetivo de estos. Hurley ha preparado una sorpresa para Libby. Flash back de Ana Lucia En el flash back vemos como Ana Lucia huyó de su trabajo, familia etc.. después de matar a Jason y como es que acabó en Australia para al final volver a Los Ángeles

Michael ataca a Ana Lucía. En el enfrentamiento resulta herida Libby, y Henry queda libre. Para que nadie sospeche de él se autolesiona. El Sr. Eko tiene un extraño sueño en el que Ana Lucía le pide que ayude a Locke para que le lleve hasta el signo de interrogación. Eko ambién sueña que su hermano fallecido le pide que evite las tentaciones y que debe llevar consigo el hacha. Locke y el Sr. Eko llegan hasta el lugar donde se estrello la avioneta. Bajo la aeronave encuentran la entrada de un nuevo túnel, que les conduce hasta una sala de vigilancia. Flash back de Ecko Ecko recuerda como se hizo cura y que un caso de supuesto milagro le llevó hasta Australia.

Los últimos incidentes han hecho que Michael, con gran determinación, persuada a Jack para que le ayude a rescatar a Walt. Michael decide qué supervivientes deben acompañarle, y en ese grupo no incluye a Sayid. Esta actitud hace sospechar al iraquí, ya que tiene la sensación de que está mientiendo y que tiene un pacto con “los otros”. Teme que sus amigos vayan directamente a una emboscada. Estas sospechas se concretan cuando descubre que Michael ha liberado a Henry. Temeroso que sus amigos puedan caer en una trampa decide comentar sus sospechas con Jack. Después de la conversación secreta entre los dos hombres, ambos decide preparar un plan alternativo. Flash back de Michael Michael recuerda el tiempo que pasó con los otros, que le hicieron y que le propusieron a cambio de su hijo

Jack y Sayid descubren en la distancia un velero. Piensan que puede tratarse de una excelente oportunidad para llevar a cabo su plan, por lo que deciden abordarlo. Los hombres descubren que en el velero viaja Desmond, que ha retornado a la isla, muy a pesar suyo. Sayid se sube a la embarcación para navegar bordeando la isla hasta el campamento de “Los otros”, con la intención de sorprenderles. Pero cuando está llegando al refugio, descubre en la costa una inquietante estatua, que no presagia nada bueno. Mientras, Michael, ajeno a lo que está sucediendo, se adentra junto a Jack, Kate, Sawyer y Hurley en la selva. Después de una dura jornada, el grupo se encuentra de frente con “Los otros”. Este encuentro dará respuesta a muchas de las preguntas que estaban planeando, entre ellas dónde había estado Michael y cuáles son las decisiones que éste ha tomado para poder rescatar a su hijo. En el campamento de los supervivientes, Eko y Locke, discuten acerca de dejar de apretar el botón. Una decisión que puede conllevar graves consecuencias para todos.

Desmond y Locke se han encerrado en el bunker, tras decidir no seguir con la esclavitud de estar pendientes de pulsar el botón. Fuera, Eko con la ayuda de Charlie, trata de impedir que consigan su propósito, ya que consideran que en el caso de que no se pulse el botón, se va a producir un cataclismo. Al otro lado de la isla, Michael ya es un padre feliz, porque ha conseguido rescatar a su hijo que estaba secuestrado por “Los otros”, pero, a cambio, ha facilitado que Jack, Kate, Sawyer y Hurley sean apresados.