Junior se convierte en el nuevo jefe de la mafia de New Jersey tras varios años en un segundo plano y empieza a volver a todo el mundo loco. No sólo se niega a cumplir con los tratos hechos durante el “reinado” de Jackie Aprile, sino que rehúsa compartir sus nuevas adquisiciones con los chicos. Además, algunos colegas de Tony miembros de la mafia le dicen que están cansados de que su tío pretenda llevarlo todo él mismo, y quieren que éste haga algo por solucionar la situación. Por si fuera poco, Junior pretende cobrar a Hesh los impuestos de la mafia, algo que nunca habían hecho con anterioridad y que Tony quiere evitar, para lo que organiza un encuentro con Hesh, Junior y el capo de la mafia neoyorquina Johnny Sack. Por otro lado, el aniversario que Tony y su esposa celebran tras dieciocho años juntos no es tan feliz como debiera, ya que Carmela se da cuenta que nunca había sentido tantos celos por ninguna de las amantes de su marido como los que siente ahora por la doctora Melfi.

La autoridad de Tony Soprano empieza a verse amenazada cuando Richie Aprile, el hermano mayor del antiguo capo de la mafia Jackie Aprile, regresa a la ciudad. Por su parte, la doctora Melfi se siente culpable por su comportamiento con Tony.

Christopher y Pussy se sienten dolidos cuando Tony establece una nueva orden. Christopher intenta deshacerse del estrés apuntándose a clases de redacción, mientras Pussy se acerca cada vez más al FBI. El capo de la mafia tiene mucho que enseñarle a Furio. Melfi se viene abajo y acepta volver a tener a Tony como paciente.

Tony organiza una partida de poker, pero ésta no resulta como éste esperaba. Richie se gana el descontento de Tony al crear un conflicto durante el juego. Mientras, Janice intenta influenciar a Richie.

Después de varios meses sin ataques de pánico, Tony acaba otra vez en el suelo de la cocina. La causa es haber conocido al nuevo amigo de Meadow, Noah, que es afroamericano y judío. Tony lo ha echado de casa pero Carmela le advierte que con esa actitud solo va a empeorar la situación. Tony también tiene otros problemas, el juicio se acerca y va a ver a su madre para convencerla de que no testifique contra él. Pero todo acaba como de costumbre, con Livia llorando y Tony saliendo con un portazo. Poco después, Tony recibe una noticia: Livia ha muerto mientras dormía. Janice regresa a la ciudad e intenta convencer a sus hermanos, Tony y Barbara, de hacer un funeral por su madre, a pesar de que ésta deseaba lo contrario. El intento de Janice de hacer a todos recordar a Livia como un ser querido no sale como ella esperaba y estos se sinceran sobre lo que de verdad pensaban sobre ella. Tony va a ver a la Dr. Melfi y también se sincera: en realidad, se alegra de lo que ha pasado porque le va a librar de algunos problemas. También entonces ocurre algo imprevisto: Raymond Curto es un traidor.

Tony no termina de estar contento con la terapia, pero la Dra. Melfi le asegura que de verdad puede ayudarle sin confía plenamente en ella. Pero el problema de Tony es que cada vez más gente sabe que está viendo a un psiquiatra y eso no es bueno para su imagen. Christopher ya es un hombre de confianza, pero ha empezado a apostar (y a perder) y ahora debe 2000 dólares a Paulie. Para resolver el problema, decide robar la recaudación de un concierto de la cantante Jewel utilizando a Jackie Jr. como conductor. A Tony no le hace mucha gracia, pero al menos le ha devuelto el dinero a Paulie. De todos modos, habla con Jackie Jr. para decirle que se aleje del negocio para cumplir la promesa que le hizo a Jackie Sr. antes de morir. Continúan los problemas con Meadows por su novio y Janice y Svletlana, la asistenta de su madre, se enzarzan en una pelea con robo de una pierna ortopédica de por medio. Tony comienza a hacer progresos de verdad con la Dra. Melfi y descubre que es lo que activa sus ataques, la carne. Tony recuerda el día de su primer ataque: su padre le había cortado en su presencia un dedo al señor Satriale y después vio como su madre preparaba los filetes que éste vendía. Tony continúa traumatizado por la primera vez que experimentó el cruel mundo al que pertenecía su padre y también por el miedo de participar alguna vez en él.

