Tras décadas de estancamiento, la Humanidad se dispone a investigar el Universo. La tripulación del Enterprise NX-01, al mando del capitán Jonatahan Archer (Scott Bakula), parte en su viaje espacial, con gran disgusto de la Vulcaniana, que considera que la Humanidad no está preparada. A la tripulación se une la subcomandante T'Pol (Jolene Blalock), una vulcaniana cuya relación con el capitán es en un primer momento algo más que tirante. También conoceremos en este capítulo a la alférez Hoshi Sato (Linda Park) la oficial de comunicaciones, al comandante Charlie 'Trip' Tucker III (Connor Trinneer) el jefe de ingeniería, al oficial médico jefe el doctor Phlox (John Billingsley), al alférez Travis Mayweather (Anthony Montgomery) el timonel y al teniente Malcolm Reed (Dominic Keating) encargado de las armas de la nave. La misión del Enterprise es transportar a un Klingon herido a su planeta, después del primer contacto de éstos con los humanos. Pero los Suliban raptan al Klingon . La tripulación del Enterprise dispuesta a rescatar a su pasajero llega al sistema Rigel, último sistema visitado por su pasajero Klang (Tommy "Tiny" Lister, Jr), para buscar información sobre sus captores, el equipo de descenso es capturado por ex soldados Sulivan, estos eran el contacto de Klang en Rigel, estos explican a Archer la situación del Imperio Klingon y la misión de Klang, son atacados y han de salir por piernas de rigel, esto les sirve para encontrar la base de los Sulivan, donde probablemente se encuentre Klang, intentara rescatarlo, pero ¿a que precio?

La nave Fortunate, capitaneada por el capitán Keene (Charles O. Lucia) es atacada por los nausicanos y el alto mando, personificado en la persona del almirante Forrest (Vaughn Armstrong), se pone en contacto a las cuatro de la mañana con el capitán Archer para que de la vuelta y ayude al carguero Fortunate ya que no saben nada de ellos y la Enterprise es quien puede llegar primero para ayudarlos. El Fortunate es un carguera clase Y con una velocidad máxima de warp 1,8 y 23 tripulantes adultos. Equipados con un pequeño cañón de plasma y algún posible refuerzo. La Enterprise llega al lugar y detectan el reactor desactivado y los sistemas sin funcionar. Deciden abrir un canal de comunicación pero no reciben señal ni respuesta a pesar que detectan 24 bioseñales. Acuden a bordo en una lanzadera y ya aproximándose encuentran restos de varias naves pero no se detectan cuerpos, solo materia inorgánica en esos restos. Ya a bordo de la nave gracias a una escotilla no dañada se encuentran con varios tripulantes, el primer oficial Matthew Ryan (Lawrence Monoson) entre ellos. Es ahora el capitán de la nave ante el mal estado de Keene y quien les informa que han sido atacados por piratas nausicanos. Dicen no necesitar ayuda y que la señal de SOS ha sido un ataque de nervios de uno de los tripulantes. Tras la insistencia se dejan ayudar ya que tienen varios heridos. Pero esconden un gran secreto, ya que en una de las bodegas tienen a un prisionero nausicano del que quieren obtener las claves de las frecuencias de la modulación de los escudos de la nave nausicana.

El Enterprise encuentra una nave Klingon averiada. T'Pol, Hoshi y Reed vuelan hasta allí en una lanzadera para investigar. Mientras el equipo del Enterprise inspecciona la nave, una mujer Klingon roba su lanzadera. T¡pol, Hoshi y Reed están atrapados en el carguero averiado, y ahora al capitán Archer le toca encontrar a la mujer Klingon para poder rescatar a su equipo...

El alto mando Vulcaniano ordena a T'Pol que abandone el Enterprise. Sin embargo, en su última misión con el capitán Archer, T'Pol es hecho prisionero. Finalmente, en momentos de necesidad surgen de pronto nuevos amigos...

El capitán Archer protege a una nave civil vulcaniana mientras la reparan. Estos vulcanianos salieron hace muchos años de su planeta natal para buscar nuevas emociones. Las dos tripulaciones se hacen rápidamente amigas. En un experimento, T'Pol tendrá la posibilidad de descubrir sus emociones reprimidas....

"¡Comen ustedes como cerdos!", es la única frase que Hoshi creyó entender mientras los Kreetasen abandonaban ofendidos la nave, tras lo que Trip describió como"el primer contacto más corto de la Historia". Hoshi está deprimido, aunque T'Pol le aclara que ha sido culpa suya que el encuentro fracasara, y el capitán se encierra en su cámara. Si el capitán supiera que a bordo hay una forma amorfa y que se deshace, no se hubiera dejado convencer tan fácilmente por Trip. Sólo Hoshi se da cuenta de que algo no va bien. Y mientras la mayoría de la tripulación intenta ver una película de terror, él experimenta la suya propia...

Después de tres meses de actividad sin pausa, T'Pol demuestra que el rendimiento de la tripulación ha descendido un tres por ciento y concluye que todos padecen falta de actividad sexual. Conclusión: vacaciones en el planeta Risa. Aunque Trip y Archer no dicen nada, la idea les gusta. Pero, para empezar, el planeta está a nueve días de distancia, y a continuación, les llega una orden del almirante Forrester: deben ir a buscar a una embajadora Vulcaniana a un planeta llamado Mazar. Nada más llegar, son informados de que T'Val va en una lanzadera camino del Enterprise. Además, se sabe que T'Val ha sido relevada de su puesto por abuso de autoridad y comportamiento delictivo. La conducta de la diplomática sorprende y asombra a todos los del comité de recepción. Archer y Trip estrechan su mano y T'Pol se da cuenta, al saludarla en Vulcaniano, que ella se ha alegrado de dirigirse a él en inglés. Durante la comida ella hace una broma y, lo que es peor, es acusada de un delito y no se defiende de lo que asegura un testigo. Y eso que el comportamiento delictivo no es normal en un Vulcaniano, y menos en uno de su posición. En ese momento llega otra nave de Mazar, le ordenan a T'Val que regrese, el Enterprise se ve envuelto en una lucha, y la embajadora no da ninguna explicación, así que Archer emprende una jugada diplomática con todas sus reglas y posibilidades...

