Siguiendo una pista de los Tok'ra, el SG-1 va a un planeta donde encuentran al odiado Apophis, casi muriendo y bajo el ataque de death-gliders. Lo llevan de vuelta con ellos, dándose cuenta de que fue torturado por un rival señor del sistema con daño duradero. Apophis exige refugio, siempre y cuando la Dra. Fraiser pueda salvar su vida, al menos por el bien del anfitrión humano, pero sin un sarcófago el pronóstico para su simbionte es malo; ofrece todo su conocimiento Goa'uld a cambio de un nuevo anfitrión, es decir, su vida, revelando que fue derrotado por el terrible Sokar, una vez señor del sistema supremo hasta que una alianza liderada por Ra y Apophis lo destituyó. El enfrentamiento con Daniel, debido a Amaunet/Sha're y su hijo Klorel, y con el antiguo primer ministro Teal'c, es amargo para los tres. Los Tok'ra envían a Martouf para advertir que los Tau'ri deben entregar a Apophis, pero su advertencia es ignorada, hasta que Sokar demuestra que puede bombardear el iris con partículas aceleradas y finalmente atravesarlo, por lo que la Casa Blanca ordena su extradición, pero antes de que puedan hacerlo, él muere, a diferencia de su anfitrión, un escriba de un antiguo templo egipcio de Amun.

Cuando se establece un agujero de gusano entrante en el SGC, se anula y se abre el iris. Aparece un niño joven y le dice al SGC que están en terrible peligro por parte de un grupo de terroristas. Pero estos terroristas son criaturas invisibles y están decididos a exterminar a todos los humanos para evitar que sean utilizados como huéspedes de los Goa'uld.

Colonel O'Neill awakens and is told by new staff everything in the SGC is different because he was just revived after 79 years of cryogenic hibernation, as sole survivor of a disastrous SG-1 mission on a Goa'uld-ruled planet. He accepts to undergo a 'high tech hypnosis' to retrieve information of use in the present war against them, which is going badly, involving earth's ten endangered colonies on other planets. However Major General Trofsky, the new base commander, and his female assistant tell Daniel and Sam, in different sections, that each of them is the sole survivor: it's all make-believe to probe their brains about the weaknesses of earth and the Alliance of the four races. Meanwhile, Teal'c awakes on earth, where it took Dr. Frasier months to save him from death; there was no trace of his teammates, and he resigns when General Hammond refuses permission to keep searching. O'Neill hears Goa'uld language, gets himself free and discovers he's on a fake SGC, frees Sam and Daniel, only to be stopped by the female Goa'uld system-lord Hathor, who employs both Horus and Serpent Jaffa and demands the humans' help against her rival system-lords.

O'Neill, Carter y Jackson están atrapados en el planeta de Hathor. Teal'c y Hammond van a Chulak para forjar un plan de rescate y recuperar al equipo.

Versiones de realidad alternativa de Kawalsky y Carter son capturadas en el Área 51 después de haber llegado a través del espejo cuántico.

Martouf lidera una delegación de Tok'ra con una noticia aplastante para Carter: su padre Jacob/Selmak ha sido capturado por Sokar y encarcelado en Netu, un nombre egipcio para el infierno, en una luna del planeta Delmal, donde los prisioneros son enviados a sufrir tortura eterna, y de donde nadie regresa; solo Jolinar ha logrado escapar. SG-1 lleva a cabo una operación de rescate con Martouf, siendo la máxima prioridad cualquier información que Selmak pueda ofrecer sobre el plan de Sokar para someter a los demás señores del sistema, una amenaza sin precedentes para todos los humanoides de la galaxia. Teal'c debe pilotar una nave Goa'uld y mantenerla en órbita, ya que el aterrizaje es imposible excepto mediante una pequeña cápsula, pero primero Martouf accede a la memoria de Jolinar, que está parcialmente bloqueada por algún trauma más allá de la tortura física. Solo cuando están abajo y bajo la custodia del señor de Netu, Bynarr, Sam se da cuenta de que él es la clave, de una manera "personal", pero no voluntariamente, como ella había pensado. Sokar se entera de su presencia a través de Bynarr y ordena que el equipo y la nave sean destruidos, pero esto también significa que debe haber una salida. El primer oficial de Bynarr, Na'onak, tiene, y es él mismo, una gran sorpresa.

