El Coronel Jack O'Neill es sacado de su retiro para liderar una nueva expedición de regreso a Abydos, solo para encontrarse con un viejo amigo, un nuevo enemigo y un uso mucho más amplio del Stargate.

Después de un defecto técnico en la Puerta Estelar, O'Neill y Carter quedan atrapados junto a una Puerta Estelar en una cueva en un páramo helado. O'Neill está gravemente herido y ambos se están congelando. ¿Encontrará y rescatará el SGC a tiempo?

Después de llegar a P3X-989, el equipo queda inconsciente. Cuando despiertan, regresan a la Tierra, pero pronto descubren que son androides. El equipo debe regresar al planeta para averiguar qué le sucedió a sus cuerpos reales.

The Stargate team must justify the project's continuation when a doubtful senator, Head of the Congressional Military Appropriations Committee, comes to review the project's performance.

SG-1 discovers an ancient artifact and brings it back to the SGC. Ariving at the SGC, it becomes active, pins O'Neill to the gate room wall, and unleashes a virus into him.

SG-1 viaja a un planeta cuya gente son aliados de los Asgard.

Stargate Command abre un agujero de gusano hacia un planeta con un agujero negro en órbita.

Siguiendo una pista de los Tok'ra, el SG-1 va a un planeta donde encuentran al odiado Apophis, casi muriendo y bajo el ataque de death-gliders. Lo llevan de vuelta con ellos, dándose cuenta de que fue torturado por un rival señor del sistema con daño duradero. Apophis exige refugio, siempre y cuando la Dra. Fraiser pueda salvar su vida, al menos por el bien del anfitrión humano, pero sin un sarcófago el pronóstico para su simbionte es malo; ofrece todo su conocimiento Goa'uld a cambio de un nuevo anfitrión, es decir, su vida, revelando que fue derrotado por el terrible Sokar, una vez señor del sistema supremo hasta que una alianza liderada por Ra y Apophis lo destituyó. El enfrentamiento con Daniel, debido a Amaunet/Sha're y su hijo Klorel, y con el antiguo primer ministro Teal'c, es amargo para los tres. Los Tok'ra envían a Martouf para advertir que los Tau'ri deben entregar a Apophis, pero su advertencia es ignorada, hasta que Sokar demuestra que puede bombardear el iris con partículas aceleradas y finalmente atravesarlo, por lo que la Casa Blanca ordena su extradición, pero antes de que puedan hacerlo, él muere, a diferencia de su anfitrión, un escriba de un antiguo templo egipcio de Amun.

Una incursión alienígena toma el control de la base.

El SGC envía un MALP a una enorme pirámide y dentro descubren un cráneo de cristal similar al que el abuelo de Jackson encontró muchos años antes. SG1 visita el planeta y mientras Daniel está mirando a los ojos del cráneo, como lo hizo su abuelo, un campo de energía lo envuelve. Teal'c dispara su Zat al cráneo, pero Daniel ha desaparecido. Carter se desmaya y el equipo, excepto Daniel, regresa al SGC. Teal'c regresa para recoger el cráneo de cristal, pero ¿podrá encontrar a Daniel?

SG-1 tiene que lidiar con una infestación de Replicadores en un submarino ruso en la Tierra, mientras la Mayor Carter asesora a los Asgard sobre cómo combatir la amenaza en su galaxia.

El SGC es contactado por una civilización humana alienígena avanzada y en guerra que busca ayuda militar, pero sus razones exactas para ello se vuelven cada vez más sospechosas.

La SGC recibe la visita de una Tok'ra llamada Anise que trae unos brazaletes utilizados por los soldados de una raza extinta desde hace mucho tiempo, que se supone que aumentan las habilidades de quienes los llevan puestos. O'Neill, Carter y Jackson se ponen los brazaletes y aumenta su fuerza física, pero también les hace tomar decisiones impulsivas. ¿Podrán quitarse los brazaletes antes de que causen su muerte?

