Cuando un misterioso guerrero desafía a Arturo a un duelo, nadie podría prever la devastadora cadena de eventos que desencadena, especialmente el joven príncipe mismo. Arturo y Merlín pronto se encuentran en una extraña búsqueda por orden de la hermosa Morgause. A través de ella, Arturo descubre un oscuro secreto que amenaza con provocar la caída del reino.

Usando un conjuro, Morgause revive a los mortales Caballeros de Medhir y, mientras Merlín y Arturo son los únicos sobrevivientes del grupo enviado a vencer a los caballeros, Morgause utiliza a Morgana para hechizar Camelot, haciendo que todos, excepto Morgana misma, se duerman, dejando la corte indefensa cuando los caballeros se acercan con la intención de matar al rey. Merlín aprende del Gran Dragón que la única forma de romper el hechizo es matar a Morgana, así que la utiliza como moneda de cambio para obligar a Morgause a cancelar el ataque. Como consecuencia, debe cumplir su promesa de liberar al dragón.

Tras un duro combate, Arturo consigue rescatar a Morgana, que llevaba meses desaparecida. La vuelta de Morgana a Camelot supone una gran alegría para todos, sobretodo para Uther. Morgana se muestra afectuosa y se reconcilia con Merlín, tras el dramático final que vivieron ambos en la temporada anterior. Pero todos esos sentimientos de Morgana son falsos.En realidad, Morgana ha pasado todos estos meses al lado de Morgause, y juntas han ideado un plan para derrocar a Uther. Así pues, la vuelta de Morgana a Camelot es un montaje para que así ella pueda colaborar con Morgause en su plan, desde Camelot, sin levantar sospechas. El plan consiste en un hechizo que hace que Uther pierda el juicio, y que el histórico enemigo rey Cenred aproveche esa debilidad para acabar con Camelot. Merlín se acaba percatando de la situación y acude a investigar, pero Morgause le tiende una trampa mortal, bajo la mirada satisfecha y maliciosa de Morgana. Merlín no tiene salida, y sólo le queda una opción desesperada: invocar al gran dragón.

Morgana y Morgaus continúan con su malvado plan. Tienen incapacitado mentalmente a Uther, convencen a su enemigo, Cenred, para invadir Camelot. El destino del reino descansa ahora sobre los hombros de Arturo. El príncipe y sus caballeros resisten a los invasores, pero los soldados de Cenred no son la única amenaza que enfrentan, ya que Morgana desde adentro del reino ayuda a Morcadeés a derrotar Camelot.

Mientras Arturo y Merlín se encuentran fuera de Camelot son emboscados por ladrones y en su intento de huir Arturo es herido por una flecha en la espalda, es entonces cuando Merlín tiene un inesperado encuentro con un misterioso Taliesin, un viejo mago que cura a Arthur e invita a Merlín a la cueva de cristal para mostrarle una visión del futuro, pero este regalo resulta ser una maldición, ya que Merlín ve a Morgana matar a Uther. Merlín sabe que debe hacer todo lo que pueda para detener el futuro a como diera lugar, pero cambiar el destino es un juego peligroso, y sus acciones tienen consecuencias fatales.

Gwen se enfrenta a un dilema imposible cuando se ve obligada a elegir entre salvar la vida de su hermano distanciado (Elyan) o la de Arthur.

Arthur debe emprender un viaje en solitario para buscar a un antiguo hechicero, el Rey Pescador, y recuperar un tridente dorado para demostrar su derecho al trono. Morgana le da un amuleto, el Ojo del Fénix, que lo debilitará y matará si lo lleva puesto durante demasiado tiempo. Al descubrir esto, Merlin sale en su búsqueda, junto con Gwaine, y logran salvar al príncipe debilitado de dos wyverns atacantes, desechando el amuleto. Arthur cree que la búsqueda es suya, pero Merlin, separado de los demás, se encuentra con el Rey Pescador, quien le dice que él es el elegido. Le entrega una botella de agua del lago de Avalon para usar en caso de que Camelot esté en peligro. La búsqueda se ha cumplido, pero Guinevere también descubre que Morgana es una hechicera malévola y se confía en Gaius.

Los sueños proféticos de Guinevere convirtiéndose en la reina de Camelot atormentan a Morgana. Morgause la anima a revelar el noviazgo de Arthur y Gwen a Uther, sabiendo que el rey hará lo que sea necesario para evitar que su hijo se case con una sirvienta. Como resultado, Uther destierra a Gwen del reino, obligando a Arthur a hacer el sacrificio supremo de abandonar Camelot para unirse a ella. Determinada a detener a la pareja enamorada, Morgana acusa a Gwen del imperdonable crimen de hechizar al príncipe. Con el destino una vez más en juego, Merlin se verá obligado a arriesgarlo todo para salvar a Gwen de una muerte atroz.

