Tras décadas de estancamiento, la Humanidad se dispone a investigar el Universo. La tripulación del Enterprise NX-01, al mando del capitán Jonatahan Archer (Scott Bakula), parte en su viaje espacial, con gran disgusto de la Vulcaniana, que considera que la Humanidad no está preparada. A la tripulación se une la subcomandante T'Pol (Jolene Blalock), una vulcaniana cuya relación con el capitán es en un primer momento algo más que tirante. También conoceremos en este capítulo a la alférez Hoshi Sato (Linda Park) la oficial de comunicaciones, al comandante Charlie 'Trip' Tucker III (Connor Trinneer) el jefe de ingeniería, al oficial médico jefe el doctor Phlox (John Billingsley), al alférez Travis Mayweather (Anthony Montgomery) el timonel y al teniente Malcolm Reed (Dominic Keating) encargado de las armas de la nave. La misión del Enterprise es transportar a un Klingon herido a su planeta, después del primer contacto de éstos con los humanos. Pero los Suliban raptan al Klingon . La tripulación del Enterprise dispuesta a rescatar a su pasajero llega al sistema Rigel, último sistema visitado por su pasajero Klang (Tommy "Tiny" Lister, Jr), para buscar información sobre sus captores, el equipo de descenso es capturado por ex soldados Sulivan, estos eran el contacto de Klang en Rigel, estos explican a Archer la situación del Imperio Klingon y la misión de Klang, son atacados y han de salir por piernas de rigel, esto les sirve para encontrar la base de los Sulivan, donde probablemente se encuentre Klang, intentara rescatarlo, pero ¿a que precio?

El sobrino de 7 años de Tucker le ha enviado unos dibujos que han hecho y el doctor Phlox, el propio Tucker y T'Pol están observándolos cuando la Enterprise sale de velocidad warp. Un cometa nunca visto ni conocido por los vulcanos ha aparecido ante sus ojos. El cometa tiene unos 82.6 kilómetros de diámetro con una cola espectacular. Archer envía al comandante Reed y el alférez Mayweather a tomar algunas muestras de rocas ya que cuenta con un mineral llamado eisilium que es muy interesante y raro pero cuando se preparan para la misión una nave vulcana se aproxima. Se trata de la nave Ti'Mor, su capitán, Vanik (William Utay), les saluda y le comenta que les llama la atención su interés por el cometa y se quedarán a observar. T´pol no puede explicarle al capitán que hace allí esa nave. Se detectan unas transmisiones codificadas al camarote de T´pol de la nave Ti'Mor y el capitán Archer tiene que hacer frente a que posiblemente la vulcana ha roto su promesa de comentarle sus conversaciones con miembros de su raza por lo que ordena que Hoshi Sato descifre el mensaje. Archer dirige desde el puente un mensaje a los alumnos de cuarto curso que cursan estudios con el sobrino de Tucker en Irlanda y contestan a sus múltiples preguntas sobre la comida, sobre si se liga, como hablan con los alienígenas o la pregunta que le toca contestar a Tucker “al tirar de la cadena a donde va todo”. En el cometa Reed y el alférez Mayweather construyen un muñeco de nieve mientras prosiguen con sus investigaciones. Tras descifrar el mensaje se dan cuenta que es una carta personal para T'Pol y Tucker que la ha leido se siente tremendamente culpable por ello, tanto que decide contárselo. Ella se siente incómoda con Tucker ya que sabe su situación, aunque él acuerda guardarla para si mismo. T'Pol incluso no confiará en el Dr. Phlox cuando recibe tratamiento para un dolor de cabeza y insomnio que le provoca la tensión, pero el doctor aconseja que ella hable con

