Tras dos semanas en su primera misión de exploración del espacio profundo, el equipo de Enterprise todavía está adaptando su nave y preparándose para un primer contacto con otra civilización. El Enterprise en su búsqueda de otras especies sólo había logrado encontrar a un gusano que permanece en la enfermería por su mal estado y al que buena parte de la tripulación y en especial Hoshi le ha tomado mucho cariño. Pero el primer contacto aparece ante sus ojos en forma de una nave espacial. T'Pol, como buena vulcana, no siente gran interés por introducirse en la anve a investigar ya que no responde a sus llamadas pero el capitán decide investigar lo que allí ocurre. Entran en la nave y hallan unos humanoides muertos, que parecen haber sido víctimas de crueles experimentos. Hoshi es presa del pánico y quiere que el Enterprise regrese a la Tierra, pero Archer quiere continuar. Poco después son atacados por otra nave extranjera que parece querer llevarlos a la misma situación que los humanoides que habían encontrado. Sin torpedos (vieja versión de los legendarios torpedos fotónicos) y sin velocidad warp están perdidos hasta que aparece una segunda nave similar a la que habían investigado y donde encontraron a la tripulación muerta; pero no consiguen hacerles entender que ellos no son los culpables de estas muertes sino unas futuras víctimas sin su ayuda.

Mientras el capitán Archer se ducha comienzan a surgir problemas con los paneles de gravedad de la cubierta E que son subsanados rápidamente. Otros problemas surgen con la comida, con la temperatura, fluctuaciones de energía, etc. El jefe de ingeniería Trip Tucker determina que el flujo del extractor del plasma de la nave está siendo limitado por alguna razón afectando a muchos sistemas de la nave. Salen de velocidad warp y T'Pol localiza una distorsión en la estela de la nave que les hace encontrar una nave camuflada en su estela. Al descubrirlo entran en contacto con ellos contestan distanciándose como les ordenaron y solicitando que no les ataquen. Explican que sus motores están averiados y los utilizaban para poder viajar. Al desconectar el sistema de camuflaje muestran su buena voluntad. Trip debe ayudar a la nave extraterrestre durante tres días en las reparaciones a las que ha de someterse arreglando sus problemas de propulsión. Pero antes de entrar ha de pasar un periodo de decomprensión que le hace pasar bastante mal rato. En la sala de máquinas empieza a encontrarse mal, con falta de concentración y síntomas de fiebre, y Trena'l (Randy Oglesby), el capitán de la otra nave, aconseja que el ingeniero descanse para así poder aclimatarse mejor. Archer le ordena dormir por lo menos una hora y Trip cumple la orden a regañadientes. Cuando despierta se encuentra bastante mejor y charla amigablemente con una de las alienígenas de la otra nave, la ingeniera Ah'len (Julianne Christie), pero al tocarse saltan chispas entre ambos y ella le explica que es algo normal. Su nueva amiga le muestra su planeta Vera mediante un holograma, hasta la tierra del suelo parece real gracias a fotones resecuenciados; la imagen cambia y están en el mar en un bote , allí le invita a jugar con un bol lleno de gránulos donde ambos sumergen las manos (hacen falta 4 manos para jugar) y les permite leerse las mentes. Regresa a la Enterprise encantado con lo que ha

