Cuando Sydney descubre que Marshall ha sido secuestrado, lucha contra un despiadado Sloane para liberarlo. Mientras tanto, la CIA hace todo lo posible por impedir que el SD-6 acceda a un sistema de seguridad de alto secreto y Jack se da cuenta de que la única persona que puede ayudarles es Irina.

En este episodio, el universo de Alias vive un momento de caos con la misteriosa desaparición de Sloane, lo que trae un nuevo responsable del SD-6 a la vida de Jack y Sydney. Mientras los Bristow luchan por mantener a salvo su secreto frente a éste nuevo jugador, Will y Francie hacen un asombroso descubrimiento, Sydney destapa un fallo crucial que podría echar abajo toda la alianza. Sin embargo, para poner en marcha su plan, primero debe contarle a Dixon toda la verdad.

Sydney Bristow (Jennifer Garner) se alía una vez más al agente Michael Vaugh (Michael Vartan) para impedir que Julian Sark (David Anders) destruya el satélite nacional de comunicaciones. La joven espía, que viajará con Eric Weiss (Greg Grunberg) a Méjico para interceptar a Sark, descubre durante las investigaciones que Julian ha conseguido las fotos de una secreta instalación, sede de una compañía científica rusa cuyo presidente es amigo del malvado Arvin Sloane (Ron Rifkin). Por otro lado, el Consejo de Seguridad Nacional (NSC) quiere hallar a la asesina de Lazarev, puesto que eso le dará más pistas sobre la Coalición. Sin embargo, sólo Sydney y su padre Jack (Victor Garber) conocen la identidad de la asesina: Sydney Bristow. No obstante, Jack está dispuesto a hacer cualquier cosa para que no la identifiquen y no se descubra la verdad.

Sydney (Jennifer Garner) siente que debe contarle a la CIA que ha descubierto que ella es la asesina de Lazarev. Su padre Jack (Victor Garber) consigue disuadirla, ya que si confesara la verdad se tendría que exponer a pruebas médicas muy peligrosas. Paralelamente, la propia Sydney debe infiltrarse en una organización de ladrones profesionales contratados para hacerse con una peligrosa variante del virus ébola. La misión conduce a Sydney a España, donde debe robar una cepa del virus de unos laboratorios de Zaragoza