En un mundo donde los superhéroes adoptan el lado más oscuro de su fama y celebridad masiva, un grupo de justicieros conocidos informalmente como "The Boys", se propusieron acabar con superhéroes corruptos sin más que coraje y voluntad que pelear sucio.

La historia estará centrada sobre Sarah, una chica marginal y huérfana que es testigo del suicidio de una mujer. Después de haber decidido tomar la identidad de esta desconocida, a la que se parece como dos gotas de agua, ésta descubre que ambas son parte de unos clones. Descubre el escalofriante hecho de que hay más gente como ella por ahí, individuos genéticamente idénticos que fueron plantados en insospechados padres biológicos y alimentados en diferente circunstancias. Sin saber quien creó los clones, tendrá que descubrirlo a toda prisa ya que un asesino los elimina uno por uno.

En la década de 1890, el inspector de policía William Murdoch utiliza técnicas forenses radicales para la época, incluidas las pruebas de huellas dactilares y de detección, y con este enfoque más científico puede resolver los casos de homicidio más resonantes de la ciudad.

El viajero en el tiempo James Cole (Aaron Stanford) viaja del año 2043 al presente para evitar la creación de un virus letal, producido por una enigmática organización conocida como "El ejército de los doce monos". Este virus, en la línea temporal original de Cole, fue la causa del deceso de 93.6 % de la población mundial. Cole es ayudado por la brillante viróloga Cassandra Railly (Amanda Schull) y por la genio de las matemáticas con problemas mentales, Jennifer Goines (Emily Hampshire).

Después de comenzar a actuar por su cuenta, el excompañero de Batman se encuentra con jóvenes héroes con problemas que necesitan urgentemente un mentor.

Covert Affairs se enfoca en una joven estudiante de la CIA, Annie Walker (Perabo), que misteriosamente es llamada a las oficinas centrales para trabajar como una operativa de campo. Walker se unió a la CIA mientras todavía se recuperaba de una relación con un misterioso ex-novio que parece ser de interés particular para sus nuevos jefes. Ella promete nunca dejarse herir nuevamente, pero eso parece ser un deseo demasiado complicado. Junto a Perabo, la serie presenta a Christopher Gorham como Auggie Anderson, un agente de inteligencia de la CIA que fue cegado durante una misión y es el guía de Annie dentro de este mundo de burocracia e intriga. La serie presenta un gran reparto secundario que incluye a Peter Gallagher (The OC), Kari Matchett (Leverage) y Anne Dudek (House).