Cuando alguien envía a Mulder y Scully esquelas que muestran a tres hombres separados pero idénticos aparentemente fallecidos, los agentes investigan, pero las cosas toman un giro inesperado cuando Mulder recibe una llamada de su padre.

Mulder se ve obligado a tomar una elección imposible cuando el cazador de recompensas alienígena le presenta un ultimátum: la vida de Scully a cambio de la de Samantha.

Después de que su madre sufre un derrame cerebral en circunstancias extrañas, Mulder busca a un extraño y benévolo hombre alienígena que posee poderes curativos milagrosos.

Con su madre en el lecho de muerte y el cazador de recompensas alienígena persiguiéndolo, Mulder decide poner al sanador alienígena en peligro mortal para tener la oportunidad de finalmente descubrir toda la verdad detrás de la conspiración alienígena. Mientras tanto, la tapadera de Mr. X es descubierta.

Mulder y Scully buscan respuestas cuando grupos separados de personas que han sido abducidas por extraterrestres son quemados vivos. Se encuentran con una mujer que tiene un implante en el cuello y síntomas similares a los de Scully.

Scully se somete a hipnosis para recordar sus experiencias en el puente donde el grupo de secuestrados fue quemado vivo. Krycek proporciona al consorcio una vacuna para el aceite negro y le informa a Mulder sobre la planificada colonización y los rebeldes alienígenas.

Buscando a través de un libro de referencia del FBI, Mulder encuentra una fotografía de Arthur Dales con un equipo de béisbol y el cazador de recompensas alienígena. Mulder va a la casa de Arthur Dales para preguntarle sobre la fotografía. Allí encuentra al hermano de Arthur Dales, también llamado Arthur. El Sr. Dales procede a contarle a Mulder una historia sobre un jugador de béisbol negro de los años 40 en Roswell llamado Josh Exley, quien estaba a punto de romper algunos récords del béisbol profesional. El Sr. Dales cuenta cómo se le asignó proteger a este jugador de los KKK y cómo Exley en realidad era un extraterrestre.

Siete años después de su primer caso, Mulder y Scully regresan a Bellefleur, Oregón para ver a Billy Miles e investigar una nueva serie de secuestros en el bosque local, arriesgando su sociedad y sus vidas.

Scully lleva a Skinner y a un descontento Doggett a Arizona para proteger al niño prodigio Gibson Praise de un cazador de recompensas alienígena disfrazado del desaparecido Mulder.

El regreso de Mulder conduce a que sea juzgado por asesinato ante un tribunal militar, donde busca demostrar la existencia misma de una conspiración alienígena y justificar el mantenimiento de los Expedientes X.