Sir Leon es cuidado hasta recuperar la salud por los druidas usando la Copa de la Vida después de ser el único superviviente de un ataque de los hombres de Cenred. Supuestamente otorga inmortalidad a aquellos que beben de ella, y Arthur y Merlin la recuperan de los druidas para evitar que caiga en manos de Cenred. Sin embargo, ellos, junto con Gwaine, son emboscados y la copa es robada. Después de matar a Cenred, Morgause hace que sus soldados beban de ella y, bajo sus órdenes, atacan con éxito a Camelot. Para cuando los tres jóvenes regresan a la corte, Uther está encadenado y Camelot tiene un nuevo gobernante.

La nueva reina de Camelot resulta ser mucho más cruel que Uther, quien es obligado a ver desde su mazmorra cómo ella mata a inocentes. Guinevere ayuda a Sir Leon a escapar de la prisión y se une a su hermano Elyan, Gaius, Merlin, Arthur y Gwaine, que se esconden en el bosque. Los soldados los persiguen, pero son salvados por Lancelot y un joven de una fuerza inmensa, Percival. Merlin mira en las aguas de Avalon en el frasco que le dio el Rey Pescador, lo cual lo dirige hacia Excalibur, la espada que derrotará al enemigo. Los fugitivos encuentran una mesa redonda, alrededor de la cual declaran conmovedoramente su lealtad mutua, y Arthur nombra caballeros a todos los jóvenes, excepto, por supuesto, a Merlin, aunque Lancelot, consciente de sus poderes, le dice a Merlin que él es el más valiente de todos. El grupo inicia su invasión a Camelot, lo cual le da a Gaius su momento más destacado ya que las hermanas son derrotadas, en gran medida gracias al uso de Excalibur por parte de Merlin. Sin embargo, él coloca la espada en una roca hasta que pueda ser utilizada nuevamente.

Morgana lleva a la moribunda Morgause a la Isla de los Benditos, donde sin saberlo, rompe el velo hacia el mundo espiritual, liberando a los Dorocha, fantasmas invisibles que comienzan a atacar al reino. En Camelot, donde un debilitado Uther ha cedido gran parte de su gobierno a su astuto hermano Agravaine, Merlin percibe lo que está sucediendo pero encuentra que su magia es insuficiente para detenerlo. A medida que Camelot se llena de refugiados, Gaius razona que, como una muerte abrió el portal, solo otra podrá cerrarlo. Arthur se ofrece como sacrificio y viaja a la Isla de los Benditos con Merlin y un grupo de jóvenes caballeros. Aquí, después de que Arthur finalmente lo elogia por su valentía, Merlin parece tener un encuentro fatal con uno de los Dorocha.

Cuando un misterioso guerrero desafía a Arturo a un duelo, nadie podría prever la devastadora cadena de eventos que desencadena, especialmente el joven príncipe mismo. Arturo y Merlín pronto se encuentran en una extraña búsqueda por orden de la hermosa Morgause. A través de ella, Arturo descubre un oscuro secreto que amenaza con provocar la caída del reino.

Usando un conjuro, Morgause revive a los mortales Caballeros de Medhir y, mientras Merlín y Arturo son los únicos sobrevivientes del grupo enviado a vencer a los caballeros, Morgause utiliza a Morgana para hechizar Camelot, haciendo que todos, excepto Morgana misma, se duerman, dejando la corte indefensa cuando los caballeros se acercan con la intención de matar al rey. Merlín aprende del Gran Dragón que la única forma de romper el hechizo es matar a Morgana, así que la utiliza como moneda de cambio para obligar a Morgause a cancelar el ataque. Como consecuencia, debe cumplir su promesa de liberar al dragón.