Mientras que la Enterprise surca las profundidades del espacio, el capitán Archer decide desviarse ligeramente de su ruta prevista para visitar el famoso monasterio vulcano de P'Jem, un santuario para la meditación y la purgación de las emociones (Kolinahr)de 3000 años de antigüedad. T'Pol no está muy de acuerdo con visitar el lugar ya que piensa que no serían bien recibidos al ir humanos al lugar. Pero el capitán quiere ir con Tucker y ella y T'Pol ha de prepararlo todo para ello. Visitan el lugar sin avisar, ya que no poseen tecnología en el lugar, pero el templo presenta grandes desperfectos exteriores y nadie acude a recibirlos a su llegada. Un monje aparece pero les advierte que están en la fase final del Kolinahr) y no los pueden molestar. T'Pol observa cosas extrañas como iconos fuera de sitio, no ser recibidos por varios monjes y el anciano que los ha recibido lo encuentra demasiado agitado. Antes de irse se dan cuenta que alguien los vigila y apunta con unn arma. Archer y Tucker lo reducen y descubren que se trata de un andoriano. Pero antes de poder ponerse en pie más andorianos aparecen y los apresan. Los andorianos son los grandes enemigos de los vulcanianos y ni siquiera conocen la Tierra pero se han hecho fuertes en el monasterio y tienen a los monjes y ahora a ellos apresados. Shran (Jeffrey Combs), el líder andoriano, interroga al capitán y lo acusa de participar en una conspiración con los vulcanianos. Los andorianos son famosos por desconfiados e irascibles. Son del planeta vecino a los vulcanianos y algunas facciones de su raza creen que estos quieren conquistarlos. Desde la Enterprise se dan cuenta de la presencia de una nave no vulcana al lado de la lanzadera. La tripulación del Enterprise se encuentra sin quererlo en medio de una disputa de consecuencias impredecibles.

El sobrino de 7 años de Tucker le ha enviado unos dibujos que han hecho y el doctor Phlox, el propio Tucker y T'Pol están observándolos cuando la Enterprise sale de velocidad warp. Un cometa nunca visto ni conocido por los vulcanos ha aparecido ante sus ojos. El cometa tiene unos 82.6 kilómetros de diámetro con una cola espectacular. Archer envía al comandante Reed y el alférez Mayweather a tomar algunas muestras de rocas ya que cuenta con un mineral llamado eisilium que es muy interesante y raro pero cuando se preparan para la misión una nave vulcana se aproxima. Se trata de la nave Ti'Mor, su capitán, Vanik (William Utay), les saluda y le comenta que les llama la atención su interés por el cometa y se quedarán a observar. T´pol no puede explicarle al capitán que hace allí esa nave. Se detectan unas transmisiones codificadas al camarote de T´pol de la nave Ti'Mor y el capitán Archer tiene que hacer frente a que posiblemente la vulcana ha roto su promesa de comentarle sus conversaciones con miembros de su raza por lo que ordena que Hoshi Sato descifre el mensaje. Archer dirige desde el puente un mensaje a los alumnos de cuarto curso que cursan estudios con el sobrino de Tucker en Irlanda y contestan a sus múltiples preguntas sobre la comida, sobre si se liga, como hablan con los alienígenas o la pregunta que le toca contestar a Tucker “al tirar de la cadena a donde va todo”. En el cometa Reed y el alférez Mayweather construyen un muñeco de nieve mientras prosiguen con sus investigaciones. Tras descifrar el mensaje se dan cuenta que es una carta personal para T'Pol y Tucker que la ha leido se siente tremendamente culpable por ello, tanto que decide contárselo. Ella se siente incómoda con Tucker ya que sabe su situación, aunque él acuerda guardarla para si mismo. T'Pol incluso no confiará en el Dr. Phlox cuando recibe tratamiento para un dolor de cabeza y insomnio que le provoca la tensión, pero el doctor aconseja que ella hable con

La nave Fortunate, capitaneada por el capitán Keene (Charles O. Lucia) es atacada por los nausicanos y el alto mando, personificado en la persona del almirante Forrest (Vaughn Armstrong), se pone en contacto a las cuatro de la mañana con el capitán Archer para que de la vuelta y ayude al carguero Fortunate ya que no saben nada de ellos y la Enterprise es quien puede llegar primero para ayudarlos. El Fortunate es un carguera clase Y con una velocidad máxima de warp 1,8 y 23 tripulantes adultos. Equipados con un pequeño cañón de plasma y algún posible refuerzo. La Enterprise llega al lugar y detectan el reactor desactivado y los sistemas sin funcionar. Deciden abrir un canal de comunicación pero no reciben señal ni respuesta a pesar que detectan 24 bioseñales. Acuden a bordo en una lanzadera y ya aproximándose encuentran restos de varias naves pero no se detectan cuerpos, solo materia inorgánica en esos restos. Ya a bordo de la nave gracias a una escotilla no dañada se encuentran con varios tripulantes, el primer oficial Matthew Ryan (Lawrence Monoson) entre ellos. Es ahora el capitán de la nave ante el mal estado de Keene y quien les informa que han sido atacados por piratas nausicanos. Dicen no necesitar ayuda y que la señal de SOS ha sido un ataque de nervios de uno de los tripulantes. Tras la insistencia se dejan ayudar ya que tienen varios heridos. Pero esconden un gran secreto, ya que en una de las bodegas tienen a un prisionero nausicano del que quieren obtener las claves de las frecuencias de la modulación de los escudos de la nave nausicana.

