Dos huracanes se acercan a Atlantis y es necesario evacuar. El líder del planeta que los acogerá le informa a los Genii sobre la situación.

McKay finds a way to send a message to Earth, leaving space for personal messages. Sheppard and Teyla are off to spy on the Wraith fleet approaching Atlantis.

Sheppard and the others are now in control of the one remaining hive ship with most of the Wraith transformed into human form, courtesy of the retrovirus. They do learn something interesting about female Wraiths, however. After they return to Atlantis, the question becomes one of what to do with the Wraiths who are again human, especially Michael who has proved to be quite helpful. Elizabeth Weir meanwhile is surprised to hear that she is to return to Atlantis as the expedition leader. She will be accompanied however by Richard Woolsey who is to review her leadership and make recommendations to the International Oversight Advisory on whether she should be allowed to continue.

Después de haber sido informada por el espía Genii en New Athos de que su gente aún estaba viva, Teyla pide permiso para visitar a un hombre llamado Davos, quien es un legendario vidente y podría ayudarla. Cuando llegan, la Dra. Keller se da cuenta de que el hombre está muriendo. Su habilidad para ver el futuro es real, pero los fragmentos del futuro que puede mostrarles están abiertos a interpretación. John es llamado de regreso a Atlantis cuando reciben un mensaje del Wraith cuya vida había salvado anteriormente. Ofrece trabajar con McKay para arreglar el nano virus que ahora está fallando. Como si esto no fuera suficiente, Richard Woolsey llega desde la Tierra para realizar la evaluación de 3 meses de Samantha Carter.

Cuando lo que parece ser un satélite se estrella contra Atlantis, el equipo se da cuenta de un comportamiento extraño en la base.

El equipo de Atlantis decide atacar las numerosas naves de los Replicadores, con la ayuda de alianzas incómodas.

La IOA está realizando entrevistas de regreso a la Tierra para asegurarse de que todo el personal que sirve en Atlantis (en particular, los extraterrestres) sean adecuados para sus roles. El episodio comienza con Teyla, quien está embarazada, habiendo sido entrevistada y reportando de vuelta a Atlantis. Luego le toca a Ronon. La Coronel Carter no está segura de la capacidad de Ronon para manejar la entrevista de la IOA y, por lo tanto, le pide a Teal'c que vaya a Atlantis en calidad de entrenador para Ronon. Después de un comienzo difícil en su relación, Ronon y Teal'c regresan a la Tierra a través de una serie de Stargates y una Estación Midway que McKay había diseñado previamente. La Estación Midway, ubicada entre las galaxias de la Vía Láctea y Pegaso, sirve principalmente como un lugar para que aquellos que viajan entre las galaxias cumplan una cuarentena de 24 horas. Mientras Teal'c y Ronon están cumpliendo su cuarentena en la extremadamente estrecha Estación Midway, esta es abordada por los Wraith, a través del Stargate, con la intención de llegar al Comando Stargate en la Tierra. Logran este objetivo, pero solo con Teal'c y Ronon a bordo. Lo que sigue es una batalla entre los Wraith y el dúo de Teal'c y Ronon por el control del Comando Stargate.

Una especie de plaga se está propagando por la galaxia Pegasus y la Dra. Keller estima que cientos de miles morirán si no encuentran la manera de detenerla. Sin embargo, su investigación muestra que el origen de la enfermedad está en los Hoff, quienes habían estado trabajando en una forma de matar a los Wraith. Sheppard y los demás creen saber quién podría estar propagando el virus y por qué. Mientras tanto, Teyla cree que está recibiendo mensajes de Kanaan, el padre de su hijo. Recibe sus mensajes mientras duerme y la mayoría piensa que solo está soñando. Sigue las pistas que él le da, pero es capturada por un viejo enemigo que tiene planes muy específicos para ella. En su búsqueda de Teyla, sin embargo, Sheppard y McKay encuentran a alguien completamente inesperado.

Los ingenieros de combate de Atlantis trabajan contra reloj para rescatar a cuatro de sus colegas que ahora están atrapados entre los escombros del complejo médico de Michael. Con Michael en camino, localizan rápidamente a McKay y al Mayor Lorne, pero Sheppard y Ronon están mucho más adentrados y su rescate no está asegurado. Cuando llega la nave de Michael, deciden intentar rescatar a Teyla, quien está en trabajo de parto y cerca de dar a luz. Cuando todo ha terminado, la Coronel Carter es llamada de regreso a la Tierra para una evaluación de desempeño, pero Richard Woolsey tiene algunas malas noticias para ella.

Ronon is abducted by a Wraith who tries to brainwash him.

Se encuentra una nave Daedalus vacía orbitando el planeta. El equipo va a investigar y son transportados a un universo alternativo.

La nueva raza que robó el dispositivo, sin mencionar a Rodney y Daniel, resulta ser una antigua, lo que significa muy antigua y bien conocida por la raza humana. Con una antigua rencilla por resolver, obligan a Rodney a activar el dispositivo contra los Wraith con un efecto secundario que podría matar a millones en toda la galaxia. Esto enoja a los Wraith, así que se llevan a la Daedalus para tomar represalias. Una vez más, nosotros, los humildes humanos, tenemos que tomar el control de una situación complicada para evitar que las razas maestras causen estragos en la galaxia.

Sheppard and his team are lured to a planet and are soon put on trial for crimes against the people of the Pegasus galaxy. In flashbacks, the three judge tribunal recounts the indictment against them including the re-awakening of the Wraith and the various missions where at least a few, if not more, innocent bystanders were killed. Sheppard does his best to argue that on balance, fewer were killed by their presence than would have been the case if they had never been there. A least one of the judges is clearly determined to find them guilty while a second seems far more sympathetic. It's left to Richard Woolsey, who has now joined them, to plead the rest of their case. A lawyer by profession, Richard clearly knows how the game is played and focuses on that third judge.

Cuando se corta la energía y la mayoría de los habitantes son excluidos de los controles clave, es evidente que Atlantis ha sido tomada por un grupo extraterrestre, pronto identificado como Michael y sus híbridos. Él está tras el hijo recién nacido de Teyla, quien es clave en su búsqueda por obtener el control de la galaxia Pegasus. Mientras Sheppard y McKay intentan conseguir un jumper para lanzar un ataque, Ronon y otros que fueron tomados prisioneros por Michael durante su invasión inicial lanzan represalias por su cuenta. Cuando Teyla logra escapar y ocultarse, Michael le da una elección sencilla: entregarse ella y su hijo a él o él usará el mecanismo de autodestrucción de la ciudad para matar a todos.