Sydney, por fin, descubre la verdadera trama que envuelve la muerte y resurrección de Sloan. A lo largo del episodio la joven espía averigua con la ayuda de Sloan la ubicación del Pasajero: un hospital psiquiátrico en Chechenia. Mientras tanto Vaughn recibe una llamada. Se trata de Brill, un veterano agente de la CIA compañero de su padre que tiene algo que contarle: su padre murió por proteger al Pasajero

Nadia está en poder de Sloan, que la usa para conseguir un mensaje de Rambaldi. La CIA intenta localizar a Nadia y Katya Derevko (Isabella Rosellini) les ayudará en su búsqueda. Katya les cuenta que cuando Irina regresó de Estados Unidos a Rusia fue apresada bajo los cargos de espía y dio a luz a Nadia en la cárcel. Otro de los contactos que utilizará la CIA en su búsqueda será Toni Cummings (Vivica A. Fox), la especialista en sistemas de seguridad que ha diseñado uno a Sloan. Jack, trastornado por la situación del agente Vaughn, le da un consejo: debe eliminar a su esposa o el tormento de su traición le acompañará hasta la muerte.

Sydney con una actitud muy extraña ha entrado en la Rotonda, se dirige al despacho de Marshall e inicio la copia del código Rambaldi. Cunado Marshall la descubre dispara sobre él iniciando una huida salpicada de fuego y explosiones. Sloan consigue infiltrarse en casa franca de la CIA donde su hija Nadia está custodiada, consigue hablar con ella y le indica donde se esconde con la esperanza de que ella acuda a él. Vaughn sigue tras la pista de Laureen Reed lo que permite a la CIA acercarse a Sark.

La CIA, al mando de la directora Hayden Chase (Angela Basset, Sr. y Sra. Smith, Contact), decide poner en marcha una rama secreta que haga el trabajo a su manera. Chase hace que Vaughn, Jack, Dixon y Sydney abandonen oficialmente la agencia para que puedan integrarse en esta nueva rama llamada SPA (Sólo Personal Autorizado). El nuevo jefe será el mismísimo Arvin Sloane. Sydney sabe que la única manera de atarle corto es trabajar junto a él. La SPA tiene que intervenir en una nueva organización terrorista que planea un inminente ataque, para ello cuentan con una nueva incorporación: el agente Marshall.

De mala gana Sydney se une con su padre para dar caza a un samurai. Mientras tanto, Nadia no quiere volver a la CIA, pero se ve forzada cuando la vida de Sydney está en peligro. Nadia tendrá noticias sobre su padre, Sloane.

Sydney debe seducir a un asesino vendedor de armas para recuperar un código robado de la NSA. Mientras tanto, Vaughn está preocupado por la vida de Weiss y de Sydney que han sido capturados. Además Sydney y Jack discuten sobre decirle a Nadia la verdad sobre su madre

Los dos agentes irán encubiertos para recuperar una nueva arma. Mientras tanto, Sydney se mostrará preocupada porque Vaughn aún no ha dejado atrás su relación con Lauren, y Nadia interrogará a Jack para descubrir la verdad sobre su madre.

Sydney y Vaughn se harán pasar por un matrimonio con la intención de encontrar un arma que puede traer de vuelta las Edades Oscuras. Sin embargo, el barrio en el que están infiltrados no es tan encantador como parece.

Tras intoxicarse con un alucinógeno, Sydney comienza a actuar de forma extraña. Vaughn y Jack deben darse prisa para encontrar un antídoto antes de que Sydney ponga su vida, y la de otros cercanos a ella, en peligro.

Mientras Sydney y Nadia hablan sobre la forma en la que Nadia ha aceptado la paternidad de Sloane, Sloane se preocupa por el bienestar de Nadia cuando ella y Sydney se infiltran como dos ricas e irresponsables jóvenes herederas para encontrar un mortal producto químico.

Sloane le da a Jack total autoridad sobre los otros miembros, incluyendo a Anna Espinosa, una vieja enemiga de Sydney. Sin embargo, Anna cambia las cosas en la organización cuando captura a Nadia y fuerza a Sydney a cumplir sus órdenes. Sydney le cuenta a Nadia la profecía de Rambaldi, la cual profetiza que dos hermanas lucharán y tan solo una sobrevivirá. Mientras, Vaughn visita a Sark y trata de engañarle para que le ayude a capturar a Anna. Finalmente, una de las hermanas es herida de muerte por Anna.

Mientras Nadia está en coma, Sark entra en la organización para ayudarles a infiltrarse en el Frente Revolucionario de Cadmus y recuperar la bomba, pero a cambio pide ver el cuerpo de Lauren y que Vaughn abra el ataúd para él. Nadia sería la única persona con la inteligencia necesaria para interceptar la bomba, así que Jack es forzado para despertar prematuramente a Nadia del coma, poniendo en peligro su vida, lo que no le hace gracia a Sloane cuando se entera.

