Sydney empieza a trabajar en la CIA y, poco después, conocerá al agente Vaughn por el que sentirá una innegable atracción. El principal objetivo de Sydeny es destruir 'La Agencia' pero Vaughn le enseñará que 'La Agencia' es simplemente una pequeña cedula y que en realidad pertenece a un grupo superior y de ese es del que tienen que ocuparse.

Sloane envía a Dixon y Sidney a Madrid con la misión de robar una caja de seguridad que contiene un dibujo de lo que parece ser un código dibujado a finales del siglo XV por Milo Ramaldi. El código se compone de dos partes. La Agencia SD-6 necesita el segundo dibujo para completar el código. Sidney descubre que Anna Espinosa, miembro de una agencia rival rusa posee la caja de seguridad. Después de una intensa riña, Sidney consigue la caja pero Anna tiene la llave para abrirla. Por este motivo, Sloane acuerda una cita entre Anna y Sidney. Cuando por fin consiguen abrir la caja, las dos agentes se horrorizan ante el ensordecedor sonido que se emite desde el interior de la caja.

El SD6 trata de minimizar los riesgos tras la filtración del agente doble. Retienen a Sydney para torturarla e interrogarla. Sloan hace creer a Sydney que su compañero Russeck también es sospechoso de ser un agente doble, Sloan espera que Sydney ante el sufrimiento de un compañero se desplome y confiese todos los datos que le ha dado a la CIA. Jack Bristow tiene que actuar nada más enterarse de la situación de su hija. Sin posibilidad de que la CIA le ayude logra por sus propios medios salvar a su hija. Sydney con la confianza ganada de nuevo frente a Sloan. La nueva misión de Sydney es viajar a Kenia para descubrir la nueva identidad de Hassan, un traficante de armas. Jack debe viajar a Cuba para encontrarse con Hassan y matarlo, pero esa es la misión del SD6, la CIA lo quiere vivo para conseguir su lista de clientes.

Vaughn se reencuentra con Sydney después de la misión de Cuba y le comunica que ha descifrado el código Cyrillic gracias a unos libros que pertenecían a su madre. El código fue escrito por la KGB y contenía los nombres de agentes de la CIA que fueron asesinados. Vaughn y Sydney están convencidos de que Jack colabora con la KGB, pero Sidney tendrá que viajar a Grecia para obtener más información. Poco después, Vaughn confiesa a Sydney que entre los agentes de la CIA asesinados se encontraba su propio padre. Sydney se encuentra confundida y trastornada, y busca la calidez del abrazo de Will Tippin. Por otra parte, Hassan informa a Vaughn que el paquete que están buscando está escondido en un almacén de misiles abandonado en la isla de Creta. Música: