Mientras los "Héroes" siguen probando sus recientemente descubiertos superpoderes, Claire trata de mantener una vida social normal cuando un romance con el quarterback del equipo, toma un giro trágico. Por su parte Hiro convence a su amigo Ando de que están destinados a viajar a América para salvar al mundo. Una asustada Niki sigue instrucciones de una misteriosa fuente que le llevan al medio del desierto. Por otro lado, Nathan usa el accidente de Peter para relanzar su carrera política. El escurridizo Sylar es cazado por Matt y el FBI, con la colaboración de Suresh, ya que el diario de su padre contenía pistas valiosas.

Niki, tras volver de una de sus pérdidas de consciencia y de memoria, encuentra a la policía en la puerta de su casa, buscando a D.L. Hawkins, su marido fugitivo. Claire se confiesa a su padre, y Hiro y su amigo son atacados por unos grandes apostadores de Las Vegas. Peter recibe un mensaje, de una fuente desconocida, que cambiará su vida. Mientras tanto, Matt usa a escondidas su poder de leer las mentes para anticiparse a las necesidades de su mujer. Consternado por los sucesos recientes, Suresh planea volver a la India y dejar descansar la memoria de su padre, así como toda su investigación.

Cuando se enfrenta a una crisis que implica a su hijo, una distraída Niki confiesa sus problemas personales a una amiga. Dejando de lado sus problemas en casa, Matt ayuda en la investigación de Audrey, que acaba con otro rarísimo asesinato. Su persecución de Sylar, el misterioso asesino en serie, da un giro inesperado. Después de fallar como "superhéroe" cuando se enfrentó al peligro, Hiro se cuestiona su heroísmo. Nathan y su mujer Heide planean estrategias sobre cómo ganar las elecciones al congreso. Claire se sorprende tras descubrir dónde estaba la cinta que descubre su particular "habilidad". Mientras tanto, su padre está muy decepcionado cuando escucha unas noticias por parte de uno de sus asociados.

De vuelta a la India para llorar la muerte de su padre, Mohinder tiene varios sueños del pasado que le obligan a preguntase qué camino tomar. En su viaje a Nueva York, Hiro y Ando hacen una parada en un bar y conocen a alguien bastante interesante. Claire por su parte intenta hacer una vida normal, centrándose en un baile del instituto sin saber todo lo que está por llegar. El hombre de las gafas de pasta y un aliado suyo bastante sorprendente centran su atención en otro "héroe".

La historia de este capítulo tiene lugar seis meses antes de los sucesos actuales. El padre de Mohinder, Chandra Suresh, llega a Nueva York para comenzar su búsqueda de los individuos con habilidades extraordinarias, y conoce a alguien muy deseoso de ser especial. Peter celebra su graduación de la Escuela de Enfermeros, y descubre que Nathan seguirá adelante con un caso que podría significar problemas para toda la familia Petrelli. Una visita sorpresa de su padre saca lo peor en Niki. Hiro intenta ser un héroe y cambiar el futuro para algo importante. Claire se une al equipo de animadoras y hace un curioso descubrimiento. Por su parte, el hombre de las gafas de pasta y el Haitiano se encuentran con alguien especial.

La historia se sitúa cronológicamente dos semanas después de lo ocurrido en el último capítulo, con Nathan determinado por salvar a un Peter comatoso, lo que le lleva a acudir a Simone pidiéndole ayuda. La pintura de Isaac "Hiro contra T-Rex" inspira a Hiro y Ando, que comienzan la búsqueda de la espada Samurai. Jessica sigue sin admitir la decisión de Niki de entregarse a la policía. Con su socia Eden muerta y Matt en los talones, H.R.G. intenta centrar sus órdenes respecto a Sylar. Después de que el Haitiano ofreciera a Claire una segunda oportunidad, Claire lucha con los cambios que ha producido la decisión que ha tomado. Retomando la búsqueda de su padre, Suresh intenta compartir la información que tiene sobre quién está "en la lista" de gente con especiales poderes y las amenazas que pesan sobre sus vidas. Mientras tanto, un nuevo héroe hace un impactante debut.

Mientras le persiguen unos desconocidos, la búsqueda de la espada por parte de Hiro da un giro cuando su padre aparece. Un rehabilitado Isaac se dedica a parar la destrucción de Nueva York... y a parar a Peter también. Claude, un hombre invisible con un misterioso pasado, puede tener mucho que enseñar a un futuro héroe. D.L. se las ve con sus nuevas responsabilidades familiares mientras Matt se sincera con su mujer Janice. H.R.G. se centra en su asesino cautivo, Sylar. Después de buscar al Haitiano, Claire se embarca secretamente en la búsqueda de sus verdaderos padres biológicos. Mientras Mohinder trabaja buscando a la gente de "la lista", recibe una inesperada visita.