Dixon convence a Sydney para que le ayude a probar que Sloane está utilizando la organización para robar el índice Blackwell. Sydney entra en la casa de Sloane para copiar la clave secreta de su teléfono privado y poder pinchar sus llamadas. Cuando Nadia la descubre, se enfada con su hermana. Mientras tanto, Vaughn descubre algo desagradable sobre su padre cuando va a visitar a su tío en coma.

Sydney deberá proteger la vida de un ciudadano que sin darse cuenta ha puesto en peligro. Mientras tanto, Jack planea una visita a un viejo amigo, y Vaughn descubre más secretos sobre su padre.

Nadia pone en peligro tanto su propia vida como la de Sydney y Weiss tras desvelar su pasado a un peligroso criminal. Mientras tanto, Vaughn encuentra a una persona que está relacionada de alguna manera con su padre y Nadia e intentará averiguar todo lo posible sobre su pasado.

Tras fracasar en una misión, Sydney es atacada y puesta en un grave peligro y su única salvación será Marshall, el único capaz de liberarla. Mientras, Dixon es expuesto a un mortal patógeno liberado dentro de la organización.

Sydney y Vaughn ponen en peligro sus vidas tratando de encontrar la verdad sobre el padre de Vaughn, mientras que Jack y Sloane intentan conspirar contra la vida de ambos.

Con intención de hablar con Sydney, Katya Derevko se envenena para poder salir temporalmente de su celda. Una vez que Nadia le dice esto a su hermana, Sydney visita a su tía para decirle que se aleje de Nadia. Sin embargo, Katya descoloca a Sydney contándole cosas sobre su madre. Mientras, Vaughn se convierte en un malvado agente con intención de involucrándose con las personas que saben algo sobre su padre. Al final, él y Sydney descubren que el hombre detrás de estos dos planes secretos no es otro que Sloane. Sin embargo, las cosas no son exactamente como parecen.

La situación se complica en el S-D6 debido a los resultados de la investigación de Sydney y Vaughn sobre Sloane y su relación con el padre de este. Tras interrogar a Sloane, ambos concluyen que alguien le está presionando desde fuera, por lo que la organización decide poner una trampa para cazarlo pero fracasan y Sloane decide retirarse temporalmente. Sin embargo, Sydney le convence para que se mantenga en el caso ya que es la única persona que es capaz de anticipar el próximo movimiento de "Arvin Clone". Pero Nadia teme que este tema haga que su padre reviva su pasada obsesión, Rambaldi.

La directora del orfanato donde Nadia estuvo, Sophia (Sonia Braga), ha recibido una brutal paliza. Ella contacta con Nadia y le dice que quiere verla. Sophia le cuenta a Sloane lo sucedido porque alguien está siguiendo a Nadia, de manera que él y Jack deciden contarles la verdad a sus hijas. Elena Derevko, la tercera y más cruel de las hermanas Derevko, ha estado siguiendo a Sydney y Nadia desde hace una década. Mientras, el doctor de Jack le aconseja que le cuente a Sydney su enfermedad. Alias vuelve a recibira Sonia Braga. La actriz brasileña, que interpreta en la serie a Sophia Vargas, saltó a la fama por su interpretación en El beso de la mujer araña (por la que estuvo además nominada a los Globos de Oro). Entre su filmografía destacan títulos como Abierto hasta el amanecer III: la hija del verdugo, El principiante, Presidente por accidente o Un lugar llamado milagro.

Sydney se da cuenta de que su padre intenta ocultarle su enfermedad terminal, por lo que se ve obligada a recrear el tiempo en el que Jack trabajaba en la CIA e incluso hacerse pasar por su madre para ayudar a su padre. Además, la actriz brasileña Sonia Braga realiza un cameo.

El impostor que quiere hacerse pasar por Sloane cae en las redes de la organización. Para sacarle información sobre el asunto Rambaldi, el verdadero Sloane debe revivir una penosa situación para que el impostor se revele.

Sophia, la directora del orfanato de Nadia, es seguida por la organización tras conocerse su terrible verdad que pone en peligro la vida de un agente. Mientras, la fidelidad de Sloane queda en entredicho ahora que ha dejado de sentir la obsesión por Rambaldi. Jack se reúne con la cruel Derevko y con Vaughn que le efectúan una extraña pregunta.

Elena Derevko se convierte en un problema para la organización cuando descubren que esta viva y sigue tras Sydney. La protagonista debe encontrarla y para ello cuenta con la ayuda de Nadia y Jack. La única solución es descubrir a su hermana Irina para que les diga como pueden detenerla, pero para ello deben descubrir donde está.

Rambaldi está a punto de poner el mundo en peligro y Jack, Sydney, Irina, Vaughn y Nadia son los encargados por parte de la agencia de salvarlo, pero Elena se da cuenta de la llegada de este equipo y hará todo lo posible para detenerlos y que Rambaldi se salga con la suya.

