Un equipo de científicos cree haber encontrado la ubicación de la ciudad perdida de Atlantis. Se puede acceder a través de una dirección de la Puerta Estelar que conduce a la galaxia de Pegaso.

Una extraña niebla que genera energía permite viajar de regreso a la Tierra. Pero algo está mal.

Mientras Teyla y Ronon investigan la misteriosa muerte del Mayor Lorne, el genio Ladon Radim contacta con Atlantis. Él quiere intercambiar un ZPM por suministros de armas.

La nave colmena que se acerca a Atlantis es de Michael. Él quiere hacer un intercambio: el retrovirus a cambio de no revelar el secreto de Atlantis y obtener información sobre la tecnología de los Wraith.

John Sheppard es secuestrado por los Genii y está en compañía de un Wraith.

Con todos teniendo un domingo libre, algo recomendado por la psicóloga Dra. Heightmeyer, todos los miembros del equipo de Atlantis buscan actividades de ocio. Rodney McKay y Carson Beckett tienen planeado ir a pescar; Sheppard decide enseñarle a Ronon Dex sobre golf; Teyla pasa algún tiempo en el gimnasio; y Elizabeth Weir tiene una cita para almorzar con el apuesto Mike Branton. Sin embargo, su día libre se ve interrumpido por una potente explosión cerca del comedor que mata e hiere a varios miembros del equipo. McKay cree que sabe la causa del problema: un dispositivo encontrado por dos miembros jóvenes de su equipo podría haber convertido a algunos de ellos en bombas de tiempo ambulantes al crear tumores explosivos en ellos.

Después de haber sido informada por el espía Genii en New Athos de que su gente aún estaba viva, Teyla pide permiso para visitar a un hombre llamado Davos, quien es un legendario vidente y podría ayudarla. Cuando llegan, la Dra. Keller se da cuenta de que el hombre está muriendo. Su habilidad para ver el futuro es real, pero los fragmentos del futuro que puede mostrarles están abiertos a interpretación. John es llamado de regreso a Atlantis cuando reciben un mensaje del Wraith cuya vida había salvado anteriormente. Ofrece trabajar con McKay para arreglar el nano virus que ahora está fallando. Como si esto no fuera suficiente, Richard Woolsey llega desde la Tierra para realizar la evaluación de 3 meses de Samantha Carter.

Keller, Carter and McKay are stranded in an abandoned Genii mine while off-world.

Después de otra búsqueda infructuosa de la desaparecida Teyla, Sheppard regresa a Atlantis solo para encontrarla desierta. Peor aún, la ciudad no solo está anormalmente caliente, ¡sino que todo el océano se ha secado por completo, dejando un desierto de arena! Sheppard luego encuentra un holograma del envejecido Dr. McKay, quien le dice que una llamarada solar lo había enviado 48.000 años al futuro. Una vez que se entera de la desaparición de Atlantis y de todos los que estaban en ella, y peor aún, de que el sol en el sistema solar está muriendo y él no sobrevivirá allí por mucho más tiempo, él y el holograma de McKay deben encontrar una forma de enviar a Sheppard a casa y potencialmente cambiar todo esto.

Dr. Carson Beckett is removed from stasis because he's the only one who can find the antidote to a mysterious virus that has incapacitated base personnel, beginning with Dr. Jennifer Keller.

Un grupo de seres varados en el subespacio busca ayuda de Atlantis para regresar al espacio normal. Sin embargo, sus afirmaciones extravagantes y su comportamiento errático ponen a prueba la confianza de sus benefactores y los obliga a tomar una solución dolorosa.