Durante una maniobra, tiene lugar un terrible bombardeo que provoca varios heridos y causa la muerte a un soldado. Rabb y el Teniente Austin tienen que investigar el caso y averiguar qué es lo que ha ocurrido. Pero Jay acaba confesando que todo ha sido causa de un error suyo.

Una antigua amiga y compañera de promoción de Harm es encontrada muerta. Cuando el principal sospechoso de su asesinato también aparece muerto, Harm se convierte en el objetivo de los investigadores.

Harm va clandestinamente como un sargento de la Marina para ayudar a Mac en su investigación de los métodos de formación, que han sido puestos en duda. El Teniente Koonan introduce inesperadas maniobras en los entrenamientos para enseñar a los hombres a reaccionar con rapidez durante el combate. Sin embargo, este método tendrá consecuencias inesperadas, así que Harm tendrá que llevar a cabo la misión en condiciones de seguridad para los alumnos.

Harm, Mac y Bud deberán inspeccionar al Teniente Vermon River, un SEAL candidato a la medalla del honor por un rescate realizado por el solo. River resulta ser un afro americano bastante complejo y poco comunicativo devoto de su trabajo pero según los hombres que dirige es una persona a la que no le importa la seguridad de su equipo. Finalmente River acepta colaborar si Harm soporta un día de entrenamiento de los SEAls. Después de experimentar el arduo entrenamiento físico Harm consigue que los hombres de River modifiquen su versión y admitan que en realidad ellos desobedecieron las órdenes para completar el rescate. Finalmente se le otorgará a River la medalla del honor.

Harm es arrestado acusado del asesinato de Diane Schonke, una oficial de la marina con la que Harm mantenía una relación y que guarda un asombroso parecido físico con Mac. Mac será la encargada de defender a Harm.

Mac está furiosa y no puede evitar recordar con resentimiento e ira los años de dolor que su padre le provocó en el pasado. Sin embargo, el sacerdote está tratando de convencerla para que perdone el abusivo consumo de alcohol de su padre y ella se da cuenta de que, tal vez, su ira ha sido algo exagerada. Mientras, Harm se somete a la cirugía láser para tratar su problema de ceguera nocturna.

La teniente Mac recibe el encargo de representar a un compañero de la marina que quiere recurrir su sentencia de muerte por haber matado a tres Marines. Ella cree que su cliente merece la pena de muerte, pero debe defender lo contrario en el juicio. Brumby, que no está de acuerdo con la pena de muerte, debe luchar por ella.

Una antigua compañera de Harm, la Teniente Comandante Kate, regresa al JAG de forma temporal. Las cosas se complican cuando Kate se encuentra con otro antiguo compañero que ha sido ascendido a Inspector General y ésta le confiesa a Harm que le acosó sexualmente cuando trabajaba para él.

Mic comprende los sentimientos de Mac hacia Harm, que le fueron imposibles de ocultar tras el accidente, por lo que toma una decisión que quizá le lleve una ruptura de su relación con Mac. Mientras, Harm es rescatado y viaja de nuevo hasta Washington. Allí deberá enfrentarse a ciertos problemas personales de su vida.

Un año antes, a Sturgis le fue asignado el caso de Bud, para que actuara en su defensa. Sin embargo, la capacidad de este abogado para ejercer sus funciones está ahora en tela de juicio, y Sturgis deberá confiar en su cliente para obtener resultados óptimos en el juicio. Mientras, Clayton Weeb deberá ayudar a la CIA a impedir que unos terroristas se hagan con unos misiles, para ello contará con la ayuda de Mac, que se hará pasar por la mujer embarazada de Webb.

Harm ayuda a proteger a la madre de un marine que fue asesinado cuando servía en Iraq.

Toda la marina queda en entredicho cuando interceptan y confiscan una gran cantidad de heroina y un kilo acaba desapareciendo.

Harm y Mac investigan el caso de un Marine acusado de disparar a un pescador canadiense.

El coche de un Comandante asignado al Laboratorio de Defensa de Armas Biológicas es encontrado abandonado en un puente.

A Harm y a Vukovic son les asigna el caso de un marinero acusado de homicidio.