Cuando se termina la remodelación de la casa de Lorelai, ella y Luke deciden celebrarlo invitando a sus amigos Sookie y Jackson a cenar, sin embargo la noche se malogra cuando Lorelai recibe una llamada de Christopher. Luke, muy molesto, se va de la casa de Lorelai, pero después ella se disculpa y le promete que no va a tener más secretos con él. Por otra parte, Rory decide irse de la casa de sus abuelos y se queda en la de Lane; ésta se muestra un poco evasiva con Lorelai, pero luego le da la noticia de dónde vive ahora su hija. Así, Lorelai va a buscar a Rory, pero no la encuentra; Emily ha desaparecido y Richard llama a Lorelai, pues le preocupa que su esposa no esté en casa. Después, Lorelai descubre a su madre comprando un avión, y Emily le dice que ha perdido a Rory tal y como perdió a su hija, pero Lorelai le dice que ninguna de esas cosas ha sucedido. Mientras que Rory insiste en un diario para conseguir un puesto y lo logra, Luke es sorprendido cuando una niña entra y le arranca un cabello para hacerle un prueba de ADN, y resulta que Luke es el padre de esa niña. Y finalmente, Rory llama a Lorelai para decirle que ha vuelto a Yale, conseguido un trabajo y va para casa, así que madre e hija se reconcilian y Lorelai le dice a Luke que ya pueden casarse.

Mientras Luke intenta tener más contacto con April, y la lleva a su restaurante, todos los habitantes del pueblo están muy pendientes de Luke y su hija; y Lorelai trata de aparentar que no le importa las repercusiones en su compromiso con Luke, después de la entrada de esa niña en su vida. En el periódico de Yale, debido a la actitud de Paris, muchos de los reporteros han renunciado, y por primera vez el diario corre el riesgo de no ser publicado. De esta manera, Rory toma el lugar de la editora para organizar la salida del periódico y consigue que los renunciates regresen para poder publicar el diario. Además, la llegada de Logan le representa a Rory una gran ayuda al momento de mandar a imprimir los ejemplares, y ella se amista con él y ambos cenan. Richard llama a Lorelai y le pregunta si ha habido algún error cuando le regresaron el cheque para pagar el semestre de Rory en Yale, y ella contesta que Christopher lo ha pagado. El siguiente viernes, Lorelai y Rory asisten para cenar donde Emily y Richard y en la cena se desata una confrontación emocional, en la cual cada uno de los cuatro Gilmore finalmente dice lo que siente.

Lorelai y Christopher empiezan a salir nuevamente, y tanto Rory como Sookie se muestran preocupadas pues temen que él pueda volver a hacerle daño, y se lo hacen saber a Lorelai. Inclusive, ella se preocupa también, aunque luego cree que la relación puede volverse algo más seria. Christopher sorprende a Lorelai cuando la lleva a ver una película proyectada sobre un establo, en un lugar muy lejano y tranquilo, pero después ellos deben ir a la estación de policía para recoger a Emily, quien había sido detenida por haber estado hablando por celular mientras manejaba; y Lorelai disfruta de aquel momento. Por otra parte, como Anna debe ir unos días a Nuevo México para visitar a su madre, April se queda con Luke, y él recibe instrucciones para el primer día de escuela de su hija. April intenta que Luke rehaga su vida amorosa, pero él se siente incómodo al abordar ese tema; y Richard consigue un puesto de profesor en Yale. Finalmente, Rory reinicia sus actividades como editora del diario de Yale, y acude para hacer una reseña en una extraña exposición de arte, en la cual se hace amiga de dos chicas que se encontraban en dicho evento.