En su regreso, Sydney es detenida por el DSR, ya que la Agencia Nacional de Seguridad, que se encarga de los temas relacionados con fenómenos paranormales, está intentado encontrar una explicación a la aparición de la imagen de Sydney en la página 47 del código Rambaldi. Por otro lado, Sydney está siendo sometida a un importante número de test psicológicos por parte del DSR y ahora quieren obligarle a realizar otros tantos de carácter físico. Ella se niega a hacerlos y se escapa del centro, desafiando a los agentes del DSR. Más tarde, Jack descubre que los agentes del DSR no tienen el código original para descifrar el código Rambaldi, puesto que dicho código se encuentra escondido en la sede del Vaticano. A pesar de ser una misión peligrosa, Sydney convence a Vaughn para que, junto a ella, se introduzca en su interior.