Cuando se descubre la escandalosa verdad sobre quién es el padre biológico de Claire, su madre adoptiva se enfrentará a una crisis. Matt consigue un trabajo como guardaespaldas de un abogado deshonesto, lo que le pone en el punto de mira del nuevo asesino a las órdenes de Linderman. Hiro y Ando vuelven a Las Vegas a encontrar la espada, pero su misión se ve interrumpida por una damisela en apuros. Suresh encuentra en la lista, y sin saberlo, él mismo se pone en peligro. Mientras tanto, Simone recurre a una inesperada ayuda en su lucha y la de Nathan por encontrar a Peter.

Peter se da cuenta de que él y Claude han podido ser traicionados. Matt se une al hombre radiactivo Ted Sprague y a Hana Gitelman, la mujer con habilidades mentales "wireless". Hiro tiene que tomar una decisión dura en cuanto a su misión. Claire ya no puede aguantar su enfado contra su padre.

Una mujer llamada Elle, esta buscando a Peter. Ando busca a Hiro en el pasado. Matt busca al hombre de los sueños de Molly. HRG da otro paso en su esperanza por proteger a su familia y a el mismo.

HRG convence a Emile Danko, más conocido como The Hunter, para que libere a Tracy del "Edificio 26"(Building 26), con la esperanza de que ella le conduzca a Rebel. Cuando Angela evita la captura, ella visita a una vieja amiga en busca de ayuda. En Los Angeles, Hiro y Ando continuan con su última misión encomendada por Rebel para proteger a un nuevo héroe.

Sylar continúa su extraña cooperación y comienza una inesperada crisis de identidad. Hiro y Ando comienzan con su plan de acabar con el Building 26. Mientras, Matt cambiará sus prioridades al enterarse de su paternidad. Por otro lado, Nathan da comienzo un plan para corregir el daño ocasionado por sus operaciones.

Seis semanas después de que Matt y los otros borrasen la mente de Sylar, los Heroes intentan seguir llevando una vida normal. Se nos presenta a una "familia" de feriantes con habilidades. Angela Petrelli y H.R.G. están trabajando para restablecer La Compañía mientras Claire hace nuevos "amigos" en el colegio. Tracy sigue cazando a todos los del Edificio 26, mientras Hiro y Ando comienzan un negocio de "Heroes de alquiler"

Cuando Hiro viaja tres años atrás, tiene una segunda oportunidad para salvar a Charlie de las manos de Sylar. De todos modos, la presencia de Samuel sirve para complicar la misión de Hiro todavía más. En otro lugar, el pasado de H.R.G. con su compañera en Primatech es revelado.

Claire asiste al funeral de Nathan mientras Peter trata de calmar su dolor a su manera: buscando venganza. Mientras tanto, Noah y Lauren interrogan a Edgar, al que han capturado, para obtener información sobre la situación exacta de la feria de Samuel. Por otro lado, Sylar regresa a la feria, donde tratará de introducirse en la mente del asesino con la ayuda de Lydia y descubrir así qué es lo que le atormenta.

El hombre de las gafas de pasta pide ayuda a Matt para cazar a Samuel. El hombre pretende utilizar a su amor perdido, Vanessa, para que les ayude a encontrarle. Samuel, sin embargo, tiene otros planes para la joven. Mientras tanto, Hiro y Ando se ponen en marcha para sacar al doctor Suresh del psiquiátrico. Además, Peter presenta a Emma a su madre, lo que le provoca visiones de un futuro desalentador.

Los médicos practican la cirugía a Hiro, en un intento desesperado de salvar su vida. Mientras está inconsciente, tiene una visión en la que se encuentra en un tribunal presidido por su padre Kaito y Adam Monroe. Hiro es hallado culpable de utilizar sus poderes de manera egoísta, delito penado con la muerte. Por otro lado, Sylar pide a Claire que le ayude a resolver sus problemas emocionales. La joven está furiosa, pero cuando Sylar amenaza con hacer daño a Gretchen, Claire decide colaborar. Mientras tanto, Samuel trata de reconquistar a Vanessa. Le compra un nuevo vestido y se la lleva a la casa de ensueño que ha construido para ellos en el valle. Tras besarla, Samuel le propone que se embarque con él en una nueva vida. Vanessa está halagada, pero su vida está en Los Ángeles.

Preocupado por su sueño sobre Emma, Peter convence a Angela para que le diga dónde encontrar a Sylar. Éste se encuentra con Matt y quiere que acabe con sus poderes para poder llevar una vida totalmente diferente. Matt cree que no podrá lograrlo, pero le promete intentarlo cuando Sylar amenaza la vida de su familia.