Ahora que Apophis se ha revelado, promete a los prisioneros derrocar a Sokar, lo cual requiere extraer un secreto de gran valor irresistible, para lo cual droga a Sam con el suero de la verdad "sangre de Sokar". Apophis también implanta un dispositivo de memoria en Jack y le administra la droga para torturarlo utilizando la personalidad de su hijo pequeño que murió, y a Daniel para obtener la ubicación de su hijo Harsesis. El amor de Martouf por Jolinar lo lleva a traicionar que los Tok'ra están en el planeta Entac, una mentira convincente, por lo que el plan de Apophis para ganarse la gratitud de Sokar y luego matarlo cuando sea recompensado con el señorío de Netu está en una base inestable. Teal'c debe ayudar al Tok'ra Aldwin a preparar una bomba nuclear para hacer explotar toda la luna cuando llegue su nave, como su última oportunidad para eliminar a Sokar, pero decide en cambio rescatar a SG-1 volando en el camino del dispositivo de anillos en la nave de Sokar cuando llegue.

SG-1 cree que finalmente han encontrado Kheb, un planeta con un templo donde creen que se encuentra el hijo de Apophis y Sha're, un Harcesis con todo el conocimiento de los Goa'uld.

La SGC recibe la visita de una Tok'ra llamada Anise que trae unos brazaletes utilizados por los soldados de una raza extinta desde hace mucho tiempo, que se supone que aumentan las habilidades de quienes los llevan puestos. O'Neill, Carter y Jackson se ponen los brazaletes y aumenta su fuerza física, pero también les hace tomar decisiones impulsivas. ¿Podrán quitarse los brazaletes antes de que causen su muerte?

Para ayudar a Teal'c a aclarar su mente nuevamente, el SG-1 pide ayuda a Bra'tac. Bra'tac elimina el Goa'uld de Teal'c y Teal'c se ve obligado a recordar ciertos recuerdos de su pasado para regresar a ser el verdadero Teal'c al final. El SG-1 está contento de tenerlo de vuelta.

SG-1 establece contacto con los Aschen, sin saber que su mundo natal es uno del que previamente se les advirtió en el futuro que se considerara fuera de límites.

A new leader has risen among the Free Jaffa, K'tano, former First Prime of Imhotep. SG-1, accompanied by Bra'tac, seeks an alliance between the Tau'ri and the large force he has amassed.

Los Tok'ra se ven obligados a evacuar su base recién establecida, que está siendo atacada por los Goa'uld. Huyen al sitio Alpha del SGC. Las tensiones aumentan entre las facciones aliadas, los Jaffa Libres, los Tau'ri y los Tok'ra. Jacob y Selmak sienten que el fin de los Tok'ra está cerca, y Sam descubre que un generador de Naquadah ha sido saboteado para funcionar como una bomba. Jack sospecha de los recién llegados Tok'ra y trata de descubrir al traidor.

Durante un crucero de prueba del Prometheus, el regulador del hiperimpulsor de la nave queda irreparablemente dañado. Se descubre que un planeta cercano está listado en la cartulina de direcciones encontrada en Abydos, por lo que podría haber un Stargate. Después de un corto salto hacia el planeta, el reactor de Naquadria se sobrecarga y debe ser eyectado. Tras la explosión del reactor sobre el planeta, causando daños, el destino del SG-1 y la tripulación del Prometheus está en manos de un mundo que antes estaba controlado por los Goa'uld y con el que tienen un comienzo difícil.

En una misión de rutina, el SG-1 se encuentra con una civilización desesperada por ser liberada de las garras de un Goa'uld. Mientras están en el planeta, Jonas se enferma y es suspendido de sus funciones. Su misteriosa enfermedad es diagnosticada como un tumor cerebral, pero le otorga la increíble habilidad de vislumbrar el futuro, ¡un futuro en el que O'Neill y el SG-1 están cayendo en una trampa!

El arma superpoderosa de Anubis ha sido desactivada, pero la flota de Yu ha sido desviada al otro lado de la galaxia por el propio Yu, lo que permite que Anubis escape al hiperespacio. Jonas ha sido capturado por Anubis y Daniel todavía está a bordo de la nave de Anubis, evitando ser capturado. Anubis utiliza la sonda mental en Jonas, descubre el Naquadria y comienza su ataque a Kelowna. Los kelownianos buscan ayuda en el SGC. Jack y Sam llegan a Langara para descubrir que los kelownianos le han dado a Anubis Naquadria para asegurar su seguridad. Se comunican con Daniel, quien está tratando de liberar a Jonas. Teal'c ha convencido al primer primer ministro de Yu de buscar un nuevo líder de los Señores del Sistema, Ba'al.

