Lois saca a Dewey de la clase especial, y todos los raros lo extrañan por lo que se escapan escondiéndose en árboles, hasta que él regrese. Hal conoce a un grupo de musculosos, a los que les ayuda con asesoría básica.

Hal decide festejar el día de Pearl Harbor junto con Dewey, pero su vecino le hace rivalidad, así que Hal tiene una sorpresa para él. Jessica les hace creer a Malcolm y a Reese que uno de los dos es gay.

Hal camina dormido por preocupación a comprarle el regalo de aniversario a su esposa, cosa que Reese aprovechará. Malcom compra una guitarra eléctrica para poder dominarla, sólo para saber que aprendió la tonada de un comercial de televisión.

Lois tiene problemas por el comportamiento de Jamie. Los chicos meten un trampolín para piscina al patio de su casa, y a Reese le trae muchos problemas la razón por la que jamie se porta así es porque reese le daba en el biberón de jamie bebida energética

Malcolm compra un auto usado, al que le dedicara mucho dinero. Reese hace apuestas en el Hipódromo. Lois descubre que Craig tiene una aventura con la esposa del gerente y Hal abre una estética.

Después de que Lois sorprendiera a los muchachos pintando graffiti en una valla publicitaria de lencería, ellos fingen defender los derechos de las mujeres y se vuelve un escándalo, y Lois tratará de jugarles varias trampas para que bajen de ahí. Una artimaña de Lois arruinará sus planes. Mientras, Hal esquiva a una mujer que le reclama una deuda.

Hal se enoja con Lois por haber comprado un colchón nuevo por ser muy grande, mientras Dewey toma ventaja de esto y compone su ópera sobre la pelea que hay entre sus padres.

Por medio de un testamento, Hal se convierte el albacea de un vecino que él casi no conoce y está en sus manos decidir su última voluntad que es desconectarlo o no a éste en el hospital, sin embargo, Hal tiene problemas con su libre albedrío que queda totalmente paralizado. Por otra parte Craig planea enfrentarse con su mayor enemigo: su padre.

Hal y Lois descubren que no tienen tiempo para contarse nada, por lo que Hall y sus hijos les construyen un bar tiki, pero después Hall descubre que Lois no cree en el cielo. Malcolm organiza una subasta, tras saber que nadie cree en él.

Después de salvar a Dewey de ser atropellado por un camión, Ida pierde una pierna. Malcolm y Reese tratan de pegarse la cabeza con un líquido adhesivo súper fuerte. Dewey tiene la conciencia intranquila por no poder hacer nada por la abuela, así que le hace un funeral a su pierna, pero un perro termina comiéndosela.

Dewey invita a Chad a dormir en su casa haciendo que Hal se oponga a que él venga, por otra parte Hal le oculta a Lois el repugnante secreto de que le tomó una foto de ella totalmente desnuda después una noche de fietas en donde Hal estaba totalmente ebrio, pero como Chad tiene la extraña obsesión de "ordenar " las cosas toma un sobre donde está escondida la foto y lo pone en una caja llena de papeles en donde Lois busca la garantía de una licuadora descompuesta. Hal revela su trastorno obsesivo-compulsivo a Dewey.

Francis viene a casa a celebrar su cumpleaños. Hall le tiene que cumplir su promesa de llevarlo a pasear en moto cuando cumpla 21, lo cual Lois no le permite pero lo descubre cuando pasean en la casa y luego se escapan. Lois se pone a beber con Piama. Malcolm Dewey y Reese descubren que randy los busca para golpearlos pero malcolm es el único que termina ileso porque randy buscaba a otro chico.

Reese trabaja con un exterminador de insectos, el cual le da una caja llena de orugas para que las reparta en todos los jardines de su vecindario, pero le da lástima dejarlas, así que las guarda en su casa y Lois tratara de tirarlas a la basura.Al final, las orugas se convierten en mariposas y Reese se trauma con el sonido de sus aleteos, por lo que Dewey aprovechara para jugarle bromas.

