La mayoría de la gente estaría encantada de estar en las cálidas playas de Miami. Sin embargo, Michael Westen(Jeffrey Donovan) no es como la mayoría. Unos pesados del FBI le siguen los pasos, tiene una ex novia con cierta predisposición a la violencia y que todavía está resentida con él, y una madre hipocondríaca que lo llama 30 veces al día. Y esos son sus problemas más pequeños. Tras 10 años de servicios a su país trabajando en Europa del Este y los países de la OPEC como agente encubierto, Michael está viviendo la peor pesadilla de cualquier espía. Mientras está en medio de una peligrosa misión en Nigeria, el contacto de Michael le informa de que está «quemado». Cuando un espía es despedido, no recibe una llamada del departamento de recursos humanos ni le regalan un reloj de oro. En el caso de Michael, ponen en peligro su vida, congelan sus cuentas bancarias, lo dejan tirado en Miami y lo incluyen en todas las listas negras del gobierno que existen. Como no pueden quitarle sus habilidades ni todo lo que tiene en la cabeza, le quitan sus bienes y sus recursos para asegurarse de que no pueda volver a trabajar. Es decir, lo queman.

La doctora Temperance Brennan (Emily Deschanel), antropóloga forense del Instituto Jeffersonian y escritora de novelas, y el agente especial del F.B.I. Seeley Booth (David Boreanaz), se unen para tratar de resolver los asesinatos en los que apenas quedan los restos óseos de los cadáveres.

Maggie Bell (Missy Peregrym) y Omar Adom “OA” Zidan (Zeeko Zaki) son los agentes que día tras día se enfrentan a amenazas de terrorismo, espionaje y crimen organizado que ponen en jaque la vida en la Gran Manzana y, por extensión, de todo el país. Pero no están solos en esta labor: para resolver los casos más complejos cuentan con la ayuda del agente especial Jubal Valentine (Jeremy Sisto) y la analista Kristen Chazal (Ebonee Noel), ambos a las órdenes de la dirección de la exigente Dana Mosier (Sela Ward).