La Dra. Melfi no está segura segura si debe seguir tratando a Tony. Pero todos sus planes se trastoca cuando una noche es violada en el parking de la consulta. El asaltante queda libre por un tecnicismo y ella esta indignada. Sabe que si se lo dice a Tony, éste se encargará rápidamente de él, pero al final decide no hacerlo para tener su conciencia tranquila. Tony tiene otro tipo de problemas. Unos mafiosos rusos asaltan a Janice para obligarla a revelar donde esconde la pierna ortopédica de Svetlana y la mandan al hospital. Tony sabe que todo es culpa suya pero también que las cosas no pueden quedar así porque no deja de ser su hermana y él tiene una reputación que mantener. Todo esto y la vuelta de Meadows, que no termina de reconciliarse con su padre, hacen que cometa un error y diga algo en su sótano de lo que quizás los federales puedan sacar partido.

Comienza una nueva fase de la terapia de Tony en la que interviene Carmela, pero es un rotundo fracaso. De vuelta a casa, Tony paga sus frustaciones conduciendo y un policía negro le multa. Tony llama a Zellman para que arregle el problema y éste retira al policía de Tráfico. Tony se lo encuentra trabajando en una tienda porque necesita el dinero y ya no puede hacer horas extras y se da cuenta del error. Pero el policía no deja que Tony le compense. Por otra parte, Mustang Sally golpea a un miembro de los Aprile y lo deja en coma y Gigi pide ayuda a Bobby Baccala Sr. para que ayude a enderezar al muchacho, que es su nieto. Baccala se está muriendo de cáncer, pero un accidente de tráfico acaba antes con él. El tío Junior le dice a Tony la verdad, que él también tiene cáncer. Meadows vuelve a casa para hacer la colada y a su vuelta a la universidad se lleva consigo la lámpara en la que el FBI había colocado el micro.

Tony conoce a una mujer, Gloria, en la consulta de la Dra. Melfi después de que ésta los citara a los dos por error y comienza una relación que solo le podrá traer problemas debido al carácter de ella. Ralph y Tony siguen sin llevarse bien, pero cuando Gigi muera de un infarto, Tony no tendrá más remedio que ascenderlo como jefe de los Aprile. Meadows y Jackie Jr. comienzan a salir y su relación pasa por altibajos. El tío Junior se somete a la quimioterapia, pero el resultado no es bueno.

AJ es descubierto copiando y es expulsado de la escuela. Tony cree que lo mejor es enviarlo a una escuela militar, pero Carmela está en contra. Ralph afirma no saber en donde se esconde Jackie, que intenta que Tony lo ayude. Vito lo encuentra y le pega un tiro en la cabeza. En el funeral, mientras observa su cuerpo, Carmela se da cuenta de que quizás haya que hacer algo drástico para salvar a su hijo. Meadows está devastada, aunque se enfada cuando la hermana de Jackie revela delante de un extraño que su muerte se ha debido a un ajuste de cuentas de la mafia y no de unos traficantes de drogas. Los federales aparecen y arrestan a Silvio y a Chris, mientras que Paulie y el tío Junior se quitan de en medio. Johnny Sack le sugiere a Paulie que quizás él puede sustituir a Tony en poco tiempo. Meadows se emborracha y tras discutir con su padre, sale huyendo en el coche con Tony tras ella.

Tony y Carmela se muestran muy preocupados por la economía familiar. Adriana, ignorando para quién está trabajando, lleva a Danielle, su nueva amiga, a la cena del domingo de los Soprano. Por otro lado, Tony le da a Christopher la oportunidad de vengar el asesinato de su padre.

Un grupo de americanos nativos planean protestar en el tradicional desfile anual del día de Cristóbal Colón. Ante esta situación, Sylvio y Ralphie intentarán tomar medidas y buscarán la manera de entrar en acción. Por otra parte, Bobby sufrirá una enorme tragedia. A su vez, Paulie continuará pasando información a Jonny Sack en la cárcel. Janice dejará de lado su enfrentamiento con Ralphie.

Entre Ralphie y Jonny Sack comienza a aumentar la tensión después de que se hicieran públicos los groseros comentarios de Ralphie acerca de la esposa de Jonny. Tony se siente forzado a planear un golpe a Jonny, a la vez que Jonnhy intenta una respuesta de Ralphie acerca de su actuación. Mientras tanto, Carmela visita la nueva casa de Furio, donde descubrirá su atracción hacia él.

Zellman explicará a Tony que aún se ve con su antigua novia, algo que complicará mucho la situación entre ellos. Por otro lado, Adriana tratará de convencer a Cristóbal para contraer matrimonio y, de esta manera, cumplir su deseo y aliviar las esperanzas de que cese la búsqueda de la Brigada de Investigación Criminal que pesa sobre ella. Por otra parte, Paulie saldrá de la cárcel y acordará una nueva cita con Johnny Sack.

