Mientras que la Enterprise surca las profundidades del espacio, el capitán Archer decide desviarse ligeramente de su ruta prevista para visitar el famoso monasterio vulcano de P'Jem, un santuario para la meditación y la purgación de las emociones (Kolinahr)de 3000 años de antigüedad. T'Pol no está muy de acuerdo con visitar el lugar ya que piensa que no serían bien recibidos al ir humanos al lugar. Pero el capitán quiere ir con Tucker y ella y T'Pol ha de prepararlo todo para ello. Visitan el lugar sin avisar, ya que no poseen tecnología en el lugar, pero el templo presenta grandes desperfectos exteriores y nadie acude a recibirlos a su llegada. Un monje aparece pero les advierte que están en la fase final del Kolinahr) y no los pueden molestar. T'Pol observa cosas extrañas como iconos fuera de sitio, no ser recibidos por varios monjes y el anciano que los ha recibido lo encuentra demasiado agitado. Antes de irse se dan cuenta que alguien los vigila y apunta con unn arma. Archer y Tucker lo reducen y descubren que se trata de un andoriano. Pero antes de poder ponerse en pie más andorianos aparecen y los apresan. Los andorianos son los grandes enemigos de los vulcanianos y ni siquiera conocen la Tierra pero se han hecho fuertes en el monasterio y tienen a los monjes y ahora a ellos apresados. Shran (Jeffrey Combs), el líder andoriano, interroga al capitán y lo acusa de participar en una conspiración con los vulcanianos. Los andorianos son famosos por desconfiados e irascibles. Son del planeta vecino a los vulcanianos y algunas facciones de su raza creen que estos quieren conquistarlos. Desde la Enterprise se dan cuenta de la presencia de una nave no vulcana al lado de la lanzadera. La tripulación del Enterprise se encuentra sin quererlo en medio de una disputa de consecuencias impredecibles.

El alto mando Vulcaniano ordena a T'Pol que abandone el Enterprise. Sin embargo, en su última misión con el capitán Archer, T'Pol es hecho prisionero. Finalmente, en momentos de necesidad surgen de pronto nuevos amigos...

Cuando los Ferengi abordan la nave, toda la tripulación duerme. También Phlox y T'Pol, con quien uno de los ladrones se muestra entusiasmado, están bajo ese efecto. Los Ferengi registran ávidamente la nave y se llevan todo lo que no está sólidamente fijado. La única esperanza que le queda al Enterprise es Trip, vestido con ropa interior azul...

Guerra. O se puede decir que falta poco para que empiece. Los Andorianos están tan dispuestos a defender "su" territorio como los Vulcanianos. Ambos creen tener acreditados sus derechos. Ambos han sacado ya sus armas. Cuando los andorianos hacen prisioneros a tres soldados vulcanianos, los vulcanianos proponen negociaciones de paz, pero nadie cree en ellas. Para el comandante Shran, la única solución es ese piel rosada con el que tuvo algunos tratos: Jonathan Archer.

Una nave Andoriana al mando del comandante Shran llega a la Expansión Délfica para ayudar a la enterprise del ataque Xindi.

A bordo de la nave de Degra, Archer, Reed y Hoshi trabajan con los Arboreals y los humanoides para alcanzar a los Reptilians y detener el superarma Xindi. Archer planea abordar el super arma y sobrecargar sus motores. Mientras en la expansion délfica intenta destruir la esfera 41 y as desamblar toda la red, mientras los creadores de las esferas tratan de acabar con ellos.

T'Pol, Archer y T'Pau van en busca del Kil'Shara, el objeto que contine las escrituras sagradas de Surak. Cuando lo llevan de regreso a la capital Vulcana se encuentran en medio de un pleito entre naves militares vulcanas y andorianas.

La Enterprise viaja a Babel con un embajador Tellarite para tentativas de paz con los Andorianos, cuando es recibida una llamada de auxilio de Shran.

Archer trata de unir a Andorianos, Tellarites y Vulcanos en un plan para capturar una nave que esta tratando de desestabilizar la región.

Archer visita el mundo de Shran's para encontrar una subespecie Andoriana llamada los Aenar, para determinar su conexión con la nave que destruye naves en la región.

Seis años en el futuro, un emotivo Capitán Archer y la tripulación vuelven a la Tierra para entregar la Enterprise.