Jack atiende a Boone, que tiene las piernas fracturadas y ha perdido mucha sangre; el chico empieza a delirar y dice que sabe que va a morir, pero Jack le dice que eso no ocurrirá porque él le va a salvar. Mientras tanto, el doctor recuerda el día de su boda. Por otro lado, Kate va a buscar alcohol para ayudar en la cura de Boone cuando se encuentra con Claire a punto de dar a luz.

El cursor de un viejo ordenador está a la espera de un comando mientras emite una señal sonora. Un hombre misterioso sale de la cama y escribe en el teclado antes de pulsar el botón ejecutar. Posteriormente toma un sano desayuno, pone su música favorita y hace un poco de ejercicio antes de inyectarse una sustancia. Pero alguien perturba su paz y el desconocido corre hacia otro cuarto, abre la combinación de su cerradura y allí hace acopio de algunas de las muchas armas que hay mientras vigila el acceso a su vivienda gracias a un periscopio y al uso de distintos espejos distribuidos por un largo túnel. Mientras el vigila la entrada Jack y Locke miran desde la entrada de la escotilla, porque el hombre misterioso está dentro de ella. La segunda temporada comienza allí donde terminó la primera, los supervivientes han dejado a Jack, Locke y algunos otros dirigiéndose a la trampilla para descubrir qué hay allí. Después de abrir la escotilla, que tiene grabada en ella los números que Hurley considera malditos, Jack se da cuenta que no podrán bajarlos a tiempo a todos por lo que decide abandonar la idea, pero Locke está impaciente por investigarla construyendo un arnés con el cable del fuselaje y él y Kate lo intentan a pesar de todo. Pero, tal y como han podido comprobar en los más de cuarenta días que llevan en la isla, el peligro y los misterios acechan tras todas las esquinas, y aquellos en quienes se podía confiar, se vuelven contra ellos. Incluso los héroes más admirados esconden secretos. Finalmente, Jin, Michael y Sawyer sobreviven al ataque a su embarcación por parte de “los otros” mientras que Walt continúa perdido en la mar. Flashback de Jack Sarah (Julie Bowen) llega a urgencias del hospital St. Sebastian tras pinchar un neumático de su coche mientras un hombre llamado Adam Rutherford que ha sido embestido por ella llega también en estado grave. Jack ha de decidir cual de los dos trata ya que ambos se encuentran en estado crí

Jake, Locke y Sawyer que se han quedado encerrados en la armería, consiguen, a duras penas, salir del encierro. Su principal objetivo es busca a Michael, que se ha fugado para intentar encontrar a su hijo. La desesperación del hombre es tal que no ha medido las graves consecuencias que esto puede causar en el resto de los supervivientes. Los tres hombres se adentran en la selva, pero en ningún momento dejan de discutir entre ellos. Después de varias horas de camino, se encuentran con una desagradable sorpresa: “Los otros”. Armados hasta los dientes les obligan a deponer las armas y a regresar al campamento Flash back de Jack Jack recuerda el por que se rompió su matrimonio cuando una mujer atractiva llego a su consulta en busca de una curación milagrosa para su padre.

Jack, Kate y Sawyer empiezan a descubrir a qué se enfrentan como prisioneros de "Los Otros".

Charlie consigue llegar hasta la estación submarina de "El Espejo", donde es capturado por dos mujeres que le custodian, éstas rompen el silencio cuando se comunican con Ben. Mikhail será enviado a la subestación para hacer limpieza, aunque hay cierta desconfianza hacia su líder. Mientras Jack y el resto de los supervivientes se dirigen a la torre de radio, Sayid, Jin y Bernard consiguen, sólo a medias, el plan para destruir a "los otros" y son capturados. Al mismo tiempo, Jack recuerda su intento de suicidio en un puente y cómo tuvo que abortarlo a consecuencia de un accidente de trafico.

Mientras Richard guía a "los otros" hacia el templo, Ben va a la torre de radio con Alex y allí espera a Jack y a los demás supervivientes. Ben trata de enfrentar a Jack contra Noemi, aduciendo que no es quien parece. Al mismo tiempo, Sawyer y Juliet, que han rechazado la ayuda de Hurley, traman un plan para rescatar a Sayid, Jin y Bernard, capturados por "los otros" en la playa. Por otro lado, Charlie y Desmond consiguen desbloquear la señal, pero al mismo tiempo, Charlie recibe una comunicación de Penélope -la novia de Desmond- que le asegura que no conoce a ninguna Noemi.