Jack y su equipo buscan a Andy Deaver, un joven de diecisiete años visto por última vez por Graham Spalding, el carismático líder de la Academia Spalding, una escuela privada a la que el chico asistía. Cuando denuncian la desaparición, Jack sospecha inmediatamente del director: un ex veterinario sin más cualificaciones para ese puesto que el que su padre fuera el fundador del centro. Además, parece que su relación con Andy, como ya ocurrió con otros alumnos en el pasado, no era demasiado buena.

Jack y su equipo buscan a un hombre negocios de Nueva York, Patrick Kent, que desapareció en el aeropuerto después de facturar para hacer un viaje rutinario. Durante la investigación, los agentes se encuentran con una sorpresa cuando descubren que Kent llevaba una doble vida secreta.

Abby desaparece mientras jugaba en el parque con un amigo. Es el hijo de una imporante abogada de Nueva York y de un profesor, y a medida que avanzan las investigaciones los miembros del equipo encuentran a muchos sospechosos relacionados con los dos, pero ninguno de ellos parece ser el culpable. Será poco después cuando se den cuenta de que están siguiendo un método equivocado.

Jack y su equipo investigan la historia de un padre, Greg Prichard, y su hija Kyla, desaparecidos una mañana mientras Greg se dirigía a su trabajo y Kyla al colegio, pero ninguno de los dos llegaron nunca a sus respectivos destinos. Mientras que el equipo trata de descubrir pistas para el caso, la mujer de Greg, Sarah, se ve obligada a afrontar el hecho de que desconoce gran parte del pasado de su marido: No existen datos sobre su existencia antes de 1990 y abundan las irregularidades financieras. Sus empleados identifican a una misteriosa mujer con quien Greg parece haber tenido una aventura, y su mejor amigo revela que la noche antes de la desaparición, Greg le ofreció venderle sus negocios. Mientras Sarah trata de afrontar estas sorprendentes revelaciones, empieza a temer que no volverá a ver a su hija y a su marido nunca más.

Jack y su equipo investigan a una mujer embarazada, Kathy Dobson, desaparecida de un hospital tras ser informada de que su embarazo presentaba serias complicaciones. Mientras los detectives comienzan una desenfrenada carrera contra el tiempo, la investigación va revelando gradualmente que la aparente vida feliz de Kathy en realidad no va tan bien: Está embarazada de ocho meses y medio, y debido al férreo control de su marido, Paul, ha sido abandonada por su familia y amigos. El hermano de Paul, Ritchie, que ha estado siguiendo a Kathy por orden de su hermano, le da al equipo el nombre de una mujer que parece estar afiliada a una organización que ayuda a mujeres maltratadas y a la que Kathy visitaba frecuentemente. Cuando los miembros del equipo encuentran a esa mujer, ella les cuenta que fue atacada por Paul, pero se niega a llevarles hasta Kathy.

Jack se muestra preocupado y algo molesto cuando descubre que Chet Collins, cuyo hijo lleva desaparecido 6 años, decide buscarle por su cuenta porque está convencido de que Jack ha perdido la esperanza de encontrarle. Jack se siente culpable por archivar el caso del hijo de Collins, que tan sólo tenía dos años cuando desapareció, por lo que decide reabrir el caso. Sin embargo, cuando Collins descubre una nueva pista, Malone se enfada por no haberle consultado y le dice que el caso nunca será resuelto. El equipo de Jack se involucra en el caso, pero todos temen que Collins pueda actuar desesperadamente para conseguir el regreso de su hijo a casa.

Jack y su equipo investigan el caso de Audrey Rose, que ha desaparecido el día de su boda. El novio, Charlie Beckworth, no tiene ninguna explicación, aunque todo parece indicar que la novia se ha ido con alguien que conocía. El equipo se entera de que Audrey tiene un problemático pasado y que estaba siendo chantajeada por un hombre que había grabado cómo la chica había timado a su confiado prometido. Cuando los investigadores encuentran al chantajista muerto en un edificio abandonado y sin rastro de Audrey, empiezan a sospechar que un miembro de la familia de Charlie puede estar involucrado en la desaparición.

Jack y su equipo buscan a una oficinista, Sydney Harrison, que ha desparecido del edificio donde trabaja. Sus empleados reciben un e-mail pidiendo un rescate de 50.000 dólares. Pronto identifican al secuestrador. Se trata de Barry Mashburn, el marido de una antigua asistente de Sydney. Una vez localizado Mashburn, Samantha acudirá a su escondite para tratar de capturarle.

