Un nuevo grupo de espías consigue introducirse en el SD-6, saltándose los sistemas de seguridad, y gracias al armamento que poseen se hacen con el control del edificio. Cuando Sydney entra en el SD-6 se encuentra con Jacks en el ascensor, quien aprovecha la situación para advertir a Sydney de que Sloane está planeando matarla si en algún momento intenta huir de la organización. Mientras mantienen esta conversación, el ascensor se detiene bruscamente. Cuando escuchan las alarmas en todo el edificio se dan cuenta de que esto sólo puede significar una cosa: alguien ha irrumpido en el edificio. Sydney y Jack consiguen escapar del ascensor y cuando llegan al sótano del edificio descubren que los intrusos han capturado a un importante número de rehenes. Entre ellos se encuentra Sloane.

Sydney descubre una carta escrita por su padre en la que le advierte de la caótica situación que se le avecina. Después de que Sloane active la alarma de seguridad y se abra el sótano SD, se desencadenará una fuerte explosión. Sydney debe desactivar tres cargadores antes de que los intrusos puedan averiguar el código de seguridad del sótano y se produzca la detonación. Por otro lado, los intrusos toman a Dixon como rehén, pero éste consigue despistarles y ponerse en contacto con la CIA, explicado el peligro que corre. Vaught recibe el mensaje de Dixon y, en contra de lo que dictan las órdenes oficiales, decide ir a ayudarle. En el SD-6 se reúne con Sydney y juntos consiguen desactivar el primer cargador. A continuación, se dividen para inutilizar los dos cargadores que aún están escondidos.

En su regreso, Sydney es detenida por el DSR, ya que la Agencia Nacional de Seguridad, que se encarga de los temas relacionados con fenómenos paranormales, está intentado encontrar una explicación a la aparición de la imagen de Sydney en la página 47 del código Rambaldi. Por otro lado, Sydney está siendo sometida a un importante número de test psicológicos por parte del DSR y ahora quieren obligarle a realizar otros tantos de carácter físico. Ella se niega a hacerlos y se escapa del centro, desafiando a los agentes del DSR. Más tarde, Jack descubre que los agentes del DSR no tienen el código original para descifrar el código Rambaldi, puesto que dicho código se encuentra escondido en la sede del Vaticano. A pesar de ser una misión peligrosa, Sydney convence a Vaughn para que, junto a ella, se introduzca en su interior.

El oficial Kendall y el resto de su equipo del FBI retienen a Sydney para interrogarle. Su objetivo es obtener información sobre su pasado y su relación con la profecía Rambaldi. Sydney, presionada por los agentes, se ve en la obligación de confesar cómo entró a formar parte del SD-6 tras su entrenamiento en el Credit Dauphine. Explica, también, cómo descubrió la verdad sobre el SD-6 gracias a su padre, algo que le llevó a unirse con la CIA y que le convirtió en un agente doble. Por su parte, Jack advierte a Vaughn de que Sydney perderá la protección que ahora tiene, por parte del SD-6, si permanece demasiado tiempo retenida por los miembros del FBI. Jack elabora entonces un plan para liberarla y demostrar su inocencia.

La vida de Will está en peligro. Kashinau le tiene en su poder y no dudará en usar las torturas más crueles para que confiese. Sydney recibe una llamada de Shark: Si quiere volver a ver con vida a Will debe entregar a cambio la página y el líquido de Rambaldi en poder de la CIA y el SD 6. Jack y Sydney organizan una complicada operación para rescatar de un laboratorio del SD 6 la página 47 de Rambaldi, y de los almacenes de la CIA el líquido necesario para leerla. Dixon desconfía del comportamiento de Sydney y cree que está traicionando a su causa, Sydney no puede contarle la verdad por el momento y teme que la denuncie ante la división de seguridad.Will ha sido herido y secuestrado por Shark, quien quiere proceder a interrogarle. Sydney recibe una llamada de Shark proponiendo un intercambio.