Cuando un miembro del equipo SG intenta asesinar al líder de los Tok'ra, se cree que algunos miembros del SGC han sido convertidos en Za'tarcos: asesinos programados. La Tok'ra Freya llega al SGC con Martouf para intentar probar a todos los miembros del equipo SG. Pero el detector de Za'tarcos sugiere que O'Neill y Carter en realidad son Za'tarcos. ¿Es esto correcto y hay otro Za'tarc en el SGC?

El Coronel O'Neill y Teal'c se dan cuenta de que ellos y sus amigos están atrapados en un bucle temporal.

En el nuevo hogar de los Enkarans, SG-1 descubre que una gigantesca nave espacial está amenazando a los colonos mientras terraforma el planeta.

Cuando uno de los profesores de Daniel muere en una explosión de laboratorio que podría estar relacionada con los Goa'uld, él regresa a Chicago para investigar lo que realmente sucedió.

Teal'c está en su planeta natal, Chulak, donde hay una rebelión entre los guerreros Jaffa. Es traicionado como un shol'va sacrílego (traidor) por Rak'nor, hijo de un amigo Jaffa de su padre, y entregado a Terok, el torturador del señor del sistema Heru'ur. Ignorantes de su destino, los otros miembros de SG-1 se unen a Jacob en un intento arriesgado de apoderarse de una mina espacial utilizando una nave Tok'ra pilotada por Jacob. En ruta hacia la nave espacial de Apophis, la expedición descubre que Teal'c está siendo ofrecido como un regalo para generar confianza por parte de Heru'ur y así cementar una alianza con Apophis contra los otros señores del sistema, lo que haría que la amenaza de los Goa'uld sea más peligrosa que nunca. Deciden salvar a Teal'c, pero su intento falla. Sin embargo, la resistencia de Teal'c a la tortura y su clara convicción de que los Goa'uld no son dioses finalmente convencen a Rak'nor, quien ahora actúa valientemente.

El general Hammond se retira misteriosamente del SGC y se trae a un nuevo general, quien separa al SG-1: Daniel y Sam son científicos, Teal'c está con el SG-3 y O'Neill comanda un nuevo SG-1. O'Neill intenta convencer al general Hammond de que regrese, pero descubre que alguien ordenó a Hammond que se fuera o lastimarían a sus nietos. Mientras los demás mantienen ocupado al nuevo general, O'Neill intenta descubrir quién es ese "alguien". Para ello, debe confiar en la persona que más odia: Maybourne.

When the SGC probes a new planet, an alien energy entity there responds by invading the SGC's computer systems, and then Major Carter herself.

Atrapados en otra galaxia mientras huyen del ataque a la flota de Apophis, resulta ser solo el comienzo de los problemas de SG-1, ya que aparecen múltiples enemigos.

Para ayudar a Teal'c a aclarar su mente nuevamente, el SG-1 pide ayuda a Bra'tac. Bra'tac elimina el Goa'uld de Teal'c y Teal'c se ve obligado a recordar ciertos recuerdos de su pasado para regresar a ser el verdadero Teal'c al final. El SG-1 está contento de tenerlo de vuelta.

When SG-1 inadvertently dooms a planet upon arrival, the team must overcome Asgardian diplomacy and indigenous religious prejudice to put things right.

Cuando Teal'c queda atrapado en el búfer del Stargate, el equipo debe enfrentar desafíos técnicos mientras lidian con rivalidades personales, interdepartamentales y diplomáticas para rescatarlo a tiempo.

En un plan de los Tok'ra para eliminar a los Goa'uld, Daniel se infiltra como sirviente de Yu para liberar un veneno en una reunión de los señores del sistema. Mientras tanto, un ataque de los Goa'uld a la base de los Tok'ra deja al resto del equipo SG-1 ocupado.

En un planeta alienígena, SG-1 descubre que un androide inactivo es el único sobreviviente de la destrucción de su civilización. Lo llevan de vuelta al SGC para estudiarlo y logran reactivarlo. Las cosas toman un giro para peor cuando ella "crea" un insecto replicador para Daniel.

Mientras aún lidian con la pérdida de Daniel Jackson, el SGC es contactado por los Asgard, quienes requieren ayuda para enfrentar a Anubis, quien parece tener nueva tecnología de escudos que puede repeler las armas Asgard.