Tras un duro combate, Arturo consigue rescatar a Morgana, que llevaba meses desaparecida. La vuelta de Morgana a Camelot supone una gran alegría para todos, sobretodo para Uther. Morgana se muestra afectuosa y se reconcilia con Merlín, tras el dramático final que vivieron ambos en la temporada anterior. Pero todos esos sentimientos de Morgana son falsos.En realidad, Morgana ha pasado todos estos meses al lado de Morgause, y juntas han ideado un plan para derrocar a Uther. Así pues, la vuelta de Morgana a Camelot es un montaje para que así ella pueda colaborar con Morgause en su plan, desde Camelot, sin levantar sospechas. El plan consiste en un hechizo que hace que Uther pierda el juicio, y que el histórico enemigo rey Cenred aproveche esa debilidad para acabar con Camelot. Merlín se acaba percatando de la situación y acude a investigar, pero Morgause le tiende una trampa mortal, bajo la mirada satisfecha y maliciosa de Morgana. Merlín no tiene salida, y sólo le queda una opción desesperada: invocar al gran dragón.

Sir Leon es cuidado hasta recuperar la salud por los druidas usando la Copa de la Vida después de ser el único superviviente de un ataque de los hombres de Cenred. Supuestamente otorga inmortalidad a aquellos que beben de ella, y Arthur y Merlin la recuperan de los druidas para evitar que caiga en manos de Cenred. Sin embargo, ellos, junto con Gwaine, son emboscados y la copa es robada. Después de matar a Cenred, Morgause hace que sus soldados beban de ella y, bajo sus órdenes, atacan con éxito a Camelot. Para cuando los tres jóvenes regresan a la corte, Uther está encadenado y Camelot tiene un nuevo gobernante.

Morgana y Morgaus continúan con su malvado plan. Tienen incapacitado mentalmente a Uther, convencen a su enemigo, Cenred, para invadir Camelot. El destino del reino descansa ahora sobre los hombros de Arturo. El príncipe y sus caballeros resisten a los invasores, pero los soldados de Cenred no son la única amenaza que enfrentan, ya que Morgana desde adentro del reino ayuda a Morcadeés a derrotar Camelot.

Gwen se enfrenta a un dilema imposible cuando se ve obligada a elegir entre salvar la vida de su hermano distanciado (Elyan) o la de Arthur.

Arthur debe emprender un viaje en solitario para buscar a un antiguo hechicero, el Rey Pescador, y recuperar un tridente dorado para demostrar su derecho al trono. Morgana le da un amuleto, el Ojo del Fénix, que lo debilitará y matará si lo lleva puesto durante demasiado tiempo. Al descubrir esto, Merlin sale en su búsqueda, junto con Gwaine, y logran salvar al príncipe debilitado de dos wyverns atacantes, desechando el amuleto. Arthur cree que la búsqueda es suya, pero Merlin, separado de los demás, se encuentra con el Rey Pescador, quien le dice que él es el elegido. Le entrega una botella de agua del lago de Avalon para usar en caso de que Camelot esté en peligro. La búsqueda se ha cumplido, pero Guinevere también descubre que Morgana es una hechicera malévola y se confía en Gaius.

Los sueños proféticos de Guinevere convirtiéndose en la reina de Camelot atormentan a Morgana. Morgause la anima a revelar el noviazgo de Arthur y Gwen a Uther, sabiendo que el rey hará lo que sea necesario para evitar que su hijo se case con una sirvienta. Como resultado, Uther destierra a Gwen del reino, obligando a Arthur a hacer el sacrificio supremo de abandonar Camelot para unirse a ella. Determinada a detener a la pareja enamorada, Morgana acusa a Gwen del imperdonable crimen de hechizar al príncipe. Con el destino una vez más en juego, Merlin se verá obligado a arriesgarlo todo para salvar a Gwen de una muerte atroz.

La nueva reina de Camelot resulta ser mucho más cruel que Uther, quien es obligado a ver desde su mazmorra cómo ella mata a inocentes. Guinevere ayuda a Sir Leon a escapar de la prisión y se une a su hermano Elyan, Gaius, Merlin, Arthur y Gwaine, que se esconden en el bosque. Los soldados los persiguen, pero son salvados por Lancelot y un joven de una fuerza inmensa, Percival. Merlin mira en las aguas de Avalon en el frasco que le dio el Rey Pescador, lo cual lo dirige hacia Excalibur, la espada que derrotará al enemigo. Los fugitivos encuentran una mesa redonda, alrededor de la cual declaran conmovedoramente su lealtad mutua, y Arthur nombra caballeros a todos los jóvenes, excepto, por supuesto, a Merlin, aunque Lancelot, consciente de sus poderes, le dice a Merlin que él es el más valiente de todos. El grupo inicia su invasión a Camelot, lo cual le da a Gaius su momento más destacado ya que las hermanas son derrotadas, en gran medida gracias al uso de Excalibur por parte de Merlin. Sin embargo, él coloca la espada en una roca hasta que pueda ser utilizada nuevamente.