Un equipo de científicos cree haber encontrado la ubicación de la ciudad perdida de Atlantis. Se puede acceder a través de una dirección de la Puerta Estelar que conduce a la galaxia de Pegaso.

Rodney can't remove an Ancient device that makes him invincible but prevents him from eating or drinking. Meanwhile, there are power malfunctions throughout the city and one of the Athosians mentions seeing a shadow.

There's suspicion of a Wraith collaborator and some of the team suspect the Athosians. Ford and Sheppard find land on Atlantis' planet.

Rodney investigates a ZPM from a planet whose inhabitants kill themselves when they turned 25 years old to prevent the Wraith from feeding on them.

El equipo está en Dagan, donde deben encontrar piedras clave para recuperar un ZPM. Zelenka descubre que Atlantis tiene un escáner espacial profundo.

McKay finds a way to send a message to Earth, leaving space for personal messages. Sheppard and Teyla are off to spy on the Wraith fleet approaching Atlantis.

Teyla is haunted by nightmares, leaving her agitated. After seeing a psychologist, an old Athosian woman tells her a secret about her ability to sense the Wraith.

McKay y Zelenka idean un plan para reparar el satélite de armas de los Antiguos. Bates y Teyla se meten en una pelea. Poco después, lo encuentran inconsciente y gravemente herido.

Toda esperanza parece perdida, hasta que el Coronel Everett llega de repente desde la Tierra. Está decidido a defender la ciudad hasta la llegada de un ZPM, traído por una nueva nave.

El Daedalus llega y las dos naves colmena son destruidas. Parece que Atlantis está a salvo, luego Zelenka detecta 12 naves más. Ford parece cambiado después de caer al agua.

El equipo está buscando a Ford en un planeta. Teyla y Sheppard son tomados como rehenes por un desconocido, mientras Ford intenta convencer a McKay de que es normal.

Después de un intento de recuperar a McKay y la teniente Laura Cadman de los bancos de memoria de un dardo Wraith, Cadman queda atrapada en la mente de McKay.

McKay encuentra una nave de guerra antigua a la deriva en el espacio. Sheppard descubre que llevan un comunicado que menciona una debilidad en la tecnología de los Wraith.

Michael Kenmore, un nuevo teniente, despierta en la enfermería y no recuerda nada. Los demás miembros de la expedición están muy preocupados por su bienestar, ya que parece diferente.

Sheppard and the team continue their visits to new planets. McKay is tired of all these visits and is keen on implementing a series of gates that will allow them to travel from Atlantis to Earth in a mere 30 minutes without using the power of a ZPM or the two weeks it takes them on the Daedalus. He takes a somewhat different tack however when he sees all of the very friendly young women in the village. Their leader, Lucius Lavin, seems to be a very affable sort and has the locals eating out of their hands. He claims to be an apothecary of sorts and have a cure for every disease, which is certainly of interest to Dr. Beckett. Lavin is invited to Atlantis and soon everyone, including Elizabeth Weir and McKay have fallen victim to his charms. It's left to Sheppard to sort it all out.

Después de que un grupo de personas capturan y entregan a Ronon a los Wraith, él vuelve a convertirse en un fugitivo, pero esta vez lo dejan en su planeta natal, Sateda, donde el Stargate ha sido desactivado.

La expedición de Atlantis se encuentra con una raza altamente avanzada, los Asurans. Inicialmente, creen que son los Antiguos. Sin embargo, esta nueva raza es solo una nueva cara de un viejo enemigo.

La hermana de Rodney es llevada a Atlantis para hacer uso de una de sus teorías.

La expedición de Atlantis debe recurrir a un viejo amigo para obtener ayuda, ya que los Asurans se preparan para invadir la ciudad.

Teyla presencia lo que parecen ser apariciones de los Antiguos, que pronto otras personas comienzan a ver.

Cuando Rodney usa un dispositivo Antiguo, obtiene poderes especiales, pero pronto la Dra. Weir descubre que es un regalo de doble filo: si no asciende, morirá.

El equipo de Atlantis encuentra un programa en la base de datos de Atlantis que lleva a McKay y Sheppard a un juego al estilo de Sims que podría destruir dos civilizaciones en la Galaxia Pegaso.