El Maestro Bra'tac llega con malas noticias: la esposa de Teal'c está gravemente enferma, y Teal'c se va para estar con ella. Poco después, se abre el portal pero no pasa nada. Entonces Carter descubre una señal de muy baja potencia que está aumentando lentamente hasta alcanzar una sobrecarga lo suficientemente poderosa como para destruir la Tierra.

El arma de Anubis continúa amenazando a la Tierra. Se intentan varios planes hasta que Jonas Quinn sugiere algo simple que podría funcionar. Mientras tanto, el Maestro Bra'tac ha descubierto el planeta desde el cual Anubis está lanzando el ataque. Él, Teal'c y Rya'c viajan allí para detenerlo.

Cuando el SGC detecta una nave Goa'uld en órbita, el SG-1 es enviado con Jacob Carter para investigar. Descubren que la nave está abandonada sin signos de vida discernibles y Sam determina que es la misma que se utilizó para secuestrar a Thor. Una vez a bordo de la nave Goa'uld, descubren que la tripulación había iniciado una secuencia de autodestrucción. O'Neill desea recuperar la nave a pesar de las advertencias de Jacob de que podría ser un caballo de Troya. Un examen del núcleo de la computadora revela que Thor pudo haber introducido un virus, pero Jacob tenía razón: es una emboscada y la nave pronto se sumerge en el océano. El SGC y la Armada llevan a cabo una operación de rescate.

SG-1 está proporcionando seguridad a tres científicos que están realizando investigaciones en un planeta lejano. El warlord Goa'uld Khonsu organiza capturar al equipo SG-1 y O'Neill le dice a Jay Felger, nominalmente el líder del grupo, que use la puerta y regrese a la base. Felger está bastante enamorado del equipo SG-1, admirando sus hazañas y audacia. En lugar de seguir las órdenes de O'Neill, Felger y otro científico, Simon Coombs, se transportan a la nave Goa'uld. Lo que los científicos no saben es que la captura de SG-1 es una estratagema para permitir que Khonsu, que en realidad es un Tok'ra, transmita información. O'Neill está bastante molesto con los dos científicos, pero su presencia resulta útil al final.

Después de haber recuperado el control del X-303, el equipo SG-1 se encuentra en una parte desconocida del espacio. El rescate llega en forma de los Asgard, específicamente Thor, quien necesita su ayuda. El mundo natal de los Asgard ha sido invadido por los Replicadores y también necesitan la ayuda de SG-1, así como del X-303, que es una tecnología relativamente baja. Los Asgard habían preparado una trampa para los Replicadores y esperaban usar un dispositivo de dilatación temporal que les daría el tiempo necesario para encontrar una forma de derrotarlos. El problema es que los Replicadores han desactivado el dispositivo y los Asgard quieren que SG-1 entre y lo active. Aceptan la misión, pero para cumplir con su objetivo, O'Neill enfrentará un dilema moral.

El ex coronel Harry Maybourne se acerca a Jack con una propuesta: Jack le consigue un indulto presidencial y Harry les muestra el depósito de armas avanzadas al que Simmons intentaba llegar. Llevan a cabo el trato, pero Harry intenta traicionar a SG-1. Logra pasar por el portal que lleva al depósito, pero con un elemento inesperado, Jack. Se encuentran en un campo y el zat de Harry ha desaparecido. Sin embargo, Jack todavía tiene su P-90. Harry revela que no están en un depósito de armas, sino en una utopía. Tenía la intención de vivir el resto de su vida allí y cree que no hay forma de regresar.

The US and Russia reveal Stargate Command and its operations to representatives of the other permanent members of the United Nations Security Council.

Teal'c está teniendo extrañas pesadillas en las que Apophis aparece y él es humano, un bombero junto con su equipo.

En una misión de rutina, el SG-1 se encuentra con una civilización desesperada por ser liberada de las garras de un Goa'uld. Mientras están en el planeta, Jonas se enferma y es suspendido de sus funciones. Su misteriosa enfermedad es diagnosticada como un tumor cerebral, pero le otorga la increíble habilidad de vislumbrar el futuro, ¡un futuro en el que O'Neill y el SG-1 están cayendo en una trampa!

