Adama y Cain encuentran un terreno común cuando Starbuck regresa con imágenes del barco Cylon. Roslin negocia una tregua temporal, mientras Starbuck planea un ataque.

Galáctica y Pegasus se están preparando para el asalto a la nave de Resurrección Cylon. Mientras Starbuck discute el plan de Adama de matar a Cain con Apollo, el coronel Fisk detiene a los miembros de la tripulación de Pegasus que están golpeando a Helo y Tyrol. Envía a sus marines a Galáctica para ejecutar el plan de Cain de matar a Adama. Apollo parece no estar de acuerdo con el plan de su padre y lo escucha antes de partir en el blackbird para destruir la unidad de salto de la nave de Resurrección. Las cosas no salen bien para él. Mientras tanto, el Dr. Baltar está tratando de cuidar de la Number Six en Pegasus. Parece tener sentimientos por ella, para consternación de la Number Six en su cabeza.

Dos de los raptores de Pegasus desaparecen después de una sospechosa llamada de auxilio. La presidenta Roslin debe tomar una decisión sobre el aborto que podría dañar su carrera política.

Los Cylons han estado en control de Nueva Caprica durante más de cuatro meses. Gaius Baltar está bajo su control y básicamente sigue sus órdenes. Hay una resistencia que hace estallar bombas y hace todo lo posible para interrumpir la actividad de los Cylons. El Coronel Tigh está en prisión y a pesar de ser sometido a torturas extensas, incluyendo la pérdida de un ojo, no les ha revelado nada. Su esposa Ellen hará cualquier cosa para asegurar su liberación y pronto comienza una relación sexual con uno de los Cylons, John Cavil. Hay sentimientos encontrados entre los sobrevivientes. Algunos sienten que los actos aleatorios de violencia contra sus captores no sirven para nada, mientras que otros sienten que es su deber resistir. Kara Thrace, Starbuck, está siendo mantenida prisionera en un apartamento por Leoben Conoy. Ella también se resiste, pero cada vez que lo mata, él simplemente se regenera y reaparece insistiendo en que lo seguirá haciendo hasta que ella le diga que lo ama. De vuelta en Galactica, el Almirante Adama reprende a su hijo Lee, Comandante del Battlestar Pegasus, por volverse débil.

Como resultado de los recientes atentados suicidas, algunos de los Cylons ahora argumentan que necesitan tomar represalias. Laura Roslin, entre otros, está bajo custodia y Gaius Baltar intenta hacer que coopere. Sin embargo, Tigh se niega rotundamente a poner fin a los atentados suicidas. Los arrestos nocturnos también conducen al arresto de Cally, pero dejan a su bebé en paz. Sharon Valerii ve lo que puede hacer al respecto. Mientras tanto, John Cavil le dice a Ellen Tigh que debe proporcionar la fecha y el lugar de la próxima reunión de los comandantes de la resistencia. Leoben Conoy todavía tiene a Starbuck prisionera, pero le presenta a su hija, Kacey, que fue concebida a partir de huevos que recolectaron de ella cuando estaba en la Granja. En Galactica, el almirante Adama comienza a planificar un rescate masivo de todos en New Caprica. Se da cuenta de que tendrán que obtener las llaves de lanzamiento de todas las naves en la superficie del planeta. La mejor manera de infiltrarse entre los Cylons es con otro Cylon, por lo que Adama comisiona a Sharon Agathon como oficial.

La fuente secreta dentro de la administración ha proporcionado a Tyrol una lista de todos los humanos programados para ser exterminados. La esposa de Tyrol, Cally, está en la lista y él se dispone a rescatarla. Sharon Agathon ha llegado a salvo al planeta, pero son emboscados por Cylons que los esperan. Se dan cuenta de que fueron traicionados y Anders encuentra pruebas contundentes que señalan la identidad del traidor. D'Anna Biers ha estado teniendo extraños sueños últimamente y un oráculo le dice que la niña Hera está viva y la sostendrá en sus brazos. Mientras tanto, Roslin asigna un equipo de hombres para proteger a la niña a toda costa. El Almirante envía el Pegasus lejos con los pocos barcos civiles restantes para continuar la búsqueda de la Tierra.

La flota colonial realiza un viaje angustiante. Kat desempeña un papel vital en el éxito o fracaso del paso.

La tripulación de Galactica hace una parada en el planeta Algae desierto.

Los Cylon descienden sobre la misión de reabastecimiento mientras el Jefe corre para descifrar las marcas en el templo que se cree que alberga el Ojo de Júpiter, un ícono sagrado que se cree que contiene un mapa hacia la Tierra.

Las coincidencias crean nuevas alianzas a bordo de Galactica.

Una alianza inestable entre la Flota Colonial y los rebeldes Cylon es puesta a prueba cuando los dos grupos unen esfuerzos para eliminar un "Resurrection Hub" Cylon. Mientras tanto, Athena pierde el control cuando Hera se siente extrañamente atraída por Natalie.

