Un equipo de científicos cree haber encontrado la ubicación de la ciudad perdida de Atlantis. Se puede acceder a través de una dirección de la Puerta Estelar que conduce a la galaxia de Pegaso.

Atlantis offers help to the Hoffans, who are working on a defense against the Wraith.

Atlantis quiere comerciar alimentos con los Genii, una civilización simple que resulta no ser tan simple. Ellos están planeando un ataque nuclear contra los Wraith.

Es el cumpleaños de Elizabeth y recibe un regalo muy especial: una mujer que ha estado en estasis en un laboratorio de Atlantis durante 10.000 años y en realidad es ella misma.

McKay, Sheppard, Beckett and Weir are on the Daedalus. McKay finds a Wraith virus that is infecting ship systems and sending a signal to the Wraith.

Atrapado en la trampa de los Wraith, McKay inicialmente se resigna a ser capturado fatalmente en un capullo, pero Ronon sigue luchando para intentar escapar, o al menos llevarse a algunos Wraith con ellos. Sheppard logra esconder su deslizador en la misma nave colmena, buscando una salida, sorprendido al establecer contacto por radio con Michael, quien busca venganza después de que la ingrata reina lo tiene parcialmente restringido como sospechoso de ser "demasiado humano". Mientras intentan sabotear la colmena y tal vez escapar, la Daedalus y la Orion llegan justo a tiempo para enfrentarse a las dos naves colmena antes de que puedan atacar la Tierra. Weir es convocada al SGC para un interrogatorio sin sentido por parte del Consejo de Supervisión Internacional, encontrándolos como burócratas incapaces de arriesgarse a tomar una decisión más allá de cuestionar lo que ya se hizo. Así que ella regresa, sin importarle el riesgo para su carrera en comparación con un exterminio de los Wraith. Sheppard logra llegar a la Daedalus y su grupo elabora un plan audaz para vencer a la colmena con el retrovirus militarizado, a pesar de los daños sufridos que comprometen incluso sus sistemas de soporte vital.

Sheppard and the others are now in control of the one remaining hive ship with most of the Wraith transformed into human form, courtesy of the retrovirus. They do learn something interesting about female Wraiths, however. After they return to Atlantis, the question becomes one of what to do with the Wraiths who are again human, especially Michael who has proved to be quite helpful. Elizabeth Weir meanwhile is surprised to hear that she is to return to Atlantis as the expedition leader. She will be accompanied however by Richard Woolsey who is to review her leadership and make recommendations to the International Oversight Advisory on whether she should be allowed to continue.

La expedición de Atlantis debe recurrir a un viejo amigo para obtener ayuda, ya que los Asurans se preparan para invadir la ciudad.