Después de descubrir que los Asurianos están construyendo una flota de naves, la Tierra envía su nave más nueva, el Apolo, bajo el mando del Coronel Abe Ellis, para iniciar un ataque preventivo y detenerlos antes de que ataquen a Atlantis o, aún peor, a la Tierra misma.

Con un ZPM dañado y pocas esperanzas de sobrevivir, el equipo de Atlantis se encuentra varado en medio del espacio vacío con muy poco tiempo antes de quedarse sin energía por completo. El Dr. McKay se enfrenta a un desafío máximo mientras intenta encontrar una forma de salvar a Atlantis de su destino. Mientras tanto, la Dra. Keller corre para tratar las crecientes lesiones en la cabeza de Weir, pero la única solución que puede encontrar podría tener graves consecuencias para todos a bordo.

El equipo de Atlantis, junto con Weir y ahora con la capacidad de realizar grandes saltos en el hiperespacio solo con una jumper, debe ahora viajar al planeta de origen de los replicadores para robar uno de sus muchos ZPMs y traer de vuelta a la ciudad a la vida, y así completar el viaje hacia su nuevo planeta.

El equipo de Atlantis decide atacar las numerosas naves de los Replicadores, con la ayuda de alianzas incómodas.

Sheppard and his team are lured to a planet and are soon put on trial for crimes against the people of the Pegasus galaxy. In flashbacks, the three judge tribunal recounts the indictment against them including the re-awakening of the Wraith and the various missions where at least a few, if not more, innocent bystanders were killed. Sheppard does his best to argue that on balance, fewer were killed by their presence than would have been the case if they had never been there. A least one of the judges is clearly determined to find them guilty while a second seems far more sympathetic. It's left to Richard Woolsey, who has now joined them, to plead the rest of their case. A lawyer by profession, Richard clearly knows how the game is played and focuses on that third judge.