Después de un vistazo al futuro, se desvela quién disparó a Nathan. Matt lo persigue y acaba en un desierto. Hiro recibe un importante mensaje de su padre. Sylar visita a Claire. Maya le da una idea a Mohinder para su investigación. Nathan se recupera y recibe una visita de Linderman

Sylar va a la compañia y sin darse cuenta libera doce criminales con superpoderes mientras pelea con Elle. Un Peter futuro intenta solucionar este error. Ángela se encarga de la compañia. Claire aprende más sobre sus poderes. Hiro y Ando viajan a París para seguir el speedster que les robó. Maya descubre que la inyección de Mohinder le h acambiad. Matt conoce a Usutu, un africano con un super-poder familiar.

HRG y su nuevo socio van a atracar un banco con cuatro villanos, incluyendo a Peter atrapado en uno de ellos. Hiro y Ando siguen a Daphne hasta Alemania, y se encuentran con el haitiano. Tracy Strauss va a New Orleans para encontrar más información sobre Niki. Meredith enseña a Claire a pelear. Usutu enseña a Matt varios cuadros sobre él.

Viendo un futuro en el que casi todo el mundo tiene poderes, un mundo destinado a la destrucción, Peter decide intentar evitar el fin de la tierra cueste lo que cueste. Esto le lleva a hacerse con un oscuro e incontrolable poder para conseguir salvar al mundo, arriesgándose a que le destruya a él y a todos los que aprecia primero. Por otro lado y después de permitir que la mitad de “la fórmula” de Angela fuera robada, Hiro y Ando se proponen descubrir la identidad del villano que contrató a Daphne, y para ello deben consultar a la persona que más sabe sobre ellos… Adam Monroe. Por su parte, y después del baño de sangre en el banco, HRG decide librarse de su compañero, mientras que Claire, convencida de ser una heroína, se echa a la carretera para perseguir a uno de los villanos que aparecía en los antiguos ficheros de HRG. Mohinder cede a sus impulsos, mientras que Linderman y Molly vuelven de forma inesperada. Un nuevo romance aparecerá entre dos de nuestros Heroes.

Armada con los viejos expedientes de HRG y un "taser", Claire intenta acabar con su primer objetivo -- Stephen Canfield, uno de los que se escaparon del Nivel 5 con el poder de crear agujeros negros -- sin percatarse de que los otros están cerca. Mientras, horrorizado, Peter huye de toda la muerte y destrucción en el futuro, sólo para descubrir lo mucho que esa experiencia le ha cambiado. Frustrado por culpa de que Adam Monroe no le acercara a la fórmula, Hiro toma la determinación de aliarse con Daphne y su nuevo asociado Knox, pese a no contar con el beneplácito de Ando. Por otra parte, la urgencia de Suresh en corregir los errores de su investigación deja a Maya, entre otros, en una situación comprometida. Linderman aconseja a Nathan que se acerque a Tracy, haciéndole ver que juntos podrían llegar muy lejos. En África, Matt ve como se desvanece su visión del "fueron felices y comieron perdices".

Impresionados por la sorprendente crueldad de Hiro, los villanos Knox y Daphne le llevan, junto a otros, a las instalaciones de Pinehearst, y le asignan su primera misión. Con Angela y la Compañía paralizadas por los recientes acontecimientos, Peter va directamente a Pinehearst buscando respuestas, aunque cambia de idea tras encontrarse con su inesperado fundador. Mientras tanto, Claire y su madre Sandra intentan liberar a Meredith de las garras del villano Doyle, quien tiene el poder de tomar el control física y psicológicamente de los demás. Más tarde, Nathan lleva a Tracy hasta Suresh, esperando que él pueda ayudarla a saber más sobre el origen de sus poderes.

Atrapados y aterrorizados, Nathan y Tracy luchan por sus vidas ante un monstruoso y muy cambiado Suresh, y conseguir escapar junto a Maya y al resto de sujetos que usa como cobayas. Elle vuelve con una sorpresa para Claire y su familia. Mientras tanto, conociendo el despiadado intento de sus rivales en Pinehearst por derrotar a Peter, Angela intenta convencer a Sylar para que salve a su hermano. Como no se va a unir a los Villanos, el jefe de Daphne le manda acabar con Matt... o acabar muriendo ella. Bajo los efectos del poder del vidente africano, Hiro se cuestiona la validez de los consejos que le da Usuto sobre cómo enfrentarse a sus enemigos.

