Peter encara circunstancias inesperadas por sus heróicos actos y conoce a un nuevo héroe poco dispuesto. Como Claire continúa ajustando su vida de estudiante, debe pensar cómo llevar que su habilidad haya sido revelada. Mientras tanto, Samuel mueve cielo y tierra para recuperar las memorias de su difunto hermano Joseph. En otro lugar, Matt lucha con sus demonios internos mientras Sylar resurge misteriosamente.

Samuel se prepara para los nuevos miembros de su familia, mientra Lydia le advierte de las consecuencias. Claire descubre que su compañera de cuarto Gretchen puede tener un diario secreto. Mientras, Peter encuentra una inesperada forma de conectar con Emma, quien prefiere mantenerse a distancia. En otro lugar, un lado diferente de Sylar emerge e intenta recordar desesperadamente la clase de persona que era.

Con la ayuda de Samuel, Sylar comienza un camino para redescubrir su verdadera identidad. Hiro ayuda a Emma a aceptar y entender las grandes posibilidades que van unidas a su habilidad. Mientras tanto, Peter se apunta para ayudar a H.R.G. en la búsqueda de alguien que pueda salvar la vida de Hiro.

Un choque de trenes en Nueva York provoca numerosas víctimas y Peter se desplaza hasta el lugar para ayudar. El único problema es que, cada vez que cura a alguien, su energía disminuye. Por otro lado, a pesar del caos, Emma finalmente logra utilizar sus conocimientos para salvar la vida de una niña. Además, Gretchen tiene tanto miedo tras lo que pasó con Becky que Claire pide al hombre de las gafas de pasta que las ayude. Esto no alivia a Gretchen, que decide tomar el primer vuelo a casa y dejar la escuela. Claire pronto descubre que no es a ella ni a Gretchen a quien quiere matar Becky. Por otro lado, Samuel se despierta en casa de Lidia como Nathan. Asustado, Nathan se pone la ropa de Sylar y vuela a Nueva York, donde se desmaya en los brazos de Peter. Nathan tiene problemas y necesita ayuda.

Peter y Nathan obligan a Angela a decirles la verdad sobre la muerte de Nathan. La chica confiesa que obligó a Matt a introducir la personalidad de Nathan en el cuerpo de Sylar. Sylar toma control del cuerpo de Nathan y está a punto de matarla, pero Nathan logra evitarlo. Por otro lado, Claire da a su familia una noticia bomba: está a punto de dejar la escuela. El hombre de las gafas de pasta trata de persuadirla para que reconsidere su decisión, pero ella no quiere oír hablar del tema. Gretchen llega a su casa y hacen las paces.

Samuel trata de captar a Emma para su causa regalándole los oídos y diciéndole lo especiales que le parecen sus poderes. Mientras tanto, en la feria de los hermanos Sullivan, Claire cada vez sospecha más de las auténticas intenciones del hombre. La animadora deberá vérselas no sólo con la mano derecha de Samuel, Eli, sino también con Eric Doyle. Por otro lado, Hiro regresa a Japón y habla en clave a Ando para tratar de convencerle de que rescaten a Mohinder del psiquiátrico de Florida en el que se vio obligado a internarlo para protegerlo de Samuel.

El hombre de las gafas de pasta pide ayuda a Matt para cazar a Samuel. El hombre pretende utilizar a su amor perdido, Vanessa, para que les ayude a encontrarle. Samuel, sin embargo, tiene otros planes para la joven. Mientras tanto, Hiro y Ando se ponen en marcha para sacar al doctor Suresh del psiquiátrico. Además, Peter presenta a Emma a su madre, lo que le provoca visiones de un futuro desalentador.

Preocupado por su sueño sobre Emma, Peter convence a Angela para que le diga dónde encontrar a Sylar. Éste se encuentra con Matt y quiere que acabe con sus poderes para poder llevar una vida totalmente diferente. Matt cree que no podrá lograrlo, pero le promete intentarlo cuando Sylar amenaza la vida de su familia.

Tras el tiroteo de la feria, Eli se encuentra con Claire en la caravana de Samuel. Éste tiene un plan para poner a la joven de su parte: mostrarle los recuerdos del hombre de las gafas de pasta. Al parecer, su primera esposa estaba embarazada cuando fue asesinada por un 'especial'. El hombre, como venganza, cazó a otro personaje con poderes y lo mató. La Compañía, entonces, lo reclutó y le obligó a casarse con Sandra.

La serie se despide de sus seguidores con un episodio en el que Eli aparece en casa de Matt tratando de prevenir a Peter y Sylar de encontrar a Samuel. Éstos no le hacen caso y siguen con su búsqueda. Mientras tanto, el oxígeno se acaba en la caravana de Samuel.