Tony decide pedir ayuda a Jonny Sack justo cuando su equipo comienza a preguntar por Ralph y su, repentina y misteriosa, desaparición. Por otra parte, Tony obligará a Cristóbal a continuar su rehabilitación, después de que las drogas le hayan dejado fuera de control. Pero, inesperadamente, la terapia de grupo desembocará en una reyerta. Furio, a la vuelta de su viaje, se comportará extremadamente frío con Carmela, siguiendo los consejos de su padre.

Las relaciones se tensan entre Jersey y Nueva York, cuando Tony y Carmine comienzan a discutir sobre los beneficios de una estafa inmobiliaria. Mientras, Janice no soporta más la angustia de Bobby y Tony decide sobre su terapia. Por otra parte, Junior deberá encontrar otra manera de actuar en el juicio, después de que el juez desestimara su última estrategia de defensa.

Furio tomará la decisión de dimitir y alejarse de los Soprano y vuelve a Italia dejando a Carmela, abatida, deprimida y enfadada. Paulie intentará demostrar su lealtad a la familia Soprano, pero las circunstancias no se lo pondrán nada fácil. Por otra parte, Tony comienza a tener problemas económicos debido a la contienda que mantiene abierta con Nueva York. Aprovechando esta situación, Johnny Sack se acercará al capo para hacerle una suculenta oferta que puede solucionar todos sus problemas.

Tonny y Jonny Sack se disponen a actuar en contra de Carmine, pero en el último momento Tony reflexiona sobre el trato alcanzado y decide inclinarse por otra opción. Por otro lado, el capo de los Soprano tendrá que regatear con un abogado para adquirir una casa en la playa para hacer un regalo a Carmela. Junior verá todas sus preocupaciones legales resueltas tras la decisión del juez. Cristóbal volverá sereno y totalmente limpio de su programa de rehabilitación. Carmela pierde la paciencia cuando la ex novia de Tony comienza a burlarse de ella por teléfono, lo que provocará que ésta le eche de casa.

Carmela se ve obligada a llamar a su ex marido para que acuda a auxiliarla cuando un oso irrumpe en su casa. Mientras, Tony se da cuenta que está empezando a sentir algo especial por la doctora Melfi. A su vez, Paulie discute con Christopher porque éste siempre paga las cenas. Por otra parte, Janice y Bobby se van acostumbrando a su nueva vida de casados.

Adriana es interrogada y presionada por los agentes del FBI y comienza a plantearse confesar y explicar todo lo que sabe. Sin embargo, un enorme sentimiento de culpabilidad la invade. Mientras, Tony prepara una fiesta de bienvenida a su primo al que acaban de conceder la libertad condicional. Por otra parte, recuerdos no demasiado buenos acechan las mentes de Paulie y Christopher.

Cuando Junior, el tío de Tony, aparece deambulando por las calles de su antiguo vecindario en pijama y buscando a su hermano, muerto años atrás, la preocupación de su sobrino comienza a incrementarse. Por otra parte, el clima que se vive en Nueva York no es el mejor, por lo que Jonnhy Sack decide que Carmine debe limpiar todas las pruebas. Para comunicárselo manda a los hermanos Leonardo. Mientras, Feech entra en los negocios de Paulie, algo que acordaron anteriormente. Sin embargo, Feech comienza a aprovecharse de la situación.

Christopher acude al casino con un amigo del centro de rehabilitación. Sin embargo, ambos se encontrarán en graves apuros tras perder más dinero del que tienen en una partida de pocker. A su vez, Tony acude al cementerio en el que está enterrado su padre y allí conoce a una mujer que afirma haber sido amante de su progenitor. Ambos comienzan una amistad que Tony utiliza para conocer nuevos datos de su pasado.

Tony Blundetto recibe la oferta de unirse a Carmine a través de sus hombres y así éste podría vengarse del equipo de Johnny Sack. Blundetto acepta la oferta ya que desea obtener más dinero y estaba viviendo una temporada algo aburrida. Por su parte, Carmela y Tony vuelven a vivir un romántico encuentro, después de que ella le invite a la fiesta sorpresa que tiene preparad para el cumpleaños de su padre.