La Enterprise detecta 3 estrellas congeladas, restos de una supernova y también un planeta clase minshara a menos de 5 años luz con unos 500 millones de habitantes que componen una civilización entera. Puestos en órbita a 500 kilómetros sobre el planeta, T'Pol informa que se trata de una civilización preindustrial y que el protocolo estándar dice que se ha de esperar a que una sociedad desarrolle el primer motor warp antes del primer contacto. Esos son los protocolos vulcanos hasta la fecha y el capitán Archer, a pesar de no ser protocolos humanos, decide adaptarlos bajando al planeta disfrazados y maquillados como nativos gracias a la tecnología manejada por el doctor Phlox. El lugar exacto será una granja para así correr menos riesgos. Antes de salir en una ciudad del continente Este se detectan emisiones de neutrino producidas posiblemente un reactor antimateria. No saben si alguien los ha visitado antes y no detectan nada a tanta distancia. Hoshi Sato, Tucker, Archer y T'Pol descienden y se separan en dos grupos observando como muchos habitantes (los Akaali) sufren algún tipo de plaga que los están matando. Encuentran el reactor dentro de un edificio similar a una tienda protegido con una barrera magnética que Tucker intenta desactivar cuando una mujer les apunta con una especie de ballesta preguntándoles que hacen en el lugar y les explica que allí se hacen entregas nocturnas y que cree que la gente enferma por algo relacionado con lo que allí se esconde. Riann (Diane DiLascio), una boticaria, es reducida de un disparo por T'Pol. Archer se queda con ella y cuando despierta no se cree que se ha desmayado como el capitán le dice. Le pregunta si trabaja para Garos (Wade Andrew Williams), el dueño de la tienda, y al él negarlo si acepta la versión de que es un investigador de otra ciudad y no le puede contar nada más. Quedan al día siguiente en el mismo lugar para hablar.

La nave Fortunate, capitaneada por el capitán Keene (Charles O. Lucia) es atacada por los nausicanos y el alto mando, personificado en la persona del almirante Forrest (Vaughn Armstrong), se pone en contacto a las cuatro de la mañana con el capitán Archer para que de la vuelta y ayude al carguero Fortunate ya que no saben nada de ellos y la Enterprise es quien puede llegar primero para ayudarlos. El Fortunate es un carguera clase Y con una velocidad máxima de warp 1,8 y 23 tripulantes adultos. Equipados con un pequeño cañón de plasma y algún posible refuerzo. La Enterprise llega al lugar y detectan el reactor desactivado y los sistemas sin funcionar. Deciden abrir un canal de comunicación pero no reciben señal ni respuesta a pesar que detectan 24 bioseñales. Acuden a bordo en una lanzadera y ya aproximándose encuentran restos de varias naves pero no se detectan cuerpos, solo materia inorgánica en esos restos. Ya a bordo de la nave gracias a una escotilla no dañada se encuentran con varios tripulantes, el primer oficial Matthew Ryan (Lawrence Monoson) entre ellos. Es ahora el capitán de la nave ante el mal estado de Keene y quien les informa que han sido atacados por piratas nausicanos. Dicen no necesitar ayuda y que la señal de SOS ha sido un ataque de nervios de uno de los tripulantes. Tras la insistencia se dejan ayudar ya que tienen varios heridos. Pero esconden un gran secreto, ya que en una de las bodegas tienen a un prisionero nausicano del que quieren obtener las claves de las frecuencias de la modulación de los escudos de la nave nausicana.

