Tras dos semanas en su primera misión de exploración del espacio profundo, el equipo de Enterprise todavía está adaptando su nave y preparándose para un primer contacto con otra civilización. El Enterprise en su búsqueda de otras especies sólo había logrado encontrar a un gusano que permanece en la enfermería por su mal estado y al que buena parte de la tripulación y en especial Hoshi le ha tomado mucho cariño. Pero el primer contacto aparece ante sus ojos en forma de una nave espacial. T'Pol, como buena vulcana, no siente gran interés por introducirse en la anve a investigar ya que no responde a sus llamadas pero el capitán decide investigar lo que allí ocurre. Entran en la nave y hallan unos humanoides muertos, que parecen haber sido víctimas de crueles experimentos. Hoshi es presa del pánico y quiere que el Enterprise regrese a la Tierra, pero Archer quiere continuar. Poco después son atacados por otra nave extranjera que parece querer llevarlos a la misma situación que los humanoides que habían encontrado. Sin torpedos (vieja versión de los legendarios torpedos fotónicos) y sin velocidad warp están perdidos hasta que aparece una segunda nave similar a la que habían investigado y donde encontraron a la tripulación muerta; pero no consiguen hacerles entender que ellos no son los culpables de estas muertes sino unas futuras víctimas sin su ayuda.

El sobrino de 7 años de Tucker le ha enviado unos dibujos que han hecho y el doctor Phlox, el propio Tucker y T'Pol están observándolos cuando la Enterprise sale de velocidad warp. Un cometa nunca visto ni conocido por los vulcanos ha aparecido ante sus ojos. El cometa tiene unos 82.6 kilómetros de diámetro con una cola espectacular. Archer envía al comandante Reed y el alférez Mayweather a tomar algunas muestras de rocas ya que cuenta con un mineral llamado eisilium que es muy interesante y raro pero cuando se preparan para la misión una nave vulcana se aproxima. Se trata de la nave Ti'Mor, su capitán, Vanik (William Utay), les saluda y le comenta que les llama la atención su interés por el cometa y se quedarán a observar. T´pol no puede explicarle al capitán que hace allí esa nave. Se detectan unas transmisiones codificadas al camarote de T´pol de la nave Ti'Mor y el capitán Archer tiene que hacer frente a que posiblemente la vulcana ha roto su promesa de comentarle sus conversaciones con miembros de su raza por lo que ordena que Hoshi Sato descifre el mensaje. Archer dirige desde el puente un mensaje a los alumnos de cuarto curso que cursan estudios con el sobrino de Tucker en Irlanda y contestan a sus múltiples preguntas sobre la comida, sobre si se liga, como hablan con los alienígenas o la pregunta que le toca contestar a Tucker “al tirar de la cadena a donde va todo”. En el cometa Reed y el alférez Mayweather construyen un muñeco de nieve mientras prosiguen con sus investigaciones. Tras descifrar el mensaje se dan cuenta que es una carta personal para T'Pol y Tucker que la ha leido se siente tremendamente culpable por ello, tanto que decide contárselo. Ella se siente incómoda con Tucker ya que sabe su situación, aunque él acuerda guardarla para si mismo. T'Pol incluso no confiará en el Dr. Phlox cuando recibe tratamiento para un dolor de cabeza y insomnio que le provoca la tensión, pero el doctor aconseja que ella hable con

El Enterprise es atacado una y otra vez por naves extranjeras. Sus armas no funcionan. El capitán Archer da orden de regresar a la Tierra para instalar nuevas armas en el NX-01, pero la tripulación se niega. La nave corre peligro de ser destruida, y Reed y Tucker comienzan a instalar las armas...

El Enterprise explora Valakis, un planeta descubierto recientemente, habitado por dos pueblos distintos. Una de las razas padece una enfermedad incurable, con millones de muertos. A Phlox se le plantea un difícil dilema ético. ¿Podrá Phlox con toda su ciencia médica ayudar a esta gente?....

