Jack y Sayid descubren en la distancia un velero. Piensan que puede tratarse de una excelente oportunidad para llevar a cabo su plan, por lo que deciden abordarlo. Los hombres descubren que en el velero viaja Desmond, que ha retornado a la isla, muy a pesar suyo. Sayid se sube a la embarcación para navegar bordeando la isla hasta el campamento de “Los otros”, con la intención de sorprenderles. Pero cuando está llegando al refugio, descubre en la costa una inquietante estatua, que no presagia nada bueno. Mientras, Michael, ajeno a lo que está sucediendo, se adentra junto a Jack, Kate, Sawyer y Hurley en la selva. Después de una dura jornada, el grupo se encuentra de frente con “Los otros”. Este encuentro dará respuesta a muchas de las preguntas que estaban planeando, entre ellas dónde había estado Michael y cuáles son las decisiones que éste ha tomado para poder rescatar a su hijo. En el campamento de los supervivientes, Eko y Locke, discuten acerca de dejar de apretar el botón. Una decisión que puede conllevar graves consecuencias para todos.

Después de que Desmond rescatara a Claire (Emilie de Ravin) cuando estaba a punto de ahogarse en la playa, Charlie (Dominic Monaghan), con la ayuda de Hurley (Jorge García), quiere saber por qué Desmond (Henry Ian Cusick) es capaz de prevenir el futuro. Desmond recuerda el momento en que giró la llave del mecanismo de seguridad que produjo la implosión del búnker, experimentando una extraña visión de su vida anterior a su ingreso en la armada.

Sayid y Desmond se encuentran turbulencias de camino al carguero, que inducen a Desmond a experimentar algunos efectos secundarios inesperados.

Juliet recibe una visita inesperada de alguien de su pasado, y le ordenan seguir a Charlotte y Faraday para evitar que completen su misión, a cualquier precio. Mientras tanto, Ben propone un trato a Locke.

El campamento de Locke en los Barracones sufre un feroz ataque. Mientras, Jack intenta descubrir la identidad de un cuerpo que ha llegado a tierra arrastrado por el mar.

Lapidus y los demás que van a bordo del helicóptero continúan buscando el barco para aterrizar. Mientras que en el carguero Michael, Desmond y Jin siguen intentando desconectar la bomba antes de que haga explosión. Además, Ben se encarga de mover la isla mientras le dice a Locke que vaya al campamento de Richard y los demás donde tendrá que convertirse en el líder.

Los supervivientes que quedan en la isla empiezan a sentir los efectos provocados por el traslado de la isla, y Jack y Ben se ponen en acción para intentar reunir a los seis de Oceanic y regresar a la isla con el cadáver de Locke, en un intento de salvar a sus compañeros perdidos.

Desmond va en busca de una mujer que puede ser la clave para ayudar a Faraday a detener los erráticos saltos temporales de la isla, y Locke descubre quiénes son los desconocidos que han estado atacando a los supervivientes.

Se desvela la forma en que los 6 de Oceanic pueden volver a la isla, pero surgen problemas cuando queda patente que no todos están dispuestos a regresar.

Para expiar los pecados del pasado, Ben debe intentar invocar al monstruo de humo para ser juzgado.

En el episodio número 100 de la serie comienza la hora de la verdad, ya que Daniel Faraday desvela por fin qué es lo que sabe sobre la isla.

Ilana decide matar a Ben después de descubrir que él mató a Jacob. Mientras tanto, Jack, Hurley y Richard visitan la Roca Negra. En la realidad alternativa, Ben es un profesor de escuela secundaria que intenta convertirse en director.

Sawyer, mandado por el falso Locke, va a la isla Hydra. Una vez allí descubre a Charles Widmore y le propone un trato. Cuando vuelve informa al falso Locke del acuerdo al que ha llegado con Widmore con la intención de que se maten entre ellos y poder escapar de la isla. En la línea temporal alternativa, Sawyer es policía en vez de estafador.

Después de que Jin sea secuestrado y llevado a la isla Hydra por el equipo de Widomore, el Hombre de Negro enfrenta a éste. En la isla principal, Sun pierde su capacidad de hablar inglés. En la realidad paralela, Sun y Jin son raptados luego de no poder realizar una transacción para el padre de Sun.

En la isla, Widmore usa a Desmond en sus experimentos para probar si puede sobrevivir nuevamente a una gran cantidad de radiación. En la realidad paralela, Desmond comienza a tener visiones de su vida en la línea de tiempo original con la ayuda de Charlie.

Después de que los supervivientes se reunan, Sawyer y Jack traman un plan para desviar la atención del Hombre Negro y salir de la isla sin él en el submarino de Widmore, pero desastrosas consecuencias les esperan. Jack investiga la causa de la parálisis de Locke y le ofrece tratamiento.

Mientras Locke idea una nueva estrategia, el grupo de Jack busca a Desmond.