El padre Henry Stephens se encuentra en paradero desconocido y la Oficina de Desaparecidos del FBI se pone en su busca de inmediato. Reconocido por su labor al frente de la iglesia de Saint Germain, su reputación cae en entredicho cuando el equipo de Jack Malone comienza a descubrir que puede estar implicado en algunos asuntos de dudosa honorabilidad. Su búsqueda se acelera cuando descubren que el padre necesita un transplante de hígado si quiere sobrevivir. Si el equipo de Malone no le localiza en las próximas 24 horas, ese órgano pasará a manos de otros paciente.

Una noche desaparece misteriosamente Whitney Ridder, una bella y rica joven, propietaria de un negocio de mucho éxito y que parece tenerlo todo en la vida. Cuando Jack y su equipo comienzan a investigar su desaparición, descubren que está usando una identidad falsa y que además tiene relación con un hombre llamado Lucas Vohland que estuvo en prisión 10 años acusado de homicidio involuntario. Al parecer, la chica le debe a Vohland una gran suma de dinero. Por otra parte, Samantha acude a una terapia para tratar de sobrellevar sus dificultades laborales.

El equipo de Jack Malone busca a Kevin Grant, un joven soldado que acaba de regresar de la guerra de Irak. Al volver descubre que su negocio está en bancarrota y que está a punto de perder la casa que comparte con su prometida, Sara. Ésta les cuenta que Kevin ya trató de arreglar sus asuntos antes de volver de Irak, donde recibió un disparo en circunstancias todavía no aclaradas. Jack y Danny viajarán hasta este país para descubrir pistas que les aclaren la misteriosa desaparición de Grant.

George Stanley discute con su esposa en la peluquería de ésta y después desaparece. Jack y sus investigadores encuentran un diente y numerosos signos de lucha en la parte de atrás del salón de belleza y Martha, la esposa de Stanley, y su hijo Sean se convierten en los primeros sospechosos de su desaparición. Los hombres de Jack descubren que George tenía una amante con la que se encontraba regularmente en un bar y empiezan a pensar que es posible que George haya desaparecido por su propia voluntad. Mientras, Danny intenta involucrarse lo menos posible en la vida de su hermano, un convicto en libertad condicional.

Jack y su equipo buscan a Jim Cooper, el entrenador de un equipo de fútbol universitario desaparecido tras finalizar la temporada con nefastos resultados. Los investigadores descubren que Cooper no permitía jugar a aquellos jugadores con malos resultados académicos o con faltas de disciplina. Esta decisión provocó que las grandes estrellas del equipo no jugaran y los resultados acabaran en desastre. Los investigadores sospechan de algunos enfadados jugadores, de altos cargos de la administración de la universidad y de un grupo de aficionados a las apuestas. Mientras, Jack debe tomar una importante decisión familiar y laboral. Su mujer quiere trasladarse con sus hijos a Chicago porque le han ofrecido un excelente trabajo.

El equipo investiga la ausencia de un ayudante de enfermeras que desapareció tras pinchar una rueda en un camino rural. Aparentemente, la joven es una ciudadana típicamente americana, pero la Unidad de Desaparecidos del FBI descubre que, en realidad, la joven es una fugitiva a la que se la busca por atentar con una bomba contra una clínica abortiva. La escuadrilla, ahora capitaneada por Vivian, vivirá además tensos momentos con la decisión de Jack de permanecer en Nueva York.

Como parte de la batalla por la custodia de su hijo, Jack soporta una larga y brutal declaración jurada por parte del abogado de divorcio de su esposa, durante la cual su esposa, María, llega inesperadamente. El implacable abogado de María utiliza los traumas de la infancia de Jack, su pasado romance con Samantha y su dedicación a su trabajo en su contra.

El equipo ayuda a Danny a buscar a su hermano desaparecido y distanciado, Rafael "Rafi" Álvarez (interpretado por Alex Fernández), un ex adicto a las drogas y ex convicto en proceso de recuperación, a quien Danny sospecha sombríamente que podría haber recaído en sus hábitos ilegales y destructivos pasados.

Durante una emboscada, una lluvia de disparos hiere gravemente a Martin y mata al detenido del FBI que él y Danny estaban transportando.