El Enterprise es atacado una y otra vez por naves extranjeras. Sus armas no funcionan. El capitán Archer da orden de regresar a la Tierra para instalar nuevas armas en el NX-01, pero la tripulación se niega. La nave corre peligro de ser destruida, y Reed y Tucker comienzan a instalar las armas...

El Enterprise explora Valakis, un planeta descubierto recientemente, habitado por dos pueblos distintos. Una de las razas padece una enfermedad incurable, con millones de muertos. A Phlox se le plantea un difícil dilema ético. ¿Podrá Phlox con toda su ciencia médica ayudar a esta gente?....

El Enterprise encuentra una nave Klingon averiada. T'Pol, Hoshi y Reed vuelan hasta allí en una lanzadera para investigar. Mientras el equipo del Enterprise inspecciona la nave, una mujer Klingon roba su lanzadera. T¡pol, Hoshi y Reed están atrapados en el carguero averiado, y ahora al capitán Archer le toca encontrar a la mujer Klingon para poder rescatar a su equipo...

El alto mando Vulcaniano ordena a T'Pol que abandone el Enterprise. Sin embargo, en su última misión con el capitán Archer, T'Pol es hecho prisionero. Finalmente, en momentos de necesidad surgen de pronto nuevos amigos...

El capitán Archer protege a una nave civil vulcaniana mientras la reparan. Estos vulcanianos salieron hace muchos años de su planeta natal para buscar nuevas emociones. Las dos tripulaciones se hacen rápidamente amigas. En un experimento, T'Pol tendrá la posibilidad de descubrir sus emociones reprimidas....

Mientras Trip intenta hacer un buen retrato del capitán Archer para el mando de la Flota, Reed observa un planeta sin sistema. Aunque en un planeta así es imposible que haya vida, ésta ha logrado sin embargo abrirse paso: hay manantiales de donde sale gas caliente. Cuando Archer, T'Pol, Hoshi y Reed consiguen llegar al sombrío y frondoso planeta, encuentran una flora y fauna enormemente variada, con escarabajos fluorescentes. Además, se encuentran con un grupo de Eskas que consideran el planeta como su coto de caza y que, tras un par de pequeños malentendidos, reciben cordialmente a los del Enterprise. Pero entonces, Archer ve en medio del bosque una mujer semidesnuda de la que nadie parece saber nada...

Cuando los Ferengi abordan la nave, toda la tripulación duerme. También Phlox y T'Pol, con quien uno de los ladrones se muestra entusiasmado, están bajo ese efecto. Los Ferengi registran ávidamente la nave y se llevan todo lo que no está sólidamente fijado. La única esperanza que le queda al Enterprise es Trip, vestido con ropa interior azul...

"¡Comen ustedes como cerdos!", es la única frase que Hoshi creyó entender mientras los Kreetasen abandonaban ofendidos la nave, tras lo que Trip describió como"el primer contacto más corto de la Historia". Hoshi está deprimido, aunque T'Pol le aclara que ha sido culpa suya que el encuentro fracasara, y el capitán se encierra en su cámara. Si el capitán supiera que a bordo hay una forma amorfa y que se deshace, no se hubiera dejado convencer tan fácilmente por Trip. Sólo Hoshi se da cuenta de que algo no va bien. Y mientras la mayoría de la tripulación intenta ver una película de terror, él experimenta la suya propia...

Seis años en el futuro, un emotivo Capitán Archer y la tripulación vuelven a la Tierra para entregar la Enterprise.