Un grupo de nómadas en un planeta alienígena encuentran a Daniel Jackson desnudo en medio de ruinas y lo acogen. Jonas traduce la tableta que Daniel dijo que era importante y descubre que describe la última ciudad que los Antiguos estaban construyendo antes de la plaga. Supone que la lista de direcciones que Jack introdujo en la computadora al guardar los datos de los Antiguos eran puestos avanzados Antiguos en orden temporal. Por lo tanto, la última de las direcciones debería ser la "Ciudad Perdida". SG-1 visita el planeta y se encuentra con el pueblo nómada, que ahora habita las ruinas de la ciudad Antigua. Allí encuentran a Daniel, pero descubren que ha perdido la memoria. Deben recuperar sus recuerdos para descubrir el secreto para derrotar a Anubis.

In a firefight with Jaffa, Teal'c takes a staff blast to the gut. Without his symbiote, he cannot regenerate as he once did. Daniel feels that he cannot remember something important, so he goes searching through the logs for any sign of his lost knowledge. Teal'c expresses his feelings that the Tritonin has made him weak.

SG-1 investiga una colonia humana aparentemente idílica y sutilmente avanzada, resguardada dentro de una cúpula de energía en un planeta por lo demás inhóspito.

Mientras exploraba una nave alienígena estrellada llena de pasajeros en criostasis, una fuerza alienígena ha descargado un número de sus conciencias en Daniel.

Cuando una misión de exploración geológica de SG se encuentra en conflicto mortal con un clan indígena de Unas, Daniel convence a Chaka para que lo ayude a buscar un acuerdo con ellos.

To save his job, Dr. Felger tests a new virus on the Stargate Network to help control it and it ends up disabling it instead.

Los Tau'ri y Tok'ra han utilizado a su super soldado capturado para determinar su planeta de origen. Con Daniel, el Dr. Lee y el dispositivo antiguo que encontraron en manos de secuestradores hondureños, el SGC debe encontrar una forma de rescatarlos si quieren tener alguna oportunidad de derrotar a los nuevos super soldados que han encontrado.

Jonas Quinn regresa al SGC para pedir ayuda en salvar a su nación. Explica que el Naquadria originalmente era Naquadah y un Goa'uld llamado Thanos inició una reacción en cadena para transformar todo el Naquadah de su planeta en Naquadria. Una gran vena de Naquadah acaba de ser afectada y los científicos de Kelowna creen que la transformación hará que este gran depósito explote, llevándose consigo a toda su nación.

En el nuevo sitio Alpha, Sam Carter y Selmak (el simbionte que lleva Jacob Carter, su padre) están trabajando en un nuevo arma para derrotar a los superdrones de Anubis cuando el planeta es atacado por una flota de naves Goa'uld. Carter escapa con el prototipo del arma antes de que se active la autodestrucción de la base, pero se encuentra siendo perseguida por un superdrone.

El presidente ha pedido que un documentalista vaya a SGC para crear una película sobre sus operaciones. Su llegada es poco deseada para la mayoría y comienza a chocar con el personal de la base. Sin embargo, realiza sus entrevistas con SG-1 y los científicos empleados por SGC. Mientras tanto, un equipo SG en otro mundo encuentra los restos de una ciudad Antigua.

En un último intento desesperado, O'Neill activó un arma antigua en la Antártida para derrotar a Anubis. Con Jack aún en estasis en el puesto avanzado de los Antiguos enterrado en la Antártida, el SG-1 intenta contactar a los Asgard. Mientras tanto, su nueva líder, la Dra. Elizabeth Weir, intenta decidir qué hacer con una solicitud de conversaciones de paz de los Señores del Sistema Goa'uld.

La flota Asgard logra destruir la nave Replicadora, con Carter a bordo, pero no puede contener los escombros. Las negociaciones se rompen con los Señores del Sistema, terminando en el envío de un Ha'tak para probar las nuevas capacidades defensivas de la Tierra. El Prometeo espera para enfrentar al enemigo entrante, pero Thor llega en la Daniel Jackson, con Teal'c a bordo. Solicitan la ayuda de Daniel y Jack, todavía en estasis, para eliminar la amenaza de los replicadores en el nuevo hogar Asgard.

