Un equipo de científicos cree haber encontrado la ubicación de la ciudad perdida de Atlantis. Se puede acceder a través de una dirección de la Puerta Estelar que conduce a la galaxia de Pegaso.

Sheppard es mordido por un insecto similar a un Wraith y está muriendo. Mientras el transportador regresa, queda atascado en la Puerta Estelar. Hay 38 minutos para encontrar una solución.

Atlantis offers help to the Hoffans, who are working on a defense against the Wraith.

A team of scientists, including McKay, Zelenka and Ford, are exposed to a deadly virus. Sheppard goes after one of the scientists trying to escape.

Toda esperanza parece perdida, hasta que el Coronel Everett llega de repente desde la Tierra. Está decidido a defender la ciudad hasta la llegada de un ZPM, traído por una nueva nave.

McKay, Sheppard, Beckett and Weir are on the Daedalus. McKay finds a Wraith virus that is infecting ship systems and sending a signal to the Wraith.

Sheppard is infected with the Wraith retrovirus and slowly turns into an Iratus bug. To provide a treatment, stem cells must be retrieved from one of their eggs.

McKay encuentra una nave de guerra antigua a la deriva en el espacio. Sheppard descubre que llevan un comunicado que menciona una debilidad en la tecnología de los Wraith.

Teyla presencia lo que parecen ser apariciones de los Antiguos, que pronto otras personas comienzan a ver.

Con todos teniendo un domingo libre, algo recomendado por la psicóloga Dra. Heightmeyer, todos los miembros del equipo de Atlantis buscan actividades de ocio. Rodney McKay y Carson Beckett tienen planeado ir a pescar; Sheppard decide enseñarle a Ronon Dex sobre golf; Teyla pasa algún tiempo en el gimnasio; y Elizabeth Weir tiene una cita para almorzar con el apuesto Mike Branton. Sin embargo, su día libre se ve interrumpido por una potente explosión cerca del comedor que mata e hiere a varios miembros del equipo. McKay cree que sabe la causa del problema: un dispositivo encontrado por dos miembros jóvenes de su equipo podría haber convertido a algunos de ellos en bombas de tiempo ambulantes al crear tumores explosivos en ellos.

Rodney McKay despierta en su laboratorio, atado a una silla y sin memoria de quién o dónde está. Aparentemente, él mismo dejó un mensaje de video diciéndole que buscara a Teyla. El problema comenzó unas 14 horas antes cuando la Dra. Katie Brown regresó a Atlantis con plantas de un planeta que había visitado. Las plantas habían pasado por el procedimiento normal de cuarentena, pero pronto ella se ve afectada por fuertes dolores de cabeza y pérdida de memoria, llegando finalmente a caer en coma. La pérdida de memoria comienza a afectar a otros miembros de la tripulación, pero pronto se vuelven desconfiados unos de otros, sacando conclusiones basadas en suposiciones erróneas y una interpretación incorrecta de la situación. Afortunadamente, hay dos miembros del equipo que parecen ser inmunes.

Después de haber sido informada por el espía Genii en New Athos de que su gente aún estaba viva, Teyla pide permiso para visitar a un hombre llamado Davos, quien es un legendario vidente y podría ayudarla. Cuando llegan, la Dra. Keller se da cuenta de que el hombre está muriendo. Su habilidad para ver el futuro es real, pero los fragmentos del futuro que puede mostrarles están abiertos a interpretación. John es llamado de regreso a Atlantis cuando reciben un mensaje del Wraith cuya vida había salvado anteriormente. Ofrece trabajar con McKay para arreglar el nano virus que ahora está fallando. Como si esto no fuera suficiente, Richard Woolsey llega desde la Tierra para realizar la evaluación de 3 meses de Samantha Carter.

Después de otra búsqueda infructuosa de la desaparecida Teyla, Sheppard regresa a Atlantis solo para encontrarla desierta. Peor aún, la ciudad no solo está anormalmente caliente, ¡sino que todo el océano se ha secado por completo, dejando un desierto de arena! Sheppard luego encuentra un holograma del envejecido Dr. McKay, quien le dice que una llamarada solar lo había enviado 48.000 años al futuro. Una vez que se entera de la desaparición de Atlantis y de todos los que estaban en ella, y peor aún, de que el sol en el sistema solar está muriendo y él no sobrevivirá allí por mucho más tiempo, él y el holograma de McKay deben encontrar una forma de enviar a Sheppard a casa y potencialmente cambiar todo esto.

Los ingenieros de combate de Atlantis trabajan contra reloj para rescatar a cuatro de sus colegas que ahora están atrapados entre los escombros del complejo médico de Michael. Con Michael en camino, localizan rápidamente a McKay y al Mayor Lorne, pero Sheppard y Ronon están mucho más adentrados y su rescate no está asegurado. Cuando llega la nave de Michael, deciden intentar rescatar a Teyla, quien está en trabajo de parto y cerca de dar a luz. Cuando todo ha terminado, la Coronel Carter es llamada de regreso a la Tierra para una evaluación de desempeño, pero Richard Woolsey tiene algunas malas noticias para ella.

Dr. Carson Beckett is removed from stasis because he's the only one who can find the antidote to a mysterious virus that has incapacitated base personnel, beginning with Dr. Jennifer Keller.

Teyla arriesga su vida en una audaz misión a bordo de una nave colmena de los wraith.

El Dr. Daniel Jackson llega a Atlantis en busca de una sala perdida de los atlantes. El descubrimiento revela una nueva raza. Daniel y McKay son secuestrados por la nueva raza y son obligados a terminar un dispositivo que podría matar a los Wraith. Todd se siente traicionado y se lleva el Daedalus.

La nueva raza que robó el dispositivo, sin mencionar a Rodney y Daniel, resulta ser una antigua, lo que significa muy antigua y bien conocida por la raza humana. Con una antigua rencilla por resolver, obligan a Rodney a activar el dispositivo contra los Wraith con un efecto secundario que podría matar a millones en toda la galaxia. Esto enoja a los Wraith, así que se llevan a la Daedalus para tomar represalias. Una vez más, nosotros, los humildes humanos, tenemos que tomar el control de una situación complicada para evitar que las razas maestras causen estragos en la galaxia.

Una nave colmena con turbocarga y un PMZ ha recibido el mensaje de los Wraith de un universo alternativo que contiene la ubicación de la Tierra. La nave se dirige ahora hacia la Tierra.