Comienza un nuevo año en el Instituto de Neptune para Verónica Mars. El primer dia de clase ayuda a un novato que se ha visto atacado por los P.C.H., la banda de moteros de la zona marginal de la adinerada ciudad de Neptune. Empezará a crecer una gran amistad entre este novato, Wallace, y Veronica. Este año será especial para Verónica, su mejor amiga Lilly Kane fue asesinada y el sheriff Keith Mars, su padre, acusa al padre de Lilly, Jake Kane de ser responsable del asesinato de su hija. El sr. Kane es la persona mas rica, poderosa e influyente de Neptune así que todo termina con el despido de Keith como sheriff. La vida de Verónica cambia radicalmente debido al apoyo que ofrece a su cuestionado padre, pasa de ser una de las chicas más populares del instituto a ser una marginada que compaginará sus estudios con ayudar a su padre en su nuevo trabajo como detective privado.

La vecina de arriba de Verónica mantiene lo que aparentemente parece ser una inestable relación son su novio del que Verónica empieza a sospechar cuando su embarazada vecina desaparece misteriosamente. Keith ayudará a su hija investigando este caso. Mientras tanto Logan y Weevilson castigados y empiezan a descubrir que tienen algunas cosas en común que ni se podía imaginar. Investigando el asesinato de Lilly, Verónica descubrirá una vieja relación entre su madre y Jake Kane.

Un test de pureza enviado a los alumnos del Instituto Neptune lleva a muchos de estos a ser avergonzados y humillados. Para solucionar esta situación y averiguar quién es el responsable de esto, Veronica requerirá la ayuda de Mac, una compañera experta en informática. Al mismo tiempo Keith ayuda a la madre de Wallace con un inquilino molesto.

En contra de los deseos de su padre, Verónica se infiltra en lo que ella sospecha que es una especie de secta para rescatar a sus compañeros de clase. Pero, una vez dentro de la granja, comienza a tener dudas de sus intenciones reales. Mientras, sus investigaciones sobre Abel Koontz siguen adelante.

Veronica decide investigar el extraño hecho de que se hayan producido tres simulacros de incendio en una semana, lo que se suma a la aparición de un nuevo alumno muy sospechoso. Además, Wallace y Veronica se enteran de que sus padres están saliendo.

Verónica ayuda a Jackie a buscar su tarjeta de crédito robada, a pesar de las diferencias entre ellas. Wallace, por su parte, descubrirá algo que no sabía sobre su familia.

Veronica encuentra el anuario de su instituto, donde ve a su madre y se plantea si la conocía tan bien como se pensaba e investiga buscando a viejos amigos de su madre. Mientras, la hermana de Logan, Trina, hace de directora de la función de teatro del instituto y tiene algún que otro percance con Kendall.

Veronica va de visita a la universidad de Hearts con Wallace, donde se encuentra a su ex-novio Troy, quien le pide ayuda al ser acusado por las violaciones Mientras, Keith ayuda a Cliff con un problema con una prostituta y Logan toma una decisión en cuanto a su relación con Hanah.

Weevel pide ayuda a verónica para saber la verdad sobre el asesinato de Felix, pero se da cuenta de que hay cosas de las que tiene que encargarse el mismo. Keith revisa un DVD que Woody recibe por e-mail. Las relaciones entre Wallace y Jane y Beaver y Mac no van bien.

Veronica tiene sueños con el autobus y los estudiantes muertos del accidente, que la proporcionan muchas pistas sobre lo que pasó. Mientras, Logan y wallace son compañeros de laboratorio contra su voluntad. Keith ayuda al director del instituto en un problema con un profesor.