Rachel recibirá una pequeña ayuda por parte de Sydney en su primera misión sola.

Sydney intenta averiguar para quién trabaja Gordon Dean. Por otro lado, parece que han encontrado una cura para Nadia.

Comienzan a saber más acerca de Profeta Cinco cuando Sloane descubre que la cura de Nadia puede también matarla. Sydney le ofrece un trabajo en el equipo a Renée mientras que la profecía de Rambaldi reaparece.

La disputa entre Sydney y Anna toma un nuevo rumbo cuando descubren un chip dentro de Renée. Mientras, la unión de Sloane a Profeta Cinco comienza a pasarle factura.

Sloane secuestra a Rachel y a Marshall con intención de descubrir una pista crucial de Rambaldi mientras que Sydney y Vaughn intentan detenerle.

Sydney y Jack intentarán detener a Irina y Sloane para que no lleven a cabo su maléfico plan.

Nadia pone en peligro tanto su propia vida como la de Sydney y Weiss tras desvelar su pasado a un peligroso criminal. Mientras tanto, Vaughn encuentra a una persona que está relacionada de alguna manera con su padre y Nadia e intentará averiguar todo lo posible sobre su pasado.

Dixon convence a Sydney para que le ayude a probar que Sloane está utilizando la organización para robar el índice Blackwell. Sydney entra en la casa de Sloane para copiar la clave secreta de su teléfono privado y poder pinchar sus llamadas. Cuando Nadia la descubre, se enfada con su hermana. Mientras tanto, Vaughn descubre algo desagradable sobre su padre cuando va a visitar a su tío en coma.

Mientras Sydney y Nadia hablan sobre la forma en la que Nadia ha aceptado la paternidad de Sloane, Sloane se preocupa por el bienestar de Nadia cuando ella y Sydney se infiltran como dos ricas e irresponsables jóvenes herederas para encontrar un mortal producto químico.

De mala gana Sydney se une con su padre para dar caza a un samurai. Mientras tanto, Nadia no quiere volver a la CIA, pero se ve forzada cuando la vida de Sydney está en peligro. Nadia tendrá noticias sobre su padre, Sloane.

Sophia, la directora del orfanato de Nadia, es seguida por la organización tras conocerse su terrible verdad que pone en peligro la vida de un agente. Mientras, la fidelidad de Sloane queda en entredicho ahora que ha dejado de sentir la obsesión por Rambaldi. Jack se reúne con la cruel Derevko y con Vaughn que le efectúan una extraña pregunta.

La situación se complica en el S-D6 debido a los resultados de la investigación de Sydney y Vaughn sobre Sloane y su relación con el padre de este. Tras interrogar a Sloane, ambos concluyen que alguien le está presionando desde fuera, por lo que la organización decide poner una trampa para cazarlo pero fracasan y Sloane decide retirarse temporalmente. Sin embargo, Sydney le convence para que se mantenga en el caso ya que es la única persona que es capaz de anticipar el próximo movimiento de "Arvin Clone". Pero Nadia teme que este tema haga que su padre reviva su pasada obsesión, Rambaldi.

Sydney debe seducir a un asesino vendedor de armas para recuperar un código robado de la NSA. Mientras tanto, Vaughn está preocupado por la vida de Weiss y de Sydney que han sido capturados. Además Sydney y Jack discuten sobre decirle a Nadia la verdad sobre su madre

Comienzan a saber más acerca de Profeta Cinco cuando Sloane descubre que la cura de Nadia puede también matarla. Sydney le ofrece un trabajo en el equipo a Renée mientras que la profecía de Rambaldi reaparece.

Nadia está en poder de Sloan, que la usa para conseguir un mensaje de Rambaldi. La CIA intenta localizar a Nadia y Katya Derevko (Isabella Rosellini) les ayudará en su búsqueda. Katya les cuenta que cuando Irina regresó de Estados Unidos a Rusia fue apresada bajo los cargos de espía y dio a luz a Nadia en la cárcel. Otro de los contactos que utilizará la CIA en su búsqueda será Toni Cummings (Vivica A. Fox), la especialista en sistemas de seguridad que ha diseñado uno a Sloan. Jack, trastornado por la situación del agente Vaughn, le da un consejo: debe eliminar a su esposa o el tormento de su traición le acompañará hasta la muerte.

Sloane le da a Jack total autoridad sobre los otros miembros, incluyendo a Anna Espinosa, una vieja enemiga de Sydney. Sin embargo, Anna cambia las cosas en la organización cuando captura a Nadia y fuerza a Sydney a cumplir sus órdenes. Sydney le cuenta a Nadia la profecía de Rambaldi, la cual profetiza que dos hermanas lucharán y tan solo una sobrevivirá. Mientras, Vaughn visita a Sark y trata de engañarle para que le ayude a capturar a Anna. Finalmente, una de las hermanas es herida de muerte por Anna.