A medida que la flota de ataque de los Goa'uld se acerca a la Tierra, los cuatro miembros del equipo SG-1 son tomados prisioneros. Reciben ayuda de una fuente inesperada cuando Bra'tac, el mentor de Teal'c, revela que está a bordo. Apophis ha retrasado el ataque hasta que su hijo Klorel sea revivido, dándoles algo de tiempo para prepararse. SG-1 ha utilizado todo el C4 en una de las dos naves, pero deben encontrar una manera de deshacerse de la segunda. De regreso en el Comando Stargate, el Teniente Coronel Bert Samuels llega como oficial de enlace del Pentágono, pero también revela un nuevo arma que han desarrollado. El General Hammond está escéptico. Comienzan a transportar humanos a un sitio Alpha para asegurar la continuación de la humanidad.

O'Neill y el equipo regresan a Cimmeria, el planeta donde destruyeron el Martillo de Thor para ayudar a Teal'c a escapar. Descubren que los Goa'uld han invadido y que muchas personas están muertas. ¿Podrán ayudar a encontrar las armas de Thor para repeler la invasión antes de que todos sean capturados o asesinados?

Mientras O'Neill y Carter van a Washington para ser condecorados por el Presidente y encontrar una filtración de seguridad, Jackson y Teal'c van a Abydos (después de desenterrar su Stargate) para ver al padre de Sha're. Llegan para decirle que no han tenido éxito en encontrar a Sha're, solo para descubrir que ella ya está en Abydos. Pero descubren que está embarazada de Apophis y que el bebé guarda los secretos de los Goa'uld.

Colonel O'Neill awakens and is told by new staff everything in the SGC is different because he was just revived after 79 years of cryogenic hibernation, as sole survivor of a disastrous SG-1 mission on a Goa'uld-ruled planet. He accepts to undergo a 'high tech hypnosis' to retrieve information of use in the present war against them, which is going badly, involving earth's ten endangered colonies on other planets. However Major General Trofsky, the new base commander, and his female assistant tell Daniel and Sam, in different sections, that each of them is the sole survivor: it's all make-believe to probe their brains about the weaknesses of earth and the Alliance of the four races. Meanwhile, Teal'c awakes on earth, where it took Dr. Frasier months to save him from death; there was no trace of his teammates, and he resigns when General Hammond refuses permission to keep searching. O'Neill hears Goa'uld language, gets himself free and discovers he's on a fake SGC, frees Sam and Daniel, only to be stopped by the female Goa'uld system-lord Hathor, who employs both Horus and Serpent Jaffa and demands the humans' help against her rival system-lords.

Teal'c está en su planeta natal, Chulak, donde hay una rebelión entre los guerreros Jaffa. Es traicionado como un shol'va sacrílego (traidor) por Rak'nor, hijo de un amigo Jaffa de su padre, y entregado a Terok, el torturador del señor del sistema Heru'ur. Ignorantes de su destino, los otros miembros de SG-1 se unen a Jacob en un intento arriesgado de apoderarse de una mina espacial utilizando una nave Tok'ra pilotada por Jacob. En ruta hacia la nave espacial de Apophis, la expedición descubre que Teal'c está siendo ofrecido como un regalo para generar confianza por parte de Heru'ur y así cementar una alianza con Apophis contra los otros señores del sistema, lo que haría que la amenaza de los Goa'uld sea más peligrosa que nunca. Deciden salvar a Teal'c, pero su intento falla. Sin embargo, la resistencia de Teal'c a la tortura y su clara convicción de que los Goa'uld no son dioses finalmente convencen a Rak'nor, quien ahora actúa valientemente.