Lois visita a Ida, pero sus amigas la obligan a preparar una tarta gigantesca, la cual nunca termina por que no logra prepararla correctamente, provocando que Lois se enoje con su madre. Ida hace su baile tradicional junto con Lois. Malcolm le pide ayuda a Dewey con una obra musical, pero en una riña, provoca que Dewey quede sordo por escuchar música con volumen alto. Dewey se venga de él haciéndole lo mismo.

Hal es obligado a tomar un seminario motivacional en su trabajo, donde a todos los humillan, pero todo cambia cuando se hace el líder. Como historia secundaria, Reese juega con una jauría de perros y se hace el lider.

Malcolm es obligado a usar zancos para poder repartir volantes del Lucky Aide, después de que despidieran a Sam un empleado que últimamente estaba ebrio y usaba anteriormente los zancos, pero éste se vengará de Malcolm armando sus propios zancos y retando a Malcolm en un duelo para poder recuperar su trabajo. Reese empieza a tomar pastillas experimentadas y termina robando un caballo de la policía montada. Dewey descubre que jamie encontró el collar de perlas de lois que francis escondió antes de irse a la militarizada y se alía con él.

La clase de especiales toma de rehén a su profesor cuando amenaza a Chad por morderlo.Dewey no los puede ayudar por estar divirtiéndose con Francis.

Los muchachos inscriben a Lois a un concurso de belleza y Hal empieza a preocuparse por eso. Todas las participantes odian a Lois. Al final gana en primer lugar, mientras que Reese se pone triste por que tenía dotes de persona de 40 años, donde tenía ganas de entrar en el concurso y el juez se lo negó.

Hal descubre que su familia no ha tenido seguro desde hace seis meses y se entera de que no lo tendrá hasta que comience la semana, así que debe impedir que su familia se lastime y él es el que termina lastimándose. Mientras en Lucky Aide todos los empleados descubren que hay un "soplón" y Lois tiene la sospecha de que Craig sea el soplón.

Reese esta harto de que Malcolm siempre defienda a Stevie y que a él lo traten como un tonto y decide pelear con Stevie entumiéndose las piernas para que sea una batalla justa, pero Stevie le tiene una sorpresa. Dewey se enganche en los cigarrillos gracias al ex-fumador Hal y los muchos cigarrillos alrededor de la casa. Lois intenta hacer que Jamie hable poco diciéndole su vida moderna y sus años de escuela secundaria. Las primeras palabras de Jamie son "Callate mamá" en respuesta a su madre que no para de hablar.

En Noche de Brujas, Hall se entera de que vive en una "casa de muerte" por que hace años hubo una masacre, Malcolm se enferma y se queda en casa mientras que Reese, Dewey y Jamie van a pedir dulces. Lois se enoja por que no le dieron el día libre para acompañar a Jamie, mientras Reese y Dewey son perseguidos por un anciano por que ellos le aventaron huevos podridos a su puerta.

Jessica se queda en casa de Malcolm y lo convence de que la mejor forma de conseguir cosas de su mama es haciéndose el sufrido, por otra parte, Dewey hace creer a Reese que va camino a China.

Hay un apagón en la casa (provocado por Jamie) y eso sucede cuando Hal y Lois planean cenar en la casa para celebrar su aniversario, mientras que Hal le pide a Reese que cocine Carne de Kobe, mientras que por otra parte Francis planea robarse el trofeo de un pez en la cochera y le miente a Lois sobre su matrimonio para mantenerla distraida y Malcolm trae a tres chicas europeas para hacer una fiesta y tiene que sacar a sus papás de la casa. Al final, Dewey se expropia la fiesta de Malcolm y Reese, y obtiene la cena que quiere. Al estilo de Corre, Lola, corre, el episodio está dividido en tres partes, ambientadas en tres lugares diferentes de la casa: la habitación de los padres, el patio trasero y la cocina.

Reese recibe la visita de su amiga del ejército, la cual se enamoró de Lois.

Reese está en la clase de Malcolm y el profesor se encarga de humillar a Reese para llamar la atención de Malcolm y que este no le quite la medalla del mejor promedio.

Hal y Lois se van a la presentación musical de Dewey. Mientras, Reese y Malcom se quedan a competir en una serie de retos de la abuela Ida y el que gane todos se casa con su esclava.

