De todas partes del mundo, el antiguo equipo de Brennan se reúne para ayudar a Cam a resolver un difícil caso de identificación del cadáver de un bebé desconocido, ya que su fracaso podría arruinar su carrera. Pronto se dan cuenta de que esto puede no ser solo un caso, sino dos.

When the remains of a couple are discovered in a cave at National Park, the team must piece together the identity of the man and the woman as well as solve the crime. After interrogating two viable suspects, the team identifies the woman as a marketing executive who also served as her partner's AA sponsor, providing clues that lead them to expose the truth. Meanwhile, Booth's girlfriend and Afghanistan war correspondent, Hannah Burley, makes a surprise visit. After meeting Burley and sensing the couple's genuine happiness, Brennan re-evaluates her own relationship with Booth, and he tries to teach her that love is not always logical.

When Booth and Brennan are called to investigate decomposed remains found at the Jersey Shore, the team IDs the victim as Richie "The V" Genaro, a 23-year-old who partied the night before at a popular nightclub. Booth and Brennan question Genaro's peers including self proclaimed girlfriend Marie Galasso and the club bouncer, and Brennan surprisingly proves her pop culture savvy and anthropological expertise after watching what she believes to be a documentary on the inhabitants of the Jersey Shore, but was in actuality a reality show set there. Meanwhile, at the lab, the team grows fond of Booth's girlfriend, Hannah, and Angela tries to keep her pregnancy a secret

Después de que se encuentran un cráneo y manos en descomposición en un contenedor de basura, el equipo no solo debe resolver el crimen, sino también buscar el resto de los restos de la víctima. Identificado como Ray Raminsky, resulta que la víctima era un cazador de recompensas en busca de Charles Braverman, un hombre acusado del asesinato de un compañero de trabajo. Mientras tanto, Brennan es invitada por el profesor Bunsen Jude "The Science Dude" a participar en un episodio de su programa infantil desde el Laboratorio Jeffersonian, como invitada especial. Brennan inicialmente lo rechaza, pero se sorprende cuando él le hace una oferta que no puede rechazar, por lo que acepta como su nuevo "squintern". A medida que el equipo reconstruye los detalles del crimen, descubren que no están solos en la búsqueda de Braverman y se encuentran en una persecución con un sospechoso inesperado.

En un sitio de construcción aislado, un patinador cae sobre un bache en una losa de concreto - parte del cráneo de un joven identificado por un tatuaje dental raro como el ex bailarín de ballet desaparecido Michael, quien dejó el arte para unirse al arte callejero de hip-hop en un parque con la pandilla informal pero sorprendentemente competitiva del mago Johnny Wizard. El equipo sigue una pista de molde. Sin embargo, Booth está igualmente preocupado por la seguridad de su amante, la corresponsal de la Casa Blanca, Hannah Burley, cuya investigación sobre corrupción policial menor en D.C. resulta físicamente peligrosa.

El pasado y el presente chocan cuando aparecen los restos humanos de un barco esclavista de hace 150 años, el Amalia Rose. El equipo tiene la tarea de darle un entierro adecuado a los fallecidos, pero hacen un descubrimiento inesperado relacionado con un asesinato reciente. En el transcurso de la investigación, Booth y Brennan son llevados a un tipo de barco diferente, un crucero "Cougar", donde descubren que la víctima fue vista momentos antes de su muerte. Mientras tanto, Sweets lucha por mantener una relación casual con Daisy, y Cam descubre una conexión sorprendente y emocional con el Amalia Rose.

When human remains are discovered in the world's largest chocolate bar, a "sweet" event for a candymaker quickly turns bitter. As eccentric chocolate factory owner Jimmy Walpert deals with the tragedy, the team soon discovers that the victim was a mysterious character whose past is full of secrets, lies and love affairs. Meanwhile, Cam struggles with her daughter's decision to attend a university that fails to meet her high standards, and Hodgins asks Angela to arrange a party to announce her not-so-secret pregnancy.