D'Anna exige que los cuatro Cylons de la flota sean enviados a la nave basestar. Solo Tory va, mientras que los otros tres son atraídos repentinamente hacia la Viper de Kara por la música. Finalmente se encuentra la ruta hacia la Tierra.

Explorando el planeta se descubre que no hay vida excepto plantas. La destrucción ocurrió aproximadamente 2.000 años antes. Entre las ruinas se encuentran esqueletos y restos de Centuriones de un tipo diferente. Pero un examen más detallado de los esqueletos revela que ¡son Cylon! ¿Podría ser que la 13ª Tribu realmente haya sido solo Cylon? El Jefe Tyrol, el Coronel Tigh, Sam Anders y Tory recuerdan haber vivido en el planeta y morir allí. ¿Cómo llegaron a las colonias? Starbuck encuentra un trozo de su Viper y, a pesar de las advertencias de Leoben, comienza a buscar la cabina... Roslin pierde la fe en los Rollos de Pithia. Apollo y Dualla parecen reconciliarse, pero él necesita descubrir qué decirle a la gente de la Flota... Una tragedia lleva a Adama a confrontar a Saul.

Adama considera la sugerencia de Saul y Tyrol de que la Flota debería integrar la tecnología de salto de los Cylon, ya que triplicaría la distancia que podrían cubrir antes de quedarse sin combustible. Pero la condición de los Cylon es que se les permita unirse a la Flota, por seguridad contra Cavil, que todavía está allí fuera. En última instancia, la decisión depende de la Presidenta Roslin, pero Zarek convoca al Quórum y consigue que aprueben la propuesta de que ningún Cylon pueda subir a ninguna nave colonial a menos que sea permitido por el capitán del barco. Tyrol se entera de la Dra. Cottle de que Cally hizo realizar una prueba de paternidad del niño y los resultados indicaron que Tyrol no es el padre, por lo tanto, el niño es completamente humano. Roslin comienza a recuperarse de la desesperación en la que cayó poco después de que la Flota encontrara la Tierra.

La Flota se niega a cooperar con los ingenieros cylon y Adama decide poner fin a esto. Envía un mensaje al Quórum declarando que a menos que deseen unirse a Zarek en la celda, deben poner a su gente en orden. Sin embargo, Gaeta ya ha liberado a Zarek con la ayuda de otros supuestos revolucionarios. Permiten que Zarek abandone Galactica en un raptor. Aterriza en Colonial One y entra en una reunión del Quórum. Mientras tanto, Anders es emboscado y capturado. En el CIC, Gaeta manipula astutamente a todos los demás hasta que llega el momento de que la revolución comience.

Ellen and Boomer travel to the Galactica. Saul is entranced at the sight of his wife while Adama puts Boomer in the brig. Ellen is not so pleased when she learns that Caprica Six is pregnant by Saul. Her interference and jealousy leads Six to have a miscarriage. Sam Anders survived the operation but now seems to be brain dead. Ellen is disappointed that the Final Five cannot be completely reunited. By majority vote, the Five agree that they will go off on their own, leaving the Colonial Fleet behind. Adama has agreed to have the cracks in the Galactica's hull repaired using a Cylon living resin.

Kara conoce a un pianista que le recuerda a su padre. Intenta tocar una melodía que recuerda de su infancia, y un dibujo hecho por Hera la ayuda. Mientras tanto, Boomer será juzgada por traición. Tyrol toma su lado y la ayuda a escapar.

La Colonia está ubicada en el borde de un agujero negro con solo un punto de entrada en lo que es un campo de escombros muy grande. Sabiendo que la Galáctica ha llegado al final de la línea, el almirante Adama pide voluntarios para llevar a cabo un ataque sorpresa en la base Cylon, dándose cuenta de que puede ser el último salto de la nave. En flashbacks previos a la invasión Cylon, se presentan momentos clave en la vida de varios miembros de la tripulación. Estos incluyen el primer encuentro entre Kara Thrace y Lee Adama; la lucha del almirante Adama con su decisión de retirarse de la flota colonial; la relación de Gaius Baltar con su padre y su relación en desarrollo con Caprica Six; y Sam Anders discutiendo la motivación detrás de su carrera deportiva profesional.

Una Galáctica despojada ataca la nave Colonia de los Cylon en la esperanza de rescatar a Hera. Se revela el significado del sueño compartido en la Ópera House en Kobol. Sam Anders es trasladado en su tanque Híbrido al CIC con la esperanza de que pueda ayudar a los combatientes. Con su misión cumplida, el Almirante Adama ordena a Starbuck que elija un destino, cualquier destino, al cual la nave pueda saltar para escapar de allí. Con eso, se explica el significado de la melodía y las notas musicales. Después de saltar con éxito, la vieja Galáctica ha llegado verdaderamente al final de su vida. Se encuentra un planeta capaz de sostener vida y Lee Adama hace una propuesta radical para el futuro de la humanidad. En un salto hacia el futuro, se revela la importancia de Hera para la raza humana.

A medida que los conflictos llegan a su punto culminante, los Cylons y los humanos se enfrentan a una elección crucial.