El alto mando Vulcaniano ordena a T'Pol que abandone el Enterprise. Sin embargo, en su última misión con el capitán Archer, T'Pol es hecho prisionero. Finalmente, en momentos de necesidad surgen de pronto nuevos amigos...

Cuando los Ferengi abordan la nave, toda la tripulación duerme. También Phlox y T'Pol, con quien uno de los ladrones se muestra entusiasmado, están bajo ese efecto. Los Ferengi registran ávidamente la nave y se llevan todo lo que no está sólidamente fijado. La única esperanza que le queda al Enterprise es Trip, vestido con ropa interior azul...

Después de tres meses de actividad sin pausa, T'Pol demuestra que el rendimiento de la tripulación ha descendido un tres por ciento y concluye que todos padecen falta de actividad sexual. Conclusión: vacaciones en el planeta Risa. Aunque Trip y Archer no dicen nada, la idea les gusta. Pero, para empezar, el planeta está a nueve días de distancia, y a continuación, les llega una orden del almirante Forrester: deben ir a buscar a una embajadora Vulcaniana a un planeta llamado Mazar. Nada más llegar, son informados de que T'Val va en una lanzadera camino del Enterprise. Además, se sabe que T'Val ha sido relevada de su puesto por abuso de autoridad y comportamiento delictivo. La conducta de la diplomática sorprende y asombra a todos los del comité de recepción. Archer y Trip estrechan su mano y T'Pol se da cuenta, al saludarla en Vulcaniano, que ella se ha alegrado de dirigirse a él en inglés. Durante la comida ella hace una broma y, lo que es peor, es acusada de un delito y no se defiende de lo que asegura un testigo. Y eso que el comportamiento delictivo no es normal en un Vulcaniano, y menos en uno de su posición. En ese momento llega otra nave de Mazar, le ordenan a T'Val que regrese, el Enterprise se ve envuelto en una lucha, y la embajadora no da ninguna explicación, así que Archer emprende una jugada diplomática con todas sus reglas y posibilidades...

"Nota en el cuaderno de bitácora del oficial científico, 14 de agosto de 2152. La Enterprise continúa en ruta hacia el sistema Trinary. He enviado una llamada de socorro, pero la nave vulcaniana más próxima se encuentra a nueve días de distancia. Cuando quieran llegar, lo más probable es que encuentren sólo nuestros restos, o ni siquiera eso. Incluso aunque el Enterprise resista al agujero negro, la tripulación no podrá sobrevivir..."

La Enterprise acaba de descubrir un planeta con una extraordinaria riqueza de fauna y flora, y un cañón cinco veces más profundo que el Cañón del Colorado. Además, sólo oscurece cuatro veces al mes: sus dos soles obran el milagro. La próxima semana se anuncia pródiga, no sólo en resultados sorprendentes, sino también en posibilidades de hacer rafting por los ríos y otras muchas cosas. Sin embargo, la alegría no durará mucho. En mitad de los preparativos, les interrumpe la llamada de una nave. El único deseo de su tripulación: que los traigan a bordo para huir tan pronto como sea posible a velocidad warp 7. Una tempestad radiactiva se aproxima a esa velocidad . El problema es que la Enterprise sólo alcanza la velocidad warp 5...

La nave es tragada por una nave alien ocupado por criaturas no corporeas que invaden los cuerpos de los miembros de la tripulación.

Cuando la nave invierte su curso para ir a investigar un fenómeno planetario, Mayweather aprovecha la oportunidad de visitar la nave de carga donde nació y creció, el E.C.S. Horizon. Pero su padre, el capitán de la nave, recientemente murió, y Travis descubre que las cosas en casa no son como parecen.

Mientras estudian una estrella en las fases anteriores de volverse supernova, la nave se encuentra con una raza llamada Vissians. Las dos tripulaciones se llevan bastante bien, hasta que Tucker se pone demasiado curioso sobre un miembro del tercer género de la especie: un individuo llamado "cogenitor."

Después de un acuerdo con los Orions. El comerciante le obsequia tres mujeres a Archer que cautivan a todos los hombres de la nave excepto a Trip.