La Galactica y las otras naves restantes, con alrededor de 50,000 personas a bordo, están siendo perseguidas por los Cylons. Se ven obligados a saltar al hiperespacio cada 33 minutos. De alguna manera, los Cylons saben hacia dónde van y aparecen exactamente 33 minutos después de que la Galactica llega. La tripulación no ha dormido en más de 130 horas y todos están exhaustos. Se alegran cuando finalmente dan un salto y los Cylons no aparecen en el minuto 33. También son propensos a cometer errores y se dan cuenta de que han dejado atrás una nave, la Olympic Carrier, con 1300 pasajeros a bordo. Cuando la nave se reincorpora a la flota unas horas después, los Cylons vuelven a llegar 33 minutos después, lo que lleva a Adama a concluir que hay espías Cylons a bordo. La Presidenta Roslin ahora se enfrenta a una decisión importante. La identidad del Cylon a bordo de la Galactica es revelada.

Decidiendo utilizar a los mil prisioneros a bordo de una nave de transporte de prisioneros para extraer hielo en el planeta que han encontrado, los planes de Galactica se ven alterados cuando un prisionero político a bordo lidera un levantamiento, tomando rehenes. Cuestiona la legitimidad del gobierno de Roslin y exige que se realicen elecciones libres en la flota.

Starbuck ha sido derribada sobre una luna estéril y debe ser rescatada antes de que se quede sin oxígeno. Adama se obsesiona con tratar de salvarla incluso cuando toda esperanza parece perdida, poniendo en riesgo a la flota. Mientras tanto, Starbuck encuentra el Cylon Raider que derribó e intenta aprender a volarlo para poder escapar.

Un Cylon humanoid se ata explosivos y comete un atentado suicida en un pasillo lleno de gente en la Galáctica. Roslin y Adama se ven obligados a revelar públicamente que los Cylons ahora tienen modelos que se parecen a los humanos, y una ola de paranoia se extiende por la flota mientras todos comienzan a ser sospechosos de ser un Cylon.

Galactica se encuentra con Kobol, el mundo natal perdido de la humanidad del que se dice que las 13 Tribus provienen, y que supuestamente contiene las únicas pistas sobre la ubicación de la Tierra. Roslin convence a Starbuck de robar el raider Cylon capturado y regresar a Caprica ocupada por los Cylon para recuperar un artefacto religioso que desbloqueará los secretos en Kobol.

Furioso porque Roslin usurpó su comando al ordenar a Starbuck que robara el Raider capturado, Adama decide que su única opción es asaltar Colonial One con marines y terminar con su presidencia. Starbuck llega a Caprica y encuentra la Flecha de Apolo en un museo, pero tiene que enfrentarse a una copia de Número Seis para obtenerla.

A medida que se desarrolla el estreno de la segunda temporada, Adama se encuentra moribundo, dejando a Tigh a cargo. Lee y Roslin han sido enviados a la brigada. Un salto de emergencia sale mal, dejando a la Galactica sola en el espacio sin la flota.

Un virus Cylon está interfiriendo con el suministro de energía de la Galáctica, mientras que los centuriones Cylon se dirigen hacia sistemas cruciales. De alguna manera, deben ser detenidos.