Mientras un eclipse total deja su sombra alrededor de La Tierra, un profesor de genética en la India es conducido por la desaparición de su padre a descubrir una teoría secreta - hay personas con superpoderes conviviendo con nosotros. Un joven soñador trata de convencer a su hermano político de que puede volar. Una animadora de instituto se da cuenta de que es totalmente indestructible. Una madre soltera que hace lo imposible para intentar sacar adelante a su joven hijo, descubre que su imagen en el espejo guarda un secreto. Un talentoso artista cuya adicción a las drogas está destruyendo su vida y su relación con su novia, puede pintar el futuro. Y en Japón, un joven desarrolla una manera de parar el tiempo. Aun así, desconocido para todos ellos, su último destino es nada más y nada menos que salvar el mundo.

Mientras gente de todo el mundo se encuentra con sus vidas desbaratadas por sus nuevas y extraordinarias habilidades, las autoridades investigan varios extraños y espantosos asesinatos. En el lugar extraño y espantoso de un crimen, el policía de Los Angeles Matt Parkman es el único que puede escuchar el llanto de una niña pequeña desaparecida. Claire casi hace público su secreto después de que la cinta donde grababa los intentos de hacerse daño haya desaparecido. Pensando que se está volviendo loca, Niki, tras despertarse y encontrar varios matones muertos en su garaje, no recuerda lo que pasó en las horas previas. Además deberá hacer frente a los servicios sociales por Micah. Mientras Hiro investiga Nueva York, Nathan se enfrenta a Peter, siguiéndole tras lanzarse desde un edificio.

Mientras los "Héroes" siguen probando sus recientemente descubiertos superpoderes, Claire trata de mantener una vida social normal cuando un romance con el quarterback del equipo, toma un giro trágico. Por su parte Hiro convence a su amigo Ando de que están destinados a viajar a América para salvar al mundo. Una asustada Niki sigue instrucciones de una misteriosa fuente que le llevan al medio del desierto. Por otro lado, Nathan usa el accidente de Peter para relanzar su carrera política. El escurridizo Sylar es cazado por Matt y el FBI, con la colaboración de Suresh, ya que el diario de su padre contenía pistas valiosas.

Suresh por fin consigue encontrar a uno de los genéticamente avanzados "superhombres" de los que hablaba su padre. En Las Vegas, el plan de Hiro fracasa cuando intenta controlar el tiempo para beneficiarse en las mesas de apuestas. Los mafiosos a los que debe dinero Niki usan su deuda para su propio beneficio en un plan bastante elaborado, mientras que Nathan hace una visita a un rico donante de Las Vegas para conseguir fondos adicionales para la campaña. Siguiendo un trágico desenlace de una hoguera, los poderes de Claire son puestos a prueba de forma definitiva, pero de acuerdo con las pinturas de Isaac, su futuro puede estar cargado de incluso más peligros. Mientras tanto, las habilidades de Matt son puestas a prueba por un par de hombres que parecen saber mucho sobre la gente con dones especiales.

Hiro y su amigo se embarcan en su heroica jornada hacia Nueva York cuando un "pez gordo" les hace una oferta que no podrán rechazar. H.R.G. organiza el encuentro entre Claire y sus padres biológicos, en el que la chica espera encontrar respuestas a sus preguntas sobre su indestructibilidad. Mientras tanto, Isaac recibe otra extraña llamada de Hiro, pero es Peter quien contesta esta vez y le da un importante mensaje. Suresh se despide de Eden puesto que vuelve a la India a enterrar a su padre. Un inesperado visitante aparece en la casa de Niki.

Cuando se enfrenta a una crisis que implica a su hijo, una distraída Niki confiesa sus problemas personales a una amiga. Dejando de lado sus problemas en casa, Matt ayuda en la investigación de Audrey, que acaba con otro rarísimo asesinato. Su persecución de Sylar, el misterioso asesino en serie, da un giro inesperado. Después de fallar como "superhéroe" cuando se enfrentó al peligro, Hiro se cuestiona su heroísmo. Nathan y su mujer Heide planean estrategias sobre cómo ganar las elecciones al congreso. Claire se sorprende tras descubrir dónde estaba la cinta que descubre su particular "habilidad". Mientras tanto, su padre está muy decepcionado cuando escucha unas noticias por parte de uno de sus asociados.

Mientras el hombre de las gafas de pasta intenta proteger a su hija por todos los medios, Claire ve como el baile de bienvenida se convierte en una noche aterradora. Nathan y Simone trabajan juntos para recuperar la pintura de Isaac para Peter, pero esta "llave al futuro" podría provocar una tragedia. En otro lugar, Hiro viaja atrás en el tiempo para corregir un error. Niki se fija una meta, y Micah sigue con su padre. Aún experimentando extraños sueños mientras está en la India, Mohinder se vuelve a interesar en la investigación de su padre gracias a un niño.

Los trágicos sucesos en Texas han tenido tristes y serias repercusiones para muchos de los "héroes", sus familias y amigos. Se revelan los impactantes detalles sobre la predicción de Isaac sobre la bomba nuclear en Nueva York. El nuevo cuadro de Isaac tiene increíbles implicaciones con el futuro de un héroe en crisis. Suresh ya da sus primeros pasos en su nuevo camino. Matt y la agente del FBI Audrey Hanson investigan una brecha en el caso de Sylar. Aterrorizada por los nuevos hechos de Jessica, Niki toma una difícil decisión para proteger a su familia.

La historia se sitúa cronológicamente dos semanas después de lo ocurrido en el último capítulo, con Nathan determinado por salvar a un Peter comatoso, lo que le lleva a acudir a Simone pidiéndole ayuda. La pintura de Isaac "Hiro contra T-Rex" inspira a Hiro y Ando, que comienzan la búsqueda de la espada Samurai. Jessica sigue sin admitir la decisión de Niki de entregarse a la policía. Con su socia Eden muerta y Matt en los talones, H.R.G. intenta centrar sus órdenes respecto a Sylar. Después de que el Haitiano ofreciera a Claire una segunda oportunidad, Claire lucha con los cambios que ha producido la decisión que ha tomado. Retomando la búsqueda de su padre, Suresh intenta compartir la información que tiene sobre quién está "en la lista" de gente con especiales poderes y las amenazas que pesan sobre sus vidas. Mientras tanto, un nuevo héroe hace un impactante debut.

Mientras le persiguen unos desconocidos, la búsqueda de la espada por parte de Hiro da un giro cuando su padre aparece. Un rehabilitado Isaac se dedica a parar la destrucción de Nueva York... y a parar a Peter también. Claude, un hombre invisible con un misterioso pasado, puede tener mucho que enseñar a un futuro héroe. D.L. se las ve con sus nuevas responsabilidades familiares mientras Matt se sincera con su mujer Janice. H.R.G. se centra en su asesino cautivo, Sylar. Después de buscar al Haitiano, Claire se embarca secretamente en la búsqueda de sus verdaderos padres biológicos. Mientras Mohinder trabaja buscando a la gente de "la lista", recibe una inesperada visita.

Hiro lucha por hacer entender a su padre, un magnate importante, y a su ambiciosa hermana su nuevo destino heroico. Niki tiene una nueva oportunidad de estar con D.L. y Micah de nuevo, ¿pero se quedará con ellos? Claude intenta enseñar a Peter a aprovechar sus poderes, pero el proceso podría echar por tierra la confianza de Peter en sus personas más allegadas. Convencida de querer encontrar a su madre biológica, Claire llega a un camping de caravanas en Texas. Mientras tanto, Sylar da un giro inesperado contra H.R.G. y su familia.