Los graves daños causados por el campo de minas enemigo obligan a la tripulación del Enterprise a buscar un lugar adecuado para repararlo. Tras inspeccionar la cubierta exterior, los peores temores del capitán se hacen realidad: sin ayuda exterior, la reparación duraría más de dos años. Un vuelo más largo a velocidad superior a Warp tampoco es posible. El ojo avizor del oficial científico T'Pol descubre un hangar de reparación automática con tecnología extraordinariamente avanzada. La reparación concluye en apenas dos días. De pronto, el alférez Merryweather ha desaparecido, aunque el capitán no le había autorizado a abandonar el puerto, lo que da comienzo a una búsqueda desesperada por la estación desconocida...

"Nota en el cuaderno de bitácora del oficial científico, 14 de agosto de 2152. La Enterprise continúa en ruta hacia el sistema Trinary. He enviado una llamada de socorro, pero la nave vulcaniana más próxima se encuentra a nueve días de distancia. Cuando quieran llegar, lo más probable es que encuentren sólo nuestros restos, o ni siquiera eso. Incluso aunque el Enterprise resista al agujero negro, la tripulación no podrá sobrevivir..."

Las constantes vitales de T'Pol siguen aumentando, lo que en opinión de Phlox significa que si no se encuentra una cura mejor, ella morirá. Afortunadamente, hay una conferencia donde están reunidos médicos procedentes de muchos planetas. Allí, Phlox espera obtener una solución de los Vulcanianos. Pero T'Pol cree que es muy peligroso hablar sobre su enfermedad, ya que, si se sabe que ella está enferma, quedará marcada para siempre con el estigma...

La Enterprise descubre una nave vagando por el espacio que no responde a sus llamadas. Cuando la tienen en la cubierta de aterrizaje 2 y la observan más de cerca, la tripulación descubre algo extraño. Abren la nave, que aparentemente no es más grande que una lanzadera, y descubren dentro un cadáver. El hecho de que sea un hombre, y de que la tripulación del Enterprise sean en realidad los hombres que han ido más lejos de su planeta, es sólo el primero de muchos misterios.

La nave es tragada por una nave alien ocupado por criaturas no corporeas que invaden los cuerpos de los miembros de la tripulación.

Cuando la nave invierte su curso para ir a investigar un fenómeno planetario, Mayweather aprovecha la oportunidad de visitar la nave de carga donde nació y creció, el E.C.S. Horizon. Pero su padre, el capitán de la nave, recientemente murió, y Travis descubre que las cosas en casa no son como parecen.

Mientras estudian una estrella en las fases anteriores de volverse supernova, la nave se encuentra con una raza llamada Vissians. Las dos tripulaciones se llevan bastante bien, hasta que Tucker se pone demasiado curioso sobre un miembro del tercer género de la especie: un individuo llamado "cogenitor."

La tripulación sufre los efectos de distorsión espacial producidos por la expansión délfica mientras son atacados por unos aliens.

La Enterprise está a punto de una confrontación con los Xindi cuando de pronto toman a una extraña pasajera, una hermosa esclava Rajiin.

Cuando Archer con su grupo contestan una llamada de auxilio de una nave vulcana atrapada en la expansión délfica, son atacados por unos vulcanos zombies.

Un grupo de religiosos Zealotes secuestran la nave para usarla contra sus enemigos de la fe.

Seis años en el futuro, un emotivo Capitán Archer y la tripulación vuelven a la Tierra para entregar la Enterprise.