A pesar de que los agentes J y K han estado protegiendo la Tierra de la escoria alienígena por años, J sigue sin saber mucho acerca de su compañero. Sin embargo, tiene la oportunidad inesperada de conocer más a K cuando un criminal llamado Boris el Animal escapa, regresa al año 1969 y mata a K. Con el futuro del planeta en juego, J regresa en el tiempo y se une a un joven K para arreglar las cosas.

Durante años, Abe Portman le ha contado historias a su nieto Jake sobre su infancia, sobreviviendo a la Segunda Guerra Mundial, luchando contra monstruos y viviendo en un hogar secreto para niños en Cairnholm, Gales. Según Abe, los hijos de la casa y su directora, la señorita Alma Peregrine, poseen habilidades paranormales y son conocidos como "Peculiars". Cuando Jake cumple dieciséis años, responde a una llamada telefónica de pánico de Abe y va a su casa para encontrarlo muriendo sin los ojos. Abe le dice que vaya al "bucle del 3 de septiembre de 1943". Después de que Abe muere, Jake vislumbra un monstruo exactamente como los descritos en las historias de Abe escondido en el bosque.