Mientras exploraba una nave alienígena estrellada llena de pasajeros en criostasis, una fuerza alienígena ha descargado un número de sus conciencias en Daniel.

Bra'tac y Teal'c se encuentran con un enemigo fuertemente armado con un escudo que lo protege de las armas Goa'uld y que ha eliminado a dos guardias personales Goa'uld. A duras penas logran derrotarlo y lo llevan de vuelta al SGC para su estudio, pero esta nueva amenaza plantea un problema mayor para los Tau'ri.

The newly inaugurated President of the United States is briefed by the Head of the Joint Chiefs of Staff on the Stargate program. Former Senator, now Vice President, Kinsey attempts to get his running mate to back his policies for the program, but the president decides to look into the situation himself. Kinsey gets Richard Woolsey to convince the president of his agenda.

SG-1 es enviado para advertir a Harry Maybourne de que el Señor del Sistema goa'uld Ares está llegando al planeta donde fue desterrado, y en el proceso descubren lo que podría ser una máquina del tiempo antigua.

Después de una larga ausencia, Jacob Carter regresa al SGC para decirle a Jack que la galaxia está amenazada de ser tomada por los Replicadores. Los Goa'uld están siendo atacados por los Replicadores y están siendo eliminados rápidamente. Los ejércitos de Ba'al están siendo destruidos y él llega al SGC para sugerir que trabajen juntos para derrotar a su enemigo común. El doble de Carter, RepliCarter, está liderando el ataque y ha secuestrado a Daniel Jackson con la esperanza de descubrir cualquier arma que los Antiguos hayan creado que pueda derrotarlos. Jackson recibe ayuda de una fuente inesperada, la Antigua Oma Desala, o eso cree él.

Daniel se encuentra en un tiempo y lugar extraños: un restaurante donde Oma trabaja como camarera. Ella le ofrece una elección clara: puede elegir morir o ascender, pero si elige lo segundo, no podrá ayudar a sus amigos a luchar contra Anubis, quien aún no ha sido eliminado. Entabla una conversación con otro cliente, Jim, quien tiene su propia opinión sobre la situación. Mientras tanto, Sam decide que ha llegado el momento de que su prometido conozca a su padre, Jacob. Sin embargo, Jacob no está bien, algo que ha ocultado a Sam durante varias semanas. Después de que Pete la sorprende -él cree haber encontrado la casa perfecta para ambos- Sam se da cuenta de que debe enfrentar sus sentimientos hacia otra persona. Teal'c y el Maestro Bra'tac tienen información de que Anubis podría estar reuniendo lo que queda de sus fuerzas para atacar Dakara.

Con las amenazas tanto de los Replicadores como de los Goa'uld considerablemente disminuidas y la nave hermana de la Prometheus, la Daedalus, ahora en construcción, SG-1 está ansioso por viajar en la nueva nave. Sin embargo, el ánimo se ve algo oscurecido por una llamada telefónica que informa al Dr. Jackson sobre la muerte de Catherine Langford. Después del funeral, la sobrina de Catherine le entrega a Daniel "algunas cosas sueltas" que su tía quería que él tuviera. Al entregarlo, descubren que casi toda su colección fue enviada al laboratorio de Daniel. En uno de sus libros, él encuentra una posible ubicación de un ZPM, pero los escaneos del área muestran que ya no está allí. Daniel propone que utilicen la máquina del tiempo de los Antiguos para obtenerlo de Ra en Giza en el año 3000 a.C.

Leader of the Hak'tyl and their representative on the Jaffa High Council, Ka'lel has fallen in with those who work against a democratic Jaffa nation. Things worsen when she incapacitates and turns a well-spoken brother Jaffa who promoted democracy. Bra'tac comes to Hayes and SG-1 for help in finding a now missing Teal'c and uncovering the shadowy dealings in the Jaffa High Council. On Earth, Mitchell gets an old friend of his into a hospital where alien-based technology is used; hopefully, the advances they have made will be able to cure what ails him.

While investigating the source of an addictive corn-like crop, SG-1 becomes involved in a firefight. They are forced to fall back to the gate, but as Daniel is dialing both the Stargate and the DHD are beamed away.