Al líder suliban Silik (John Fleck) su misterioso comandante del futuro le quita los ojos y lo amenaza con deshacerse de él y no devolvérselos si no tiene éxito en su siguiente misión. La Enterprise pasa cerca de un vivero estelar y el capitán Archer decide aproximarse para mantener contacto y saludarlos. El primer contacto es con una nave que escolta a un grupo de individuos profundamente espirituales en su peregrinaje a la gran llama de Agosoria. Cada once años una protoestrella emite una explosión de neutrones y esos “caballeros” creen que eso es algo sagrado. Ocurrirá en un día y Archer pide permiso para acompañarlos y los invita a cenar en la Enterprise aunque el capitán Fraddock (Michael O'Hagan) prefiere quedarse en su nave. Cuando los invitados llegan son bien recibidos por la tripulación con el capitán Archer al frente, Prah Mantoos (Joseph Hindy) uno de los visitantes es el primero en saludar aprendiendo a hacerlo dando la mano y les explica que han viajado muchos años luz para ver el acontecimiento. Además les traen uno presentes, un reloj que cuenta el tiempo desde el origen del universo y un licor. Los invitados visitan la nave pero uno de ellos vemos que es capaz de “dislocarse” un brazo para acceder a uno de los tubos y arrancarlo. El capitán Fraddock les advierte contra la tormenta de plasma que se aproxima y es mejor que intenten rodearla. Mientras el doctor Phlox explica a los invitados su trabajo. Las turbulencias aumentas y se quedan sin electricidad en la cubierta C mientras la tormenta se aproxima y les cuesta bordearla. Además se produce una sobrecarga en los reles de impulso y las anomalías no paran de aparecer en la nave mientras pierden potencia. Pero algo ha pasado que ha evitado que los daños fueran mayores y explotase el reactor. Uno de los visitantes no es quien dice ser, es Silik, pero les ha salvado, y más adelante el capitán descubre que Daniels (Matt Winston), el hombre que le sirve el desayuno, no

El Enterprise es atacado una y otra vez por naves extranjeras. Sus armas no funcionan. El capitán Archer da orden de regresar a la Tierra para instalar nuevas armas en el NX-01, pero la tripulación se niega. La nave corre peligro de ser destruida, y Reed y Tucker comienzan a instalar las armas...

El Enterprise encuentra una nave Klingon averiada. T'Pol, Hoshi y Reed vuelan hasta allí en una lanzadera para investigar. Mientras el equipo del Enterprise inspecciona la nave, una mujer Klingon roba su lanzadera. T¡pol, Hoshi y Reed están atrapados en el carguero averiado, y ahora al capitán Archer le toca encontrar a la mujer Klingon para poder rescatar a su equipo...

El alto mando Vulcaniano ordena a T'Pol que abandone el Enterprise. Sin embargo, en su última misión con el capitán Archer, T'Pol es hecho prisionero. Finalmente, en momentos de necesidad surgen de pronto nuevos amigos...

El capitán Archer protege a una nave civil vulcaniana mientras la reparan. Estos vulcanianos salieron hace muchos años de su planeta natal para buscar nuevas emociones. Las dos tripulaciones se hacen rápidamente amigas. En un experimento, T'Pol tendrá la posibilidad de descubrir sus emociones reprimidas....

Mientras Trip intenta hacer un buen retrato del capitán Archer para el mando de la Flota, Reed observa un planeta sin sistema. Aunque en un planeta así es imposible que haya vida, ésta ha logrado sin embargo abrirse paso: hay manantiales de donde sale gas caliente. Cuando Archer, T'Pol, Hoshi y Reed consiguen llegar al sombrío y frondoso planeta, encuentran una flora y fauna enormemente variada, con escarabajos fluorescentes. Además, se encuentran con un grupo de Eskas que consideran el planeta como su coto de caza y que, tras un par de pequeños malentendidos, reciben cordialmente a los del Enterprise. Pero entonces, Archer ve en medio del bosque una mujer semidesnuda de la que nadie parece saber nada...

En un almuerzo de negocios con un comerciante que intenta vender seda a T'Pol, surge en la conversación un planeta donde aquél ha encontrado una nave. Al no ver signos de vida, se acercó para echar un vistazo y se dio cuenta que allí había todo lo que la tripulación necesita. Por diez kilos de café estaría dispuesto a darle las coordenadas. ¿Por qué no se las llevó él mismo? Porque la tripulación se lo impidió. Cuando Archer T'Pol, Trip y Merryweather avistan la nave, sus tricordios emiten la misma señal que el del comerciante: ningún signo de vida. Cada vez tienen más la impresión de que el lugar está realmente embrujado. T`Pol oye ruidos sin detectar la menor señal de vida, ni siquiera de ratas, ven sombras, se sienten vigilados. Siguen a una de las sombras hasta un jardín en medio de la nave, envuelto en una nube de vapor. Allí encuentran a la tripulación, a la que enseguida empiezan a ayudar a reparar la nave. Sin embargo, la nave y su tripulación guardan un sombrío secreto...