Carmela descubre que no puede contratar a un abogado para su divorcio y que Tony está detrás de este asunto. Por su parte, Tony investiga el motivo y los culpables de la encarcelación de su primo Melfi. Además, Tony B deberá enfrentarse a ciertos rumores sobre el último golpe, que le involucran directamente. Mientras, Jonny Sac comienza a plantearse la guerra contra Carmine.

Durante un partido de fútbol en el que jugaba su hijastra, Janice ataca sin piedad a una de las madres. Inquieta por este ataque, decide acudir a unas clases de relajación para controlar su furia. Por otra parte, Tony y Christopher superan sus diferencias al tener que hacerse cargo de unos cadáveres que pueden incriminarles. Tony deberá mantener la calma al descubrir las verdaderas intenciones de Johnny Sack.

El FBI encuentra una nueva prueba, que involucra a Adriana. La mujer, por su parte, intenta convencer a Christopher para que acepte incorporarse con ella al programa de protección de testigos. Mientras, Tony y Carmela intentan una nueva reconciliación, al quedar a comer para tratar unos asuntos sobre propiedades inmobiliarias. A su vez, Johnny Sack da un ultimátum a Tony.

Tony planea la reunión con Johnny Sack para conseguir sellar la paz entre Nueva York y Jersey. Sin embargo, los agentes del FBI se adelantan a sus planes. Por otra parte, Tony debe afrontar la presión de su equipo, que le obligan a tomar una decisión respecto a su primo. Mientras, Christopher le explica a Carmela, que su relación con Adriana a terminado.

Tony está preocupado por cómo puede afectar el tema de Johnny Sack a las relaciones de New Jersey y Nueva York. Eugene acaba de heredar una gran suma de dinero, aunque no puede usarla como le gustaría. Y Carmela está inmersa en diversos problemas de construcción.

El negocio de la venta de Saneamientos Barone se complica. Tony tiene una discusión sobre religión y dinosaurios con un pastor evangelista. Paulie aprende la traumática verdad sobre su infancia y Bobby ayuda a un rapero de imitación a ganar crédito en la calle.

A Tony le preocupa que le vean como alguien débil ahora que está recuperándose. Por otra parte, Johnny Sack solicita salir de la cárcel para poder asistir a la boda de su hija. Un encuentro en un club deja a Vito agitado.

Tony saca provecho de la crisis financiera de Johnny Sack. Bobby Bacala sufre daños en un ojo. Janice se enfrenta a Tony por el trato que le da a ella y a Bobby y Vito comienza a echar de menos su antiguo modo de vida.

Janice y Bobby invitan a Tony y Carmela a pasar el fin de semana en el lago para celebrar el 47º cumpleaños de Tony. En un lugar tan tranquilo y alejado de todo, la familia se relaja. Charlan, pasean o juegan al Monopoly y Tony recibe algunos regalos. Todo parece ir como la seda, pero el ambiente se va tensando. Finalmente,Tony, como siempre, se burla de su hermana y termina pegándose con Bobby. Las dos mujeres intentan separarlos, hasta que finalmente Bobby tumba a su cuñado. A la mañana siguiente, tras el incidente de la noche anterior, Carmela está preparada para volver a casa, pero Janice la hace cambiar de opinión, ya que no desea que las cosas entre su marido y su hermano queden así.

Llega el día de la proyección de la película de Chris. Carmela encuentra similitudes entre Sally Boy y su marido y pregunta a Tony si son ciertas las cosas que se ven en el filme. Él lo niega y Carmela decide hablar también con Christopher sobre la película. Éste, por si acaso, dice al guionista que si Tony pregunta, le diga que fue suya la idea de que Sally Boy se ligara a la prometida del protagonista. Tony y Carmela, como buenos padrinos, asisten al bautizo del hijo de Chris y Kelli, pero Tony se pregunta, en su sesión con la doctora Melfi, por qué Christopher lo odia tanto. Johnny Sack consigue traer a un oncólogo para que le ofrezca un diagnóstico. El médico le da tres meses de vida, lo que destroza a Ginny y a su hija. Por otro lado, Phil Leotardo celebra el que debería de haber sido el 47º cumpleaños de su hermano Bill.

