Veintidós años después de lo ocurrido en Jurassic Park, la isla Nublar ha sido transformada en un enorme parque temático, Jurassic Wold, con versiones «domesticadas» de algunos de los dinosaurios más conocidos. Cuando todo parece ir sobre ruedas y ser el negocio del siglo, un nuevo dinosaurio de especie desconocida, pues ha sido creado manipulando genéticamente su ADN, y que resulta ser mucho más inteligente de lo que se pensaba, se escapa de su recinto y comienza a causar estragos entre los visitantes del Parque.

Ethan Wate anhela escapar de su pequeña ciudad del sur. Conoce a una misteriosa chica nueva, Lena Duchannes. Juntos, descubren oscuros secretos sobre sus respectivas familias, su historia y su ciudad.

Cinco años después de los eventos de la primera película, Lou Dorchen y Nick Webber se han convertido en ricos y famosos, con Lou convirtiéndose en multimillonario y Nick siendo un exitoso cantante de música. En la fiesta de celebración de Lou, Lou es disparado en la entrepierna. Jacob (hijo de Lou) y Nick lo arrastran hasta la máquina del tiempo de la bañera de hidromasaje y la activan para viajar atrás en el tiempo y encontrar al asesino y detenerlo. Cuando despiertan, se encuentran diez años en el futuro, donde Jacob está a cargo de la mansión de Lou. Después de determinar que están en una línea de tiempo alternativa donde el asesino de Lou es de este futuro, van a la casa de su amigo Adam Yates, solo para conocer a su hijo Adam Yates Stedmeyer (Adam Jr.), quien está comprometido con una chica llamada Jill.