Para preparar el futuro encontronazo, Hiro sigue al respetado hombre de negocios, marido y padre, Arthur Petrelli días antes de que "muriese" - para descubrir lo que le llevó a fundar la compañía rival Pinehearst para acabar con Angela. Más tarde, un hecho se desarrollará dónde Sylar, aterrorizado y llevado por la culpa, podría haber detenido su persecución letal de poderes - esto es, si H.R.G. y Elle influyesen desde sus tremendas misiones. Finalmente, bajo el ala del hombre de la Compañía Thompson, la agente en pruebas Meredith comprueba como su vida pierde sentido, con la llegada de su irascible hermano.

Después del ataque preventivo contra Hiro y Ando en África, Arthur Petrelli ordena a Knox y Flint que capturen a su hijo Peter y a su nieta Claire. Nathan queda atónito con la noticia de que su padre está vivo, y que se encuentra al frente de un grupo de villanos cuyo fin es destruir el mundo. Mientras tanto en Pineahearst, Sylar se enfrenta a Elle. Suresh comienza las pruebas con su nueva fórmula combinando poderes. Más tarde, con el resto muertos, heridos o escapándose, Matt intenta despertar a Angela.

Después de reunir a Sylar y Elle, Arthur les ordena que encuentren a Claire y que se la traigan. Matt, Hiro y Ando se reunen como equipo y siguen a Daphne a su lugar de nacimiento de Atenas, Georgia, para así descubrir lo que ella tanto esconde. Mientras, Nathan y Peter Petrelli viajan juntos a Haiti en busca del único hombre que puede detener a su padre en la destrucción del mundo, el Haitiano.

El eclipse continua impactando en las habilidades de los héroes mientras Elle y Sylar se enfrentan a un vengativo H.R.G. mientras Claire lucha por sobrevivir. En Haiti, Peter y Nathan unen sus fuerzas con el Haitiano para luchar contra el hermano de éste, Baron Samedi, y Nathan llega a tomar una decisión muy chocante. Mientras, Ando, Sam y Frack trabajan duramente para que Hiro recupere su memoría con la ayuda de los cómics de "9th Wonders" en una tienda de cómics local.

Con la esperanza de encontrar una manera de detener a Arthur, Hiro y Claire se alían juntos y viajan 16 años al pasado, cuando Kaito da a Claire a H.R.G. A su vez, Peter y el Haitiano se unen para acabar con Arthur de una vez por todas pero son interrumpidos por Sylar. Mientras, en el laboratorio, Suresh da un gran paso con la fórmula que cambiará todo.

Tras lo sucedido con Arthur Petrelli, los hermanos Petrelli de repente se encuentran luchando contra ellos mismos y Nathan lleva a cabo un movimiento que tendrá repercusioes globales. Mientras, Sylar mantiene como rehenes a Claire, H.R.G., Meredith y Angela en Primatech y tendrá lugar un enfrentamiento. Por otra parte, Ando, Matt y Daphne continuan con su intento de rescatar a Hiro. El Doctor Suresh quizás sea su única esperanza.

Meses después de las explosiones ocurridas tanto en Pinehearst como en Primatech, nuestros héroes intentan dar la espalda al pasado y comenzar con sus nuevas vidas. Ahora sin poderes, Hiro intenta entrenar a un nuevo Ando para que sea un verdadero superhéroe. Suresh vuelve a ser un taxista, Peter volveráa salvar vidas, y Daphne y Matt intentarán vivir como una pareja normal. El intento de Claire para vivir una vida normal y corriente dura poco cuando descubre un plan malvado, con Nathan a la cabeza, para perseguir y capturar a aquellos con poderes. Mientras, Sylar comienza la búsqueda de sus verdaderos padres.

Siguiendo una cadena de sucesos no esperados, nuestros Heroes siguen escapando de su último adversario y de uno de ellos, Nathan Petrelli. Después de que Matt pintase una serie de imágenes proféticas, se revelará el destino trágico de alguien cercano a él. Mientras, Sylar continua buscando a su padre y encontrará a un joven marginado con información y con una habilidad propia.