After losing contact with the new Taranin (the people rescued by the Atlantis team when a super volcano threatened to destroy their planet) settlement, Sheppard's team leaves to investigate. Finding the town deserted, they move to investigate an extensive subterranean tunnel system. What they find there holds dark tidings for the entire Pegasus Galaxy.

Con un ZPM dañado y pocas esperanzas de sobrevivir, el equipo de Atlantis se encuentra varado en medio del espacio vacío con muy poco tiempo antes de quedarse sin energía por completo. El Dr. McKay se enfrenta a un desafío máximo mientras intenta encontrar una forma de salvar a Atlantis de su destino. Mientras tanto, la Dra. Keller corre para tratar las crecientes lesiones en la cabeza de Weir, pero la única solución que puede encontrar podría tener graves consecuencias para todos a bordo.

Rodney McKay despierta en su laboratorio, atado a una silla y sin memoria de quién o dónde está. Aparentemente, él mismo dejó un mensaje de video diciéndole que buscara a Teyla. El problema comenzó unas 14 horas antes cuando la Dra. Katie Brown regresó a Atlantis con plantas de un planeta que había visitado. Las plantas habían pasado por el procedimiento normal de cuarentena, pero pronto ella se ve afectada por fuertes dolores de cabeza y pérdida de memoria, llegando finalmente a caer en coma. La pérdida de memoria comienza a afectar a otros miembros de la tripulación, pero pronto se vuelven desconfiados unos de otros, sacando conclusiones basadas en suposiciones erróneas y una interpretación incorrecta de la situación. Afortunadamente, hay dos miembros del equipo que parecen ser inmunes.

Una transmisión desde el espacio lleva al equipo al descubrimiento de un lugar de reproducción para soldados Wraith.

La IOA está realizando entrevistas de regreso a la Tierra para asegurarse de que todo el personal que sirve en Atlantis (en particular, los extraterrestres) sean adecuados para sus roles. El episodio comienza con Teyla, quien está embarazada, habiendo sido entrevistada y reportando de vuelta a Atlantis. Luego le toca a Ronon. La Coronel Carter no está segura de la capacidad de Ronon para manejar la entrevista de la IOA y, por lo tanto, le pide a Teal'c que vaya a Atlantis en calidad de entrenador para Ronon. Después de un comienzo difícil en su relación, Ronon y Teal'c regresan a la Tierra a través de una serie de Stargates y una Estación Midway que McKay había diseñado previamente. La Estación Midway, ubicada entre las galaxias de la Vía Láctea y Pegaso, sirve principalmente como un lugar para que aquellos que viajan entre las galaxias cumplan una cuarentena de 24 horas. Mientras Teal'c y Ronon están cumpliendo su cuarentena en la extremadamente estrecha Estación Midway, esta es abordada por los Wraith, a través del Stargate, con la intención de llegar al Comando Stargate en la Tierra. Logran este objetivo, pero solo con Teal'c y Ronon a bordo. Lo que sigue es una batalla entre los Wraith y el dúo de Teal'c y Ronon por el control del Comando Stargate.

Teyla arriesga su vida en una audaz misión a bordo de una nave colmena de los wraith.

Jennifer, Ronon y Rodney se encuentran en medio de una persecución de los Wraith cuando Jennifer es secuestrada por un corredor, Kiryk, para ayudarlo con una misión humanitaria.

El Dr. Daniel Jackson llega a Atlantis en busca de una sala perdida de los atlantes. El descubrimiento revela una nueva raza. Daniel y McKay son secuestrados por la nueva raza y son obligados a terminar un dispositivo que podría matar a los Wraith. Todd se siente traicionado y se lleva el Daedalus.

Cuando se corta la energía y la mayoría de los habitantes son excluidos de los controles clave, es evidente que Atlantis ha sido tomada por un grupo extraterrestre, pronto identificado como Michael y sus híbridos. Él está tras el hijo recién nacido de Teyla, quien es clave en su búsqueda por obtener el control de la galaxia Pegasus. Mientras Sheppard y McKay intentan conseguir un jumper para lanzar un ataque, Ronon y otros que fueron tomados prisioneros por Michael durante su invasión inicial lanzan represalias por su cuenta. Cuando Teyla logra escapar y ocultarse, Michael le da una elección sencilla: entregarse ella y su hijo a él o él usará el mecanismo de autodestrucción de la ciudad para matar a todos.