Sloane envía a Dixon y Sidney a Madrid con la misión de robar una caja de seguridad que contiene un dibujo de lo que parece ser un código dibujado a finales del siglo XV por Milo Ramaldi. El código se compone de dos partes. La Agencia SD-6 necesita el segundo dibujo para completar el código. Sidney descubre que Anna Espinosa, miembro de una agencia rival rusa posee la caja de seguridad. Después de una intensa riña, Sidney consigue la caja pero Anna tiene la llave para abrirla. Por este motivo, Sloane acuerda una cita entre Anna y Sidney. Cuando por fin consiguen abrir la caja, las dos agentes se horrorizan ante el ensordecedor sonido que se emite desde el interior de la caja.

Sydney logra memorizar junto con su homóloga, la espía rusa Ann, un código que posee una antigüedad de 500 años. El código completo revela una localización geográfica que le lleva a una iglesia en Málaga donde Ann y Sydney coincidieron hace mucho tiempo como rivales. Por su condición de doble agente, Sydney se ve envuelta en una nueva peligrosa misión ya que debe proporcionarle el código secreto al SD-6. Dixon y Sydney viajan a Casablanca para investigar el complot que pretende eliminar la Organización de Comercio Unido (OCU). Allí la agente se hace pasar por una turista canadiense de habla francesa. Más tarde, ambos agentes viajan a Sao Paolo, ciudad en la que se celebra una conferencia de la OCU y que tiene como invitado de honor al Premio Nobel de la Paz, Dhiren Patel. En Brasil, Sydney tendrá que evitar la explosión de una pequeña bomba que el Nobel tiene instalada en su marcapasos.

Sydney viaja a la universidad de Oxford tras la pista de otro de los misteriosos inventos de Rambaldi. Un extraño reloj que es una pista más de su rompecabezas, para conseguirlo tendrá que enfrentarse con Ana Espinosa que también esta en Oxford. Los problemas de Sydney no terminan con Ana. Sloan ha colocado a un agente para que la vigile y controle. El SD6 sabe que tiene un topo entre sus filas y encontrarlo es prioritario para la división de seguridad. Sydney tiene que enfrentarse a un sofisticado detector de mentiras para convencer a Sloan de que ella no es el agente doble. El agente Vaughn de la CIA ayuda a Sydney a superar el detector de mentiras pero no consigue disipar todas las sospechas que sobre ella existen. Un exploración meticulosa del reloj de Rambaldi revela que combinándolo con otro de los objetos rescatados por Sydney muestra una carta astral de un determinado lugar a una hora precisa. Ese lugar es una montaña entre Argentina y Chile. Sydney viaja con Dixon para investigar el lugar pero allí les está esperando Ana.

El oficial Kendall y el resto de su equipo del FBI retienen a Sydney para interrogarle. Su objetivo es obtener información sobre su pasado y su relación con la profecía Rambaldi. Sydney, presionada por los agentes, se ve en la obligación de confesar cómo entró a formar parte del SD-6 tras su entrenamiento en el Credit Dauphine. Explica, también, cómo descubrió la verdad sobre el SD-6 gracias a su padre, algo que le llevó a unirse con la CIA y que le convirtió en un agente doble. Por su parte, Jack advierte a Vaughn de que Sydney perderá la protección que ahora tiene, por parte del SD-6, si permanece demasiado tiempo retenida por los miembros del FBI. Jack elabora entonces un plan para liberarla y demostrar su inocencia.

Sloane le da a Jack total autoridad sobre los otros miembros, incluyendo a Anna Espinosa, una vieja enemiga de Sydney. Sin embargo, Anna cambia las cosas en la organización cuando captura a Nadia y fuerza a Sydney a cumplir sus órdenes. Sydney le cuenta a Nadia la profecía de Rambaldi, la cual profetiza que dos hermanas lucharán y tan solo una sobrevivirá. Mientras, Vaughn visita a Sark y trata de engañarle para que le ayude a capturar a Anna. Finalmente, una de las hermanas es herida de muerte por Anna.

Mientras Nadia está en coma, Sark entra en la organización para ayudarles a infiltrarse en el Frente Revolucionario de Cadmus y recuperar la bomba, pero a cambio pide ver el cuerpo de Lauren y que Vaughn abra el ataúd para él. Nadia sería la única persona con la inteligencia necesaria para interceptar la bomba, así que Jack es forzado para despertar prematuramente a Nadia del coma, poniendo en peligro su vida, lo que no le hace gracia a Sloane cuando se entera.

Hace un mes que ha nacido el bebé y Sydney se encuentra de baja maternal.Will será el que la vuelva a poner en acción. Sus enemigos se darán cuenta de que la mejor manera de hacer daño a Sydney es atacando a sus amigos.