Cuando Archer y Meryweather despiertan, se encuentran rodeados de prisioneros y de Sulibans. Pronto descubren que los Suliban no son más libres que ellos mismos. En este campo de prisioneros, que no es el único que existe, hay retenidos 89 Suliban, que no han hecho nada malo, sólo que eligieron unos padres equivocados. Allí viven niños a los que los padres reparten en dos partes del campo, "por su propia seguridad". Cuando el oficial al mando del campo comienza a hacer preguntas a Archer sobre la Cabal y a presionarle, ambas partes, hombres y Suliban, han de dejar de lado sus prejuicios, y comienza una espectacular operación de salvamento...

"¡Comen ustedes como cerdos!", es la única frase que Hoshi creyó entender mientras los Kreetasen abandonaban ofendidos la nave, tras lo que Trip describió como"el primer contacto más corto de la Historia". Hoshi está deprimido, aunque T'Pol le aclara que ha sido culpa suya que el encuentro fracasara, y el capitán se encierra en su cámara. Si el capitán supiera que a bordo hay una forma amorfa y que se deshace, no se hubiera dejado convencer tan fácilmente por Trip. Sólo Hoshi se da cuenta de que algo no va bien. Y mientras la mayoría de la tripulación intenta ver una película de terror, él experimenta la suya propia...

Después de tres meses de actividad sin pausa, T'Pol demuestra que el rendimiento de la tripulación ha descendido un tres por ciento y concluye que todos padecen falta de actividad sexual. Conclusión: vacaciones en el planeta Risa. Aunque Trip y Archer no dicen nada, la idea les gusta. Pero, para empezar, el planeta está a nueve días de distancia, y a continuación, les llega una orden del almirante Forrester: deben ir a buscar a una embajadora Vulcaniana a un planeta llamado Mazar. Nada más llegar, son informados de que T'Val va en una lanzadera camino del Enterprise. Además, se sabe que T'Val ha sido relevada de su puesto por abuso de autoridad y comportamiento delictivo. La conducta de la diplomática sorprende y asombra a todos los del comité de recepción. Archer y Trip estrechan su mano y T'Pol se da cuenta, al saludarla en Vulcaniano, que ella se ha alegrado de dirigirse a él en inglés. Durante la comida ella hace una broma y, lo que es peor, es acusada de un delito y no se defiende de lo que asegura un testigo. Y eso que el comportamiento delictivo no es normal en un Vulcaniano, y menos en uno de su posición. En ese momento llega otra nave de Mazar, le ordenan a T'Val que regrese, el Enterprise se ve envuelto en una lucha, y la embajadora no da ninguna explicación, así que Archer emprende una jugada diplomática con todas sus reglas y posibilidades...

Cuando la tripulación visita una colonia de una raza llamada Paraaganos, ocurre un accidente, en el que mueren 3600 habitantes, del que aparentemente es culpable el Enterprise. Aparte de su presencia, no hay pruebas de la culpabilidad del Enterprise, pero para los mandos de la Flota estelar no hay duda: la misión de la tripulación en el espacio debe interrumpirse. A raíz de esto, la Humanidad vuelve a encontrarse como estaba 20 años atrás. Archer se va a la cama tras un día duro, y se despierta al día siguiente en su apartamento de San Francisco con las misma llamada de Trip, diez meses antes, antes del incidente de Broken Bow, antes de que los hombres se lanzaran al espacio en una misión sin un objetivo determinado....