Booth and Brennan's next case leads them to a crime scene where a human carcass has literally melted into the dashboard of a charred truck. As the team investigates the case, they discover a gunshot wound in the victim, but learn that neither the fire nor the bullet was the cause of the victim's death. Additional clues lead them to a local high school where the victim's wife is a teacher. As a student-teacher relationship begins to surface and a pattern takes shape in the lab, the team is able to track down the murder weapon and solve the crime. Meanwhile, Sweets resists the temptation of allowing his feelings for Daisy to interfere with helping her pass a government psychological evaluation, and Hannah attempts to break the ice and warm up to Booth's son Parker.

El equipo del Jeffersonian encuentra un cuerpo en un árbol y la Dra. Brennan descubre que la víctima es prácticamente un clon de ella misma.

Se descubre un cuerpo no identificable en la ducha de una lujosa casa perteneciente a una joven socialité. Con la ayuda del experto en huesos entrometido y "squint" de Jeffersonian, Clark Edison, la reconstrucción esquelética y las pruebas en el desagüe revelan que la víctima era una joven empleada de un distribuidor de bolsos falsificados. El equipo descubre que la víctima suministraba bolsos falsificados a su conocida socialité y, después de interrogar a la egocéntrica socialité y revisar las imágenes de una cámara oculta, descubren pruebas que las vinculan con el asesino. Mientras tanto, Angela y Hodgins discuten sobre su futuro hogar y dónde quieren criar a su familia, y Booth le cuenta a Hannah sobre los sentimientos de Brennan hacia él.

La ciudad espera ansiosa la llegada de Heather Taffet, más conocida como "La Excavadora de Tumbas", para su última apelación después de ser condenada a muerte por un secuestro y asesinato, así como una serie de crímenes igualmente despiadados. Pero cuando una bala dirigida a La Excavadora de Tumbas es disparada desde lejos y la alcanza, el equipo de Jeffersonian tiene la tarea de reconstruir la ubicación exacta del francotirador, así como identificar al sospechoso y sus motivos. Con la ayuda de la investigadora Caroline Julian, Booth y Brennan elaboran una lista de sospechosos probables, pero las pruebas y la habilidad extraordinaria necesaria para llevar a cabo el crimen llevan al equipo a creer que fue un trabajo interno y profesional, dejando a Max, el padre de Brennan, e incluso a Booth como sospechosos plausibles. Mientras tanto, Sweets intenta mantener la compostura después de verse envuelto en la tormenta justo momentos después de un encuentro frío con La Excavadora de Tumbas.

A body disguised as a scarecrow is found with a bullet wound in a remote cornfield, and the team is forced to work against the clock to avoid a storm and potential complications that would affect the evidence. Booth and Brennan interrogate the victim's three wives, who are also sisters, and learn that jealousy between the sisters and their desire for their husband's attention had caused a major rift in the family. Booth and Brennan also question one relative who disapproved of the victim's polygamy. Meanwhile, Cam loses confidence in her relationship with her on-call doctor boyfriend, but they both realize they need to make their relationship a priority.

Los restos de un ciclista de BMX son descubiertos en el techo de un almacén después de un fallido truco en bicicleta. Mientras Booth y Brennan interrogan a los compañeros del fallecido, Hodgins y Fisher, el "genio" recién calmado, identifican las numerosas fracturas en la estructura esquelética de la víctima, y Angela recrea la serie de eventos que llevaron al accidente fatal. Mientras tanto, Sweets recurre a Booth en busca de consejo sobre su relación con Daisy, y Booth toma una decisión sobre su relación con Hannah.

Los restos líquidos de una organizadora de bodas se encuentran en su cama de bronceado en su casa el Día de San Valentín, y Cam presiona a su equipo para resolver el caso a tiempo para poder celebrar la festividad con su novio. Mientras los "expertos" trabajan incansablemente en el laboratorio, Booth y Brennan interrogan a una serie de posibles sospechosos hasta que desbloquean archivos clasificados en la computadora de la víctima, lo que los lleva a su principal sospechoso. Mientras tanto, Booth y Brennan minimizan la importancia del Día de San Valentín, y Hodgins intenta planear un día romántico para Angela, pero el "experto" Clark lo ayuda a darse cuenta de que los regalos más significativos provienen del corazón.

