Comienza un nuevo año en el Instituto de Neptune para Verónica Mars. El primer dia de clase ayuda a un novato que se ha visto atacado por los P.C.H., la banda de moteros de la zona marginal de la adinerada ciudad de Neptune. Empezará a crecer una gran amistad entre este novato, Wallace, y Veronica. Este año será especial para Verónica, su mejor amiga Lilly Kane fue asesinada y el sheriff Keith Mars, su padre, acusa al padre de Lilly, Jake Kane de ser responsable del asesinato de su hija. El sr. Kane es la persona mas rica, poderosa e influyente de Neptune así que todo termina con el despido de Keith como sheriff. La vida de Verónica cambia radicalmente debido al apoyo que ofrece a su cuestionado padre, pasa de ser una de las chicas más populares del instituto a ser una marginada que compaginará sus estudios con ayudar a su padre en su nuevo trabajo como detective privado.

La abuela de Weevil es detenida acusada de fraude con tarjeta de crédito. Veronica y Wallace se disponen a averiguar la verdad y a limpiar el nombre de la abuela. Mientras tanto, después de la clase de periodismo de la señorita Dent, Veronica se muestra intrigada por la atención que le muestra otro estudiante, Troy Vandegraff, amigo de Duncan. Por otro lado, Veronica descubre que a Lilly le pusieron una multa el día que murió, dos horas después de la supuesta hora de la muerte.

Verónica trata de ayudar a un compañero de instituto a encontrar a su padre desaparecido pero encuentra el caso más complicado de lo que se esperaba. Mientras tanto Keith se reune con la consejera del intituto para hablar sobre los sentimientos y el estado de Verónica a raíz del asesinato de Lilly.

Para intentar ayudar a Wallace a ganar puntos con la chica que le gusta, Verónica ayuda a esta rastreando un fraude a través de internet del que ha sido víctima. Mientras tanto Logan accede a realizar un vídeo sobre Lilly para conmemorar el primer aniversario de su muerte y Troy cada vez intima más con Verónica.

Después de una noche de juerga en Tijuana Luke, Logan y Troy se ven en una situación comprometida cuando les roban el coche y tienen que llamar a Verónica para pedirla ayuda. Esto hará que la relación con uno de sus amigos cambie. Mientras Keith y Rebeca empiezan a salir juntos en contra de los deseos de Verónica, y Verónica hará un descubrimiento sobrecogedor acerca de su madre.

La novia del vecino de Wallace y Piz llega a la residencia, pero Sully ha desaparecido. Una Verónica escéptica le ayudará en la búsqueda. Por su parte, Keith tiene problemas morales en su relación con Harmony. Verónica desconfía de todo y de todos, dudando y quedando decepcionada por todas las personas que más quiere. Pero recibirá una lección, resultado de una experiencia no muy grata.

Debido a las frecuentes violaciones, las estudiantes de Hearst exigen que las hermandades sean eliminadas para evitar más acosos, para votar si esto ha de ser así, convocan a una miembro honorario, Patty Hearst, quien desaparecerá. A la vez que Veronica, con ayuda de Keith, investiga el paradero de la señora Hearts, resolverá el misterio que se escondía detrás de las violaciones y se revelará el culpable. La relación entre Verónica y Logan sufre algún que otro contratiempo.

Mientras Keith investiga sobre la muerte del decano ODell para decidir si el caso merece la pena, Verónica trata de ayudar a unos estudiantes en prácticas a los que han robado. Estos estudiantes estaban realizando estudios científicos usando como cobayas ratas y un mono, pero alguien entra en su laboratorio y se lleva a todos los animales, que Verónica tratará de encontrar, con ayuda de Mac. Además, entre la búsqueda se permiten alguna que otra fiesta donde tratan de ligar con algunos chicos. Lo mismo harán Dick y Logan con algunas chicas.

Max, un compañero de Verónica, conoció a una chica en un salón del cómic y desde entonces ha estado enamorado de ella. Ahora se ha enterado de que se va a casar, cansada de esperarle, y necesita la ayuda de Verónica para encontrarla. Pero esta chica tiene muchos secretos y guarda muchas sorpresas que ni Verónica veía venir. Por su parte, Keirh sigue en su investigación sobre la muerte del decano, y consigue algún que otro avance. La relación de Verónica y Logan sigue bien, pero alguien se va a interponer entre los dos.