El general O'Neill todavía está en los primeros días de comandar el SGC y enfrenta un problema importante cuando el recién llegado coronel ruso Alexi Vaselov colapsa en sus aposentos. La creencia de la Dra. Brightman de que Vaselof podría ser contagioso parece ser correcta cuando Daniel, quien estaba con el ruso cuando colapsó, aparentemente enloquece e intenta salir de la base a través de la puerta. O'Neill asegura el SGC pero el problema no es el contagio: la esencia de Anubis está viva y bien, y busca un nuevo huésped.

Como el nuevo jefe del SGC, el General O'Neill empieza a sentir el peso de su responsabilidad y comienza a tener dudas sobre toda la idea, cuestionando su propia competencia.

El Dr. Lee está adaptando una silla de realidad virtual para utilizarla como dispositivo de entrenamiento. Teal'c piensa que el escenario actual es demasiado fácil y acepta trabajar con ellos para hacerlo más realista. Él entra en el escenario del juego y es rápidamente "asesinado", momento en el cual la silla lo electrocuta. Lee dice que debe ser parte de su construcción básica. A medida que el escenario se reinicia -es una invasión del SGC por los Goa'uld- Teal'c es repetidamente asesinado y electrocutado, poniéndolo en peligro. El programa de computadora está configurado para aprender después de cada escenario y el desafío para Teal'c aumenta en cada turno. Daniel se ofrece como voluntario para ingresar al juego también, para ver si juntos pueden encontrar una forma de escapar.

Teal'c is unhappy with his son's plans to marry. Ishta arrives bringing news that Hak'tyl may be compromised. Complications arise when O'Neill allows Hak'tyl to inhabit SGC until a new homeworld is found for them.

Cuando el Stargate es teletransportado fuera de la SGC en medio de la noche, Teal'c queda atrapado en otro mundo. El Dr. Jackson y la Coronel Carter intentan recuperar la puerta.

The replicator Carter and the real Carter work together with the disruptor signal. The replicator has a different plan.

Después de una larga ausencia, Jacob Carter regresa al SGC para decirle a Jack que la galaxia está amenazada de ser tomada por los Replicadores. Los Goa'uld están siendo atacados por los Replicadores y están siendo eliminados rápidamente. Los ejércitos de Ba'al están siendo destruidos y él llega al SGC para sugerir que trabajen juntos para derrotar a su enemigo común. El doble de Carter, RepliCarter, está liderando el ataque y ha secuestrado a Daniel Jackson con la esperanza de descubrir cualquier arma que los Antiguos hayan creado que pueda derrotarlos. Jackson recibe ayuda de una fuente inesperada, la Antigua Oma Desala, o eso cree él.

Sam y Jacob están en el planeta Dakara tratando de configurar el dispositivo de los Antiguos para destruir a los Replicadores de una vez por todas, con la ayuda parcial de Ba'al y Daniel, quien logra congelar a los Replicadores manipulando al duplicado de Carter.

Con las amenazas tanto de los Replicadores como de los Goa'uld considerablemente disminuidas y la nave hermana de la Prometheus, la Daedalus, ahora en construcción, SG-1 está ansioso por viajar en la nueva nave. Sin embargo, el ánimo se ve algo oscurecido por una llamada telefónica que informa al Dr. Jackson sobre la muerte de Catherine Langford. Después del funeral, la sobrina de Catherine le entrega a Daniel "algunas cosas sueltas" que su tía quería que él tuviera. Al entregarlo, descubren que casi toda su colección fue enviada al laboratorio de Daniel. En uno de sus libros, él encuentra una posible ubicación de un ZPM, pero los escaneos del área muestran que ya no está allí. Daniel propone que utilicen la máquina del tiempo de los Antiguos para obtenerlo de Ra en Giza en el año 3000 a.C.

Daniel y Vala han utilizado el dispositivo antiguo para habitar los cuerpos de personas en la galaxia de origen de los Alterans. Han sido llevados por un Prior de los Ori para encontrarse con el Doci, aquel que habla con los Ori, sus dioses. Daniel deduce que los Ori son lo que los Alterans que se convirtieron en los Antiguos dejaron atrás y han ascendido de manera similar, pero sin restricciones.

