Un agente extranjero ingresa a la sala de autopsias de manera poco convencional; luego toma como rehenes a Ducky, Gerald y, más tarde, a Kate. Exige pruebas relacionadas con un cuerpo en la habitación. Eventualmente pide ver a Gibbs, quien accede; él pierde.

The body of a petty officer falls from a ceiling at a nightclub; Gibbs and company investigate; Ducky says that someone dressed the victim after he died. Gibbs finds $40K in cash; he finds the connection between a prank and an inheritance.

Un prisionero, quien era un SEAL y un suboficial, escapa de Fort Leavenworth mientras cumple condena por haber matado a su esposa y a un técnico de cable; el equipo, buscando determinar a dónde puede ir a continuación, considera si su condena fue injusta.

Un guardia encuentra el cuerpo desmembrado de un agente del NCIS en un ascensor; la pandilla investiga. Gibbs se siente responsable. La víctima ha estado investigando un caso sin resolver que involucra un robo de más de $12 millones de la Marina. El NCIS encuentra al ladrón y al asesino.

Un Marine no se presenta después de un fin de semana; es un técnico de EOD con una calificación crítica, por lo que la NCIS investiga. Otros tres Marines de EOD han desaparecido en los últimos ocho años. Abby encuentra las conexiones y los demás las unen.

Con una determinación extrema, Gibbs continúa, hasta el punto de la obsesión, concentrado en el desconocido terrorista que le disparó y escapó. El malo reaparece, pero Kate y Tony desaparecen temporalmente. Gibbs finalmente se encuentra con su presa.

Tony regresa temprano, a tiempo para volver a unirse al equipo en una investigación sobre el tiroteo de dos aviadores navales. Tony encuentra una bomba, luego esta explota. Gibbs dice que alguien nuevamente ha intentado matar a la pandilla de NCIS, que pierde a uno de sus miembros.

La pandilla lamenta la muerte de Kate; la recuerdan y lidian con su muerte. Ari dispara en el laboratorio de Abby, y el NCIS obtiene un nuevo director, quien comparte una historia con Gibbs. Ducky acepta una invitación a una reunión inusual. [Continuar.]

Ducky conoce a Ari, Tony sigue a Ziva, Ari traiciona en secreto a Israel y al Mossad, Ziva pasa dinero en efectivo y un pasaporte falso a Ari, Gibbs y Jen buscan a Ari pero lo pierden de vista, Ari encuentra a Gibbs, y Ziva los encuentra a ellos. El grupo asiste al funeral de Kate en Indiana.

Gibbs recupera la conciencia, pero ha perdido la memoria desde 1991. Comienza a recordar algunas cosas; Jen ayuda, luego un viejo amigo, luego Ziva. Gibbs recupera su memoria y encuentra una solución, da una advertencia severa, es ignorado y luego renuncia.

Ziva encuentra a Tony y Michael en un piso; Michael muere poco después; a la mañana siguiente su apartamento explota. McGee y Abby encuentran respuestas. Vance, Gibbs, Tony y Ziva van a Tel Aviv; Ziva se queda, y los demás regresan; Ziva se mete en problemas.

Tres hombres mueren durante lo que llamaron una despedida de soltero; uno era un sargento mayor de la Marina; Gibbs y su equipo investigan. Las pistas llevan a un policía, quien luego muere. La pandilla encuentra las piezas y las une; Ziva se vuelve a unir al equipo.

Alguien dispara y mata al oficial ejecutivo (XO) de un buque naval, un comandante, en su propia camarote; Gibbs y su equipo investigan. Sin embargo, llega una psicóloga (persistente y presumida) para realizar evaluaciones psicológicas obligatorias a todos los miembros del equipo, y los acompaña a bordo del barco. Ziva reconoce los casquillos gastados como rusos. La noticia del asesinato se propaga rápidamente, ya que hay siete periodistas internacionales a bordo como invitados; un reportero hace una confesión y revela un posible polvorín. El equipo continúa y finalmente encuentra la solución. Mientras tanto, la psicóloga también continúa, provocando una serie de flashbacks, principalmente relacionados con Kate Todd, una ex miembro y agente especial. Eventualmente Tony y Gibbs se dan cuenta de quién es la psicóloga, luego ella entrega su informe al director.

En un restaurante, una persona desconocida se acerca a Gibbs con una pistola en mano; luego Gibbs experimenta recuerdos y fantasías, que Franks explica. Al día siguiente, McGee anuncia una decisión, luego el equipo se prepara y se dirigen hacia afuera.

Gibbs y McGee son derribados en un helicóptero naval en partes remotas de Rusia mientras están en una misión para escoltar a un experto en informática de NCIS de regreso a casa de manera segura. Mientras tanto, el grupo en casa trabaja ansiosamente para ayudar a traerlos a todos de vuelta a salvo.

Gibbs lucha por su vida después de ser disparado por Luke Harris. Mientras tanto, el agente Tony DiNozzo y la oficial de la CIA Joanna Teague viajan a Egipto para acabar con The Calling.

Ziva sorprende a Gibbs con una advertencia críptica, lo que lo lleva a cuestionar por qué permaneció oculta durante años mientras se creía que estaba muerta, y qué la llevó a regresar.

Con sus vidas en peligro, la investigación clandestina de Gibbs y Ziva toma un giro inesperado cuando se revela un posible complot terrorista.