Cuando la tripulación visita una colonia de una raza llamada Paraaganos, ocurre un accidente, en el que mueren 3600 habitantes, del que aparentemente es culpable el Enterprise. Aparte de su presencia, no hay pruebas de la culpabilidad del Enterprise, pero para los mandos de la Flota estelar no hay duda: la misión de la tripulación en el espacio debe interrumpirse. A raíz de esto, la Humanidad vuelve a encontrarse como estaba 20 años atrás. Archer se va a la cama tras un día duro, y se despierta al día siguiente en su apartamento de San Francisco con las misma llamada de Trip, diez meses antes, antes del incidente de Broken Bow, antes de que los hombres se lanzaran al espacio en una misión sin un objetivo determinado....

Cuando la tripulación visita una colonia de una raza llamada Paraaganos, ocurre un accidente, en el que mueren 3600 habitantes, del que aparentemente es culpable el Enterprise. Aparte de su presencia, no hay pruebas de la culpabilidad del Enterprise, pero para los mandos de la Flota estelar no hay duda: la misión de la tripulación en el espacio debe interrumpirse. A raíz de esto, la Humanidad vuelve a encontrarse como estaba 20 años atrás. Archer se va a la cama tras un día duro, y se despierta al día siguiente en su apartamento de San Francisco con las misma llamada de Trip, diez meses antes, antes del incidente de Broken Bow, antes de que los hombres se lanzaran al espacio en una misión sin un objetivo determinado...

El capitán y su perro Porthos, T'Pol, vuelven de una misión diplomática de los Kretasianos donde han intentado infructuosamente comprar una bobina de plasma. Durante la descontaminación, el doctor Phlox descubre que el perro Porthos sufre una especie de inmunodepresión desencadenada por su estancia en la superficie del planeta. Se descubre que una reliquia religiosa ha sido dañada por una "necesidad natural" del perro, y el acuerdo comercial es suspendido. Archer debe ejercer la diplomacia, mientras el estado de su perro es cada vez peor. Como está muy preocupado por el perro, pasa toda la noche en la enfermería, y se pone a conversar con el doctor...

Guerra. O se puede decir que falta poco para que empiece. Los Andorianos están tan dispuestos a defender "su" territorio como los Vulcanianos. Ambos creen tener acreditados sus derechos. Ambos han sacado ya sus armas. Cuando los andorianos hacen prisioneros a tres soldados vulcanianos, los vulcanianos proponen negociaciones de paz, pero nadie cree en ellas. Para el comandante Shran, la única solución es ese piel rosada con el que tuvo algunos tratos: Jonathan Archer.

La Enterprise descubre una nave vagando por el espacio que no responde a sus llamadas. Cuando la tienen en la cubierta de aterrizaje 2 y la observan más de cerca, la tripulación descubre algo extraño. Abren la nave, que aparentemente no es más grande que una lanzadera, y descubren dentro un cadáver. El hecho de que sea un hombre, y de que la tripulación del Enterprise sean en realidad los hombres que han ido más lejos de su planeta, es sólo el primero de muchos misterios.

Un equipo de investigación ártica en la Tierra descubre los restos de una nave alien, de casi un siglo atras, enterrado en un glaciar junto con los cuerpos de dos humanoides cibernéticos. Una vez que estos seres se deshielan para investigarlos, vuelven a la vida y raptan a los científicos y se escapan en su nave. La enterprise debe interceptarlos, pero el Capitán y su tripulación descubren que estos cyborgs son un enemigo terrible.

Mientras la nave está investigando lo que parece ser una nebulosa de materia oscura, Archer recibe noticias de que A.G. Robinson, su viejo rival en los primeros días del programa de pruebas NX, ha muerto. Durante una misión del trasbordador en el fenómeno de la materia oscura, Archer habla con T'Pol sobre él y Robinson cuando eran pilotos compitiendo por el honor de ser el primero en romper la barrera del warp 2.

Una sonda proveniente de una fuente alien desconocida libera un ataque que devasta la Tierra. La nave es llamada, y camino a casa el Capitán Archer descubre que los perpetradores vienen de una región del espacio conocida como la Expansión de Delphicun lugar donde cosas muy raras pasan, y de que algunas naves que entran nunca retornan. Starfleet debe decidir ahora si arriesgarse enviando los NX-01 a la Expansión de Delphic para prevenir un posible segundo ataque.

Después de finalizado el conflicto todos deberán enfrentarse a los resultados de sus acciones durante la guerra Xindi. T'Paul y Trip viajan a Vulcano. Ella debe reconsiderar su relación con su prometido Koss.

La embajada Vulcana es bombardeada. T'Pol y Archer son enviados a investigar a una facción religiosa en el desierto vulcano.

En un universo paralelo y como segundo a bordo, Archer y la tripulación de la Enterprise inician un motín contra el capitán Forrest para apoderarse de una nave terrestre en el espacio Tholiano.