Llega el día de la proyección de la película de Chris. Carmela encuentra similitudes entre Sally Boy y su marido y pregunta a Tony si son ciertas las cosas que se ven en el filme. Él lo niega y Carmela decide hablar también con Christopher sobre la película. Éste, por si acaso, dice al guionista que si Tony pregunta, le diga que fue suya la idea de que Sally Boy se ligara a la prometida del protagonista. Tony y Carmela, como buenos padrinos, asisten al bautizo del hijo de Chris y Kelli, pero Tony se pregunta, en su sesión con la doctora Melfi, por qué Christopher lo odia tanto. Johnny Sack consigue traer a un oncólogo para que le ofrezca un diagnóstico. El médico le da tres meses de vida, lo que destroza a Ginny y a su hija. Por otro lado, Phil Leotardo celebra el que debería de haber sido el 47º cumpleaños de su hermano Bill.

Entre Ralphie y Jonny Sack comienza a aumentar la tensión después de que se hicieran públicos los groseros comentarios de Ralphie acerca de la esposa de Jonny. Tony se siente forzado a planear un golpe a Jonny, a la vez que Jonnhy intenta una respuesta de Ralphie acerca de su actuación. Mientras tanto, Carmela visita la nueva casa de Furio, donde descubrirá su atracción hacia él.

A Tony le preocupa que le vean como alguien débil ahora que está recuperándose. Por otra parte, Johnny Sack solicita salir de la cárcel para poder asistir a la boda de su hija. Un encuentro en un club deja a Vito agitado.

Tony saca provecho de la crisis financiera de Johnny Sack. Bobby Bacala sufre daños en un ojo. Janice se enfrenta a Tony por el trato que le da a ella y a Bobby y Vito comienza a echar de menos su antiguo modo de vida.

Tony conoce a una mujer, Gloria, en la consulta de la Dra. Melfi después de que ésta los citara a los dos por error y comienza una relación que solo le podrá traer problemas debido al carácter de ella. Ralph y Tony siguen sin llevarse bien, pero cuando Gigi muera de un infarto, Tony no tendrá más remedio que ascenderlo como jefe de los Aprile. Meadows y Jackie Jr. comienzan a salir y su relación pasa por altibajos. El tío Junior se somete a la quimioterapia, pero el resultado no es bueno.

Tony planea la reunión con Johnny Sack para conseguir sellar la paz entre Nueva York y Jersey. Sin embargo, los agentes del FBI se adelantan a sus planes. Por otra parte, Tony debe afrontar la presión de su equipo, que le obligan a tomar una decisión respecto a su primo. Mientras, Christopher le explica a Carmela, que su relación con Adriana a terminado.

Carmela descubre que no puede contratar a un abogado para su divorcio y que Tony está detrás de este asunto. Por su parte, Tony investiga el motivo y los culpables de la encarcelación de su primo Melfi. Además, Tony B deberá enfrentarse a ciertos rumores sobre el último golpe, que le involucran directamente. Mientras, Jonny Sac comienza a plantearse la guerra contra Carmine.

Furio tomará la decisión de dimitir y alejarse de los Soprano y vuelve a Italia dejando a Carmela, abatida, deprimida y enfadada. Paulie intentará demostrar su lealtad a la familia Soprano, pero las circunstancias no se lo pondrán nada fácil. Por otra parte, Tony comienza a tener problemas económicos debido a la contienda que mantiene abierta con Nueva York. Aprovechando esta situación, Johnny Sack se acercará al capo para hacerle una suculenta oferta que puede solucionar todos sus problemas.

Comienza una nueva fase de la terapia de Tony en la que interviene Carmela, pero es un rotundo fracaso. De vuelta a casa, Tony paga sus frustaciones conduciendo y un policía negro le multa. Tony llama a Zellman para que arregle el problema y éste retira al policía de Tráfico. Tony se lo encuentra trabajando en una tienda porque necesita el dinero y ya no puede hacer horas extras y se da cuenta del error. Pero el policía no deja que Tony le compense. Por otra parte, Mustang Sally golpea a un miembro de los Aprile y lo deja en coma y Gigi pide ayuda a Bobby Baccala Sr. para que ayude a enderezar al muchacho, que es su nieto. Baccala se está muriendo de cáncer, pero un accidente de tráfico acaba antes con él. El tío Junior le dice a Tony la verdad, que él también tiene cáncer. Meadows vuelve a casa para hacer la colada y a su vuelta a la universidad se lleva consigo la lámpara en la que el FBI había colocado el micro.

Christopher acude al casino con un amigo del centro de rehabilitación. Sin embargo, ambos se encontrarán en graves apuros tras perder más dinero del que tienen en una partida de pocker. A su vez, Tony acude al cementerio en el que está enterrado su padre y allí conoce a una mujer que afirma haber sido amante de su progenitor. Ambos comienzan una amistad que Tony utiliza para conocer nuevos datos de su pasado.