Los planes de Nathan revelados a Seguridad Nacional harán que comiencen una investigación bajo las órdenes directas del Presidente de los Estados Unidos. Sylar y Luke comenzarán un viaje por carretera para encontrar al padre de este primero, pero de repente serán capturados por los agentes de Nathan. La vida comenzará a complicarse para la familia de Bennet ya que Claire empieza a actuar para proteger a un joven con poderes de ser capturado por HRG. Mientras, las pinturas proféticas de Matt harán que Hiro y Ando vayan a la India y un misterioso aliado aparecerá para ayudar a nuestros héroes.

Mientras sigue como rehén, HRG es sometido a un método único de interrogación por parte de Matt Parkman, revelando como se llegó a involucrar con el plan gubernamental de Nathan para capturar a aquellos con poderes. Mientras, los descubrimientos de Matt llevan a Peter a enfrentarse cara a cara con The Hunter.

Después de recibir un consejo de "Rebel", Matt y Peter se dirigen al "Building 26" para rescatar a Daphne y recuperar unos archivos que descubrirán a todo el mundo los planes del gobierno contra los que tienen poderes. Claire encuentra ayuda por parte de una fuente poco corriente en el contrabando de Alex fuera de la ciudad. Sylar y Luke continuan su viaje por carretera, Sylar comienza a tener recuerdos sobre su padre que le conducen hacia la verdad de su madre. Mientras, "The Hunter" pone su propio plan en marcha con una sorpresa explosiva para uno de los heroes.

Cuando Sylar se encuentra cara a cara con su padre perdido desde hace tiempo, al final la reunion llega a ser lo que menos se esperaba. Por otro lado, al recibir un mensaje por parte de “Rebel”, Claire deberá decidir si va a ayudar a su temido enemigo, Eric Doyle, a que se libre de que le capturen. Mientras, The Hunter planea sacar a la luz los planes secretos de la familia Petrelli y tomar el control de la operación de Nathan, Matt se encuentra en el punto de mira y al borde de la regulación de Capitol Hill.

HRG convence a Emile Danko, más conocido como The Hunter, para que libere a Tracy del "Edificio 26"(Building 26), con la esperanza de que ella le conduzca a Rebel. Cuando Angela evita la captura, ella visita a una vieja amiga en busca de ayuda. En Los Angeles, Hiro y Ando continuan con su última misión encomendada por Rebel para proteger a un nuevo héroe.

Ahora que ha salido a la luz la habilidad de Nathan y ha perdido el control de su operación, tanto él como Claire se esconderán en México. Mientras Emile Danko se hace cargo de la operación del Gobierno, su plan para destruir a todos los que tengan poderes comienza cuando se le une un compañero fuera de lo común. Mientras, Angela y Peter buscan refugio en una iglesia y comienzan a enmendar su relación rota.

Mientras Danko encabeza la operación del gobierno, alguien cercano a él le pondrá en la linea de fuego. HRG continua en su espiral fuera de control y su matrimonio se acerca a un punto de ruptura. Mientras, Hiro y Ando continuan su viaje de carretera con una entrega especial para Matt Parkman. Por otro lado, Angela Petrelli desenterrará los demonios de su pasado.

Mientras Nathan, Claire, Peter y HRG ayudan a Angela a descubrir su pasado, ella revela los oscuros secretos que le han estado atormentando durante años. A su vez, Mohinder conocerá la implicación de su padre en una operación del Gobierno ya olvidada.

Sylar continúa su extraña cooperación y comienza una inesperada crisis de identidad. Hiro y Ando comienzan con su plan de acabar con el Building 26. Mientras, Matt cambiará sus prioridades al enterarse de su paternidad. Por otro lado, Nathan da comienzo un plan para corregir el daño ocasionado por sus operaciones.

Nathan se enfrenta a Sylar para evitar que este se reuna con el presidente. Sylar tiene sus propios planes para su nuevo compañero. Mientras, Hiro comprueba como el recuperar sus poderes conlleva sus repercusiones. Por otra parte, Matt debe realizar un gran esfuerzo para proteger el futuro con su familia.