La hermana de Rodney es llevada a Atlantis para hacer uso de una de sus teorías.

Cuando la hermana de McKay, Jeanie, es secuestrada, el equipo regresa a la Tierra para encontrarla.

Después de otra búsqueda infructuosa de la desaparecida Teyla, Sheppard regresa a Atlantis solo para encontrarla desierta. Peor aún, la ciudad no solo está anormalmente caliente, ¡sino que todo el océano se ha secado por completo, dejando un desierto de arena! Sheppard luego encuentra un holograma del envejecido Dr. McKay, quien le dice que una llamarada solar lo había enviado 48.000 años al futuro. Una vez que se entera de la desaparición de Atlantis y de todos los que estaban en ella, y peor aún, de que el sol en el sistema solar está muriendo y él no sobrevivirá allí por mucho más tiempo, él y el holograma de McKay deben encontrar una forma de enviar a Sheppard a casa y potencialmente cambiar todo esto.

Rodney está infectado con una enfermedad mortal conocida como "segunda infancia" que disminuye sus capacidades mentales y hace que pierda su memoria gradualmente.