El Enterprise penetra en un sistema desconocido para explorar un planeta similar a la Tierra. Antes de que la nave entre en órbita, es alcanzada por una potente explosión que abre un gran agujero en la cubierta. Otra mina se adhiere a la cubierta de la nave, y sólo el teniente Reed está en condiciones de desactivarla. Cuando está haciéndolo, se presentan los propietarios del sistema y exigen al Enterprise que abandone inmediatamente el sistema, lo que no es posible debido a lo dañado que está y a la otra mina...

Los graves daños causados por el campo de minas enemigo obligan a la tripulación del Enterprise a buscar un lugar adecuado para repararlo. Tras inspeccionar la cubierta exterior, los peores temores del capitán se hacen realidad: sin ayuda exterior, la reparación duraría más de dos años. Un vuelo más largo a velocidad superior a Warp tampoco es posible. El ojo avizor del oficial científico T'Pol descubre un hangar de reparación automática con tecnología extraordinariamente avanzada. La reparación concluye en apenas dos días. De pronto, el alférez Merryweather ha desaparecido, aunque el capitán no le había autorizado a abandonar el puerto, lo que da comienzo a una búsqueda desesperada por la estación desconocida...

El capitán y su perro Porthos, T'Pol, vuelven de una misión diplomática de los Kretasianos donde han intentado infructuosamente comprar una bobina de plasma. Durante la descontaminación, el doctor Phlox descubre que el perro Porthos sufre una especie de inmunodepresión desencadenada por su estancia en la superficie del planeta. Se descubre que una reliquia religiosa ha sido dañada por una "necesidad natural" del perro, y el acuerdo comercial es suspendido. Archer debe ejercer la diplomacia, mientras el estado de su perro es cada vez peor. Como está muy preocupado por el perro, pasa toda la noche en la enfermería, y se pone a conversar con el doctor...

T'Pol es despertada en mitad de la noche. Ella recibe un mensaje cifrado: han encontrado a "Menos", el último de siete Vulcanianos rebeldes al que ella buscaba desde hacía años. Pide ayuda a Archer, suponiéndole sorprendido, ante todo, porque ella cree que es un asunto personal.

"Nota en el cuaderno de bitácora del oficial científico, 14 de agosto de 2152. La Enterprise continúa en ruta hacia el sistema Trinary. He enviado una llamada de socorro, pero la nave vulcaniana más próxima se encuentra a nueve días de distancia. Cuando quieran llegar, lo más probable es que encuentren sólo nuestros restos, o ni siquiera eso. Incluso aunque el Enterprise resista al agujero negro, la tripulación no podrá sobrevivir..."

La Enterprise acaba de descubrir un planeta con una extraordinaria riqueza de fauna y flora, y un cañón cinco veces más profundo que el Cañón del Colorado. Además, sólo oscurece cuatro veces al mes: sus dos soles obran el milagro. La próxima semana se anuncia pródiga, no sólo en resultados sorprendentes, sino también en posibilidades de hacer rafting por los ríos y otras muchas cosas. Sin embargo, la alegría no durará mucho. En mitad de los preparativos, les interrumpe la llamada de una nave. El único deseo de su tripulación: que los traigan a bordo para huir tan pronto como sea posible a velocidad warp 7. Una tempestad radiactiva se aproxima a esa velocidad . El problema es que la Enterprise sólo alcanza la velocidad warp 5...

Trip se encuentra a bordo de la Lanzadera Uno probando un una nueva prestación. Descubre que el planeta en torno al cual vuela tiene muchas lunas, cuando Archer le dice por el comunicador que es probable que esté habitado. La comunicación se interrumpe y Trip es atacado por deconocidos. Tiene que aterrizar en una de las lunas, y para los de la Enterprise comienza una carrera contra reloj, pues aunque aún hace fresco en esa parte de la luna, cuando salga el sol hará muchísimo calor. Además, tienen que averiguar en cual de las 62 lunas está Trip con un posible enemigo...

La nave es tragada por una nave alien ocupado por criaturas no corporeas que invaden los cuerpos de los miembros de la tripulación.