Un Prior de los Ori ha establecido un campo de fuerza en constante crecimiento en un planeta controlado por los Jaffa llamado Kalana. Un Goa'uld menor llamado Nerus, quien diseñó las múltiples conexiones de la Puerta necesarias para derrotar a los Replicantes, llega al SGC con información sobre el evento y ofrece su ayuda.

Following the death of a Jaffa on Earth and the disappearance of a prominent businessman, SG-1 starts an investigation into what remains of the Trust and into the actions of the Jaffa Nation. They discover that Ba'al is hiding on Earth after losing his forces to the Jaffa and that the Jaffa are secretly attempting his capture.

SG-1 regresa temprano de una misión solo para darse cuenta de que ellos y el Gral. Landry no están en la misma página en lo que respecta a la misión que acaban de completar. La confusión se resuelve rápidamente cuando el "verdadero" SG-1 regresa en el momento correcto. La Dra. Lam los examina a todos y concluye que son idénticos y piensa que podrían ser clones. Sin embargo, Sam cree que podrían haber venido de un universo paralelo como resultado del agujero negro que crearon cuando destruyeron el punto de apoyo de los Ori. A medida que llegan más equipos de SG-1 de otros universos alternativos, uno de ellos incluye al Dr. Fraiser y otro incluye al Tok'ra Martouf. Queda en manos de Sam y Martouf encontrar una manera de enviarlos a todos a casa.

Utilizando la tecnología de comunicación de los Antiguos, Vala, que se encuentra en la galaxia Ori, se pone en contacto con el SGC. Les cuenta que después de ser absorbida por el agujero de gusano, despertó en una cama en un pueblo muy parecido al que ella y Daniel habían visitado cuando usaron las piedras de comunicación. Los lugareños creen que ella cayó del cielo, un regalo de los dioses, y entabla amistad con el amable Tomin, un devoto seguidor de los Ori que tiene una pierna lesionada. Vala tiene dos informaciones para el SGC: en primer lugar, está embarazada aunque insiste en que no ha tenido relaciones sexuales con nadie; y en segundo lugar, los Ori han estado construyendo una flota de naves y fortaleciendo su ejército. Mientras tanto, el Coronel Chekov aconseja al General Landry que los rusos no renovarán su acuerdo de trabajo con los Estados Unidos y se llevarán su Stargate.

The SGC is approached by an Al'kesh bomber which lets itself be taken down, so they can capture Ba'al, who offers to exchange the necessary information to find Merlin's weapon for human help to eliminate his clones, which want to kill him. They mistrust his story, as does NID Agent Malcolm Barrett, who, however, fails to take over the investigation. Since the captive might actually be a clone, several missions to different planets retrieve and capture all clones, but which is the real Ba'al, and what are his true intentions?

Martin Lloyd busca la ayuda de SG-1 cuando su programa de televisión fallido basado en el programa real de Stargate se convierte en una película.

Stargate Command gets a video message from Vala's extremely unreliable father, Jacek, on the planet Robak; he claims to know about the late Arkad's plans to attack and blow up Earth, even about the several cloaked, Naquadah-laden cargo ships in orbit, and offers details in exchange for sanctuary. General Landry asks Dr. Lam to help him resume contact with her mother, Kim, his ex-wife. Even after the cargoes are found and blown up, Vala abhors her dad's entry. The general asks her to go easy on him, realizing that he, too, neglected his daughter because of his career, even if Jacek's neglect was just criminal. When Cam and Daniel go tell Jacek he shouldn't scam people, he tricks them into talking to Vala for him. Vala goes over just for catharsis, telling him she's through picking up the pieces of his tricks, and he certainly keeps scamming - as Daniel also finds - even with Terak, a Jaffa from an escaped cargo ship, who hopes to sell the Naquadah. When they are apprehended, Jacek promises to help track it and override the rigging of the cargo ship. The Jaffa wait for Jacek and Vala, intending to eliminate them now that Terak is gone, but SG-1 saves them. Since there never was an override, Jacek cheerfully flies away alone in the cargo ship, ignoring that his treachery was anticipated: it's a decoy.