Malcolm recibe varias propuestas de reclutadores Universitarios pero el los ignora mientras Hal decide entrometerse en el asunto. Dewey visita a Francis y nota que el tiene un verdadero desorden en su vida aunque al final aprendera una curiosa leccion y el matrimonio de Reese se ve finalizado.

Lois se enferma de mononucleosis y contagia a Malcolm atacándole la cara así que pasan tiempo en el cuarto para no contagiar a los demás y Hal convive con los vecinos sin saber que estos no aprecian a Lois.

El padre de Hal muere, y después del funeral Hal dice que todo esta bien que no pasa nada, además le preocupa que sus hijos no le lloren cuando el muera, así que, decide hacerles todo lo que se les antoje a sus hijos, cosa que Reese y Dewey aprovechan, hasta Malcom se ve tentado a aceptar los regalos de su Padre. Lois, por otro lado, intentará reanimarlo, con ayuda de Abraham Kenarban.

Hal se pelea con uno de sus amigos, pero a la vez se lastima una muela y no tiene dinero para ir al dentista, así que niega necesitar la ayuda del único amigo que lo puede curar gratis. Malcolm y Dewey se encuentran un colchón nuevo en medio de la calle. Reese le enseña a Lois a andar en bicicleta.

Dewey y Reese rompen el trofeo de asistencias de su padre por accidente y deciden enterrarlo en su jardín. Cuando están cavando el hoyo, Reese descubre que hay una puerta que lleva a un refugio antibombas. Los dos se meten ahí y Hal los sorprende, descubre que rompieron su trofeo, por lo que Reese y Dewey lo dejan encerrado ahí. Hal se quita el zapato para golpear la puerta y poder salir, pero se tropieza y prende la luz, descubriendo una gran sorpresa. Malcolm toma lecciones de baile, pero pierde a la novia. Mientras que Lois se gana un vehículo automotor nuevo, en un concurso de no soltar camionetas.

Stevie acaba de salir de cirugía y Malcolm quiere ir a visitarlo, pero siempre pierde el tiempo con cualquier cosa, hasta que Hal platica con él y decide ir a verlo directamente. Hal va al lago con Jamie a jugar con su lancha a control remoto, pero sin querer se sienta en la banca de un niño, y éste tiene una mejor lancha que Hal, por lo que hunde el barquito de Hal varias veces, hasta que él se harta y busca una manera de derrotar al niño, Malcolm le ayuda y al final derrota al niño, pero este se deprime porque el barco se lo había dejado su abuelo antes de morir.

Reese conoce una linda vegetariana llamado Carrie, cuando vuelve a trabajar en la planta de carne. Al principio, va a todo bien, pero lo sorprende con una chuleta de cerdo. Así, para obtener de vuelta a Carrie, libera todas las vacas de la planta de carne. Malcolm, mientras tanto, trata de engañar a Lois, usando a Craig para asi poder asistir a un concierto de rock.

Malcolm está harto de que nunca acepten a las personas dotadas como él en el baile escolar y decide rebelarse con una parodia del baile escolar. Dewey le quita las tarjetas de crédito a su padre y hace que Hal y Lois compren artículos de fiesta para celebrar el cumpleaños de Jamie, si quiere que Hal recupere sus tarjetas de crédito. Una chica le paga 200 dólares a Reese para que baile con ella.

En el capítulo final de esta serie, Malcolm, Reese y Dewey deciden quemar el único secreto que los tenía unidos porque ya no estarán más juntos, hacerle creer a Lois que tiene cáncer, se saben los deseos de Lois y Hal. Pasan tres meses y se ve que Dewey comprara un cohete y Jamie ya muestran signos de que serán muy problemáticos al igual que sus hermanos, Francis tiene un empleo igual al de su padre y vive feliz con Piama, Reese es conserje de su antigua escuela, Malcolm tiene que trabajar para poder seguir pagando sus estudios, y en la casa Hal se exalta cuando recibe la sorpresa de que Lois muestra una prueba de embarazo con resultado positivo.