El Malevolencia se encuentra en retirada, sin embargo su hipervelocidad está desactivada. Para poder parar los ataques de la República, Palpatine envía a la senadora Amidala con la mentira de firmar un tratado con los separatistas. Grievous atrapa inmediatamente a su rehén, haciendo frenar el fuego republicano. Anakin y Obi-Wan deciden ir a salvarla y aprovechar la ocasión para destruir el Malevolencia saboteando su hipervelocidad.

Ahsoka y Luminara escoltan al virrey Nute Gunray, pero la CSI se disponen a recuperarlo. Para ello envían cápsulas con superdroides de batalla. Tras vencerlos, Ventress entra en secreto y pone bombas dentro de la nave, deshabilitándola. Luego se dirige a sacar al virrey de su celda, cosa que Ahsoka y Luminara deben impedir.

Kit Fisto se encuentra en búsqueda del virrey Nute Gunray, llegando a investigar a la luna de Vassek. Después de encontrarse con su antiguo aprendiz, Nahdar, entran a un templo con estatuas de los guerreros Kaleesh y no tardan mucho en descubrir que se encuentran en la guarida del general Grievous, y que todo es una trampa de Dooku para lograr que Grievous los asesine y de esa manera muestre su lealtad. Grievous es sorprendido y herido por Fisto y sus hombres. Sin embargo logra escapar y les tiende diversas trampas, matando a Niner y al resto de sus clones. Nahdar, en su desesperación y deseo de venganza, desobedece a su maestro para luchar contra Grievous y éste, en un choque de espadas, saca sus otros dos brazos y mata a Nahdar. Después se va a por Fisto, el único superviviente.

Anakin, Ahsoka y Ki-Adi-Mundi dirigen un ataque masivo contra Geonosis con el objetivo de destruir una fábrica de droides.

Anakin Skywalker y Luminara Unduli destruyen un nuevo tipo de tanques enemigos mientras Ahsoka Tano y Barriss Offe se encargan de destruir la Fábrica de Droides Principal.

Durante la búsqueda de la desaparecida maestra Jedi Luminara Unduli, los Jedi quedan atrapados en una antigua prisión subterránea llena de guerreros zombie.

Los gusanos controlacerebros, controlando un grupo de clones, toman la nave de suplementos de la República. Ahora Barriss y Ashoka deberán detener a los clones para no desatar una plaga a nivel galáctico.