Los últimos incidentes han hecho que Michael, con gran determinación, persuada a Jack para que le ayude a rescatar a Walt. Michael decide qué supervivientes deben acompañarle, y en ese grupo no incluye a Sayid. Esta actitud hace sospechar al iraquí, ya que tiene la sensación de que está mientiendo y que tiene un pacto con “los otros”. Teme que sus amigos vayan directamente a una emboscada. Estas sospechas se concretan cuando descubre que Michael ha liberado a Henry. Temeroso que sus amigos puedan caer en una trampa decide comentar sus sospechas con Jack. Después de la conversación secreta entre los dos hombres, ambos decide preparar un plan alternativo. Flash back de Michael Michael recuerda el tiempo que pasó con los otros, que le hicieron y que le propusieron a cambio de su hijo

Jack y Sayid descubren en la distancia un velero. Piensan que puede tratarse de una excelente oportunidad para llevar a cabo su plan, por lo que deciden abordarlo. Los hombres descubren que en el velero viaja Desmond, que ha retornado a la isla, muy a pesar suyo. Sayid se sube a la embarcación para navegar bordeando la isla hasta el campamento de “Los otros”, con la intención de sorprenderles. Pero cuando está llegando al refugio, descubre en la costa una inquietante estatua, que no presagia nada bueno. Mientras, Michael, ajeno a lo que está sucediendo, se adentra junto a Jack, Kate, Sawyer y Hurley en la selva. Después de una dura jornada, el grupo se encuentra de frente con “Los otros”. Este encuentro dará respuesta a muchas de las preguntas que estaban planeando, entre ellas dónde había estado Michael y cuáles son las decisiones que éste ha tomado para poder rescatar a su hijo. En el campamento de los supervivientes, Eko y Locke, discuten acerca de dejar de apretar el botón. Una decisión que puede conllevar graves consecuencias para todos.

Desmond y Locke se han encerrado en el bunker, tras decidir no seguir con la esclavitud de estar pendientes de pulsar el botón. Fuera, Eko con la ayuda de Charlie, trata de impedir que consigan su propósito, ya que consideran que en el caso de que no se pulse el botón, se va a producir un cataclismo. Al otro lado de la isla, Michael ya es un padre feliz, porque ha conseguido rescatar a su hijo que estaba secuestrado por “Los otros”, pero, a cambio, ha facilitado que Jack, Kate, Sawyer y Hurley sean apresados.

La vida de Sun y Jin peligra cuando Sayid propone ir en busca de losprisioneros. Sayid tiene un plan en función de "los otros" en la playa. Kate y Sawyer son sometidos a trabajos forzados y sus conversaciones son espiadas por "los otros". Ben trata de convencer a Jack de la conveniencia de su colaboración para su bienestar y su salud.

El plan de Sayid (Naveen Andrews) fracasa y "los otros" han de volver a la isla rápidamente. Jack (Mathew Fox) será requerido para salvar a Colleen, una de "los otros" que ha resultado herida, pero ignora que es parte de una estratagema de Juliet (Elizabeth Mitchel) para conseguir otros objetivos. "Los otros" saben que Sawyer (Josh Holloway) y Kate (Evangeline Lilly) pretenden escapar, por lo que serán castigados y sufrirán medidas drásticas para evitar que huyan. En la playa, la extraña conducta de Desmond (Henry Ian Cusick) llama la atención de los supervivientes...Desmond está construyendo un misterioso aparato.

Eko, tras haber sobrevivido a la explosión, trata de buscar respuestas luchando con los fantasmas de su pasado. Mientras, Desmond, Locke (Terry O'Quinn), Charlie (Dominic Monaghan) y otros supervivientes vuelven al búnker para tratar de reutilizar el ordenador que les pueda ayudar a localizar a sus amigos y observan que hay más estaciones en las que otras personas les vigilan. Los planes de domesticación que Ben (Michael Emerson) tenía con Jack se van al traste al ponerse al descubierto su grave enfermedad. Pero Jack desconoce que se trata de un plan de Juliet y algunos más que no están de acuerdo con el estilo de gobierno de Ben.

Juliet pide a Jack que intervenga a Ben pero éste dice que no superará la operación. Mientras, la vida de Sawyer está en peligro ya que Dani, uno de los guardianes de Ben, ha decidido que es una amenaza para la comunidad. Kate recuerda una parte de su pasado, lo que la llevará a tomar una importante decisión. Jack, presionado tanto por Kate como por Juliet, elegirá qué hacer respecto a una importante oferta de Ben. Y al mismo tiempo Locke descubre oculto un mensaje que cree que posiblemente les ayude a resolver los secretos de la isla.

La situación límite a la que han sometido "los otros" a Jack, hace que interrumpa la operación de Ben, a cambio de que dejen escapar a sus amigos. Mientras, Kate y Sawyer con la ayuda de Álex (Tania Raymonde), consiguen escapar de sus captores. Juliet recuerda su pasado como médico investigadora en fertilidad y la oferta que la llevó hasta su nuevo "hogar" en la isla.