Después de asesinar notoriamente a "El sepulturero", el francotirador fugitivo Jacob Broadsky vuelve a atacar. Esta vez, su víctima es un sospechoso anterior que escapó del sistema de justicia. Más decidido que nunca a atrapar a Broadsky, Booth utiliza su propio entrenamiento militar para vencer al francotirador en su propio juego. Jura hacer lo que sea necesario para asegurarse de que se haga justicia. En un enfrentamiento acalorado y dramático, Booth tiene minutos para atrapar a Broadsky antes de que alcance a su objetivo previsto, pero la habilidad y velocidad de Broadsky pueden resultar ser un digno adversario. Mientras tanto, el padre de Angela visita el Jeffersonian y insiste en ponerle nombre a su futuro nieto.

Una severa tormenta de nieve causa un apagón en toda la ciudad, sumándose a los obstáculos que el equipo debe superar para resolver un caso de asesinato que podría estar relacionado con un posible brote viral. Pero cuando Booth y Brennan se encuentran atrapados en un ascensor durante el corte de energía, Sweets está disponible para brindar ayuda desde el exterior, pero hace más de lo que se le pide cuando inicia una conversación delicada sobre la relación de Booth y Brennan. Mientras tanto, Angela y Hodgins reciben noticias preocupantes sobre la salud de su bebé por nacer, y Hodgins y el "squint" Wendell Bray se vuelven creativos en el laboratorio y ponen en práctica sus habilidades científicas para identificar a la víctima y la enfermedad rara.

Ocho pares de pies desmembrados aparecen en la orilla después de una reciente inundación en la frontera entre Estados Unidos y Canadá, pero las cosas no cuadran cuando siete pares de pies son identificados como cadáveres de investigación de una granja de cuerpos cercana a una universidad. Cuando el podólogo forense canadiense Dr. Douglas Filmore lleva los restos de vuelta a Canadá, él y Brennan forman una alianza para emparejar los pares de pies e identificar a la víctima, y un par de zapatillas raras y costosas lleva al equipo al asesino de la víctima. Mientras tanto, Cam se mete en problemas cuando hace planes universitarios para su hija a sus espaldas.

A TV show host who systematically exposed fraud and superstition is killed in a forest where he intended to disprove the existence of the Latin-American mythological 'goat-thief', at first sight in the way the fable creature strikes. Suspects include parties he exposed but also professional rivals. Booth patiently sits through Bones' pitiful attempt to practice humor and welcomes her explanation for his sole 'cryptozoological' encounter with an apparent yeti. Vincent's confessions and apologies as ninth AA program step somewhat shock his Jeffersonian colleagues.

Sam Nozik's beetles-eaten corpse in a Florida glade is identified from his acrylic eye. He worked in a Miami museum, from which a treasure map to a Spanish galleon was stolen. Booth grudgingly allows his superstitious former foreign army tour acquaintance Walter Sherman (and his team of two) to use his 'tracing gift' to find and retrieve the treasure. They do, after consulting bishop Edward Galano on period navigation, and find the corpse, but meanwhile the diver herself has been murdered too. Booth meanwhile comes to terms with his grudge against Walter as 'insensitive' MP.

Award winning ad man Ross Dickson's corpse is found by prancing youngsters, buried in a public playground, beaten to death in a mysterious way. He was a member of a radical truth-society, which caused many conflicts in private and professional life. Encouraged by Bones, Wendell Bray follows his example to secure the extra hours only he needs desperately while Camille would divide them indiscriminately, a one-off success while the others explicitly prefer 'civilized untruthfulness'.

Una misteriosa joven sorda se cree que cometió recientemente un asesinato después de que la encuentran en las calles, cubierta de sangre y sosteniendo un cuchillo. Depende del equipo de Jeffersonian descubrir quién es esta chica y determinar si realmente es la culpable del asesinato.

La búsqueda de Broadsky se intensifica mientras logra matar a uno de los Squints. Angela y Hodgins ponen nombre a su bebé. Booth lucha por proteger a los más cercanos a él, lo que conduce a una situación inesperada.

Se encuentra el cadáver de un miembro generalmente despreciado del equipo de bolos de Max Keenan como un desorden en descomposición en la maquinaria de los conos cuando esa sección renovada es reabierta, pero él fue asesinado hace una semana. Booth, hábil en el juego, y Bones se infiltran como nuevos miembros del equipo para estudiar a los jugadores y al personal, lo cual revela muchas rencillas sombrías. Wendell tiene dificultades para reemplazar a